Intuitivement (donc sans beaucoup réfléchir ), je pense que la séparation des pouvoirs se heurtera toujours au même problème : même si sur le papier, les sphères législatives, exécutives et judiciaires sont nettement séparées, à partir du moment où ceux qui appartiennent à ces sphères et détiennent donc un pouvoir politique sont des êtres humains (et non pas des prétendus surhommes qui se placent au dessus des conflits d'intérêts), rien ne peut les empêcher de se concerter entre eux pour faire coïncider leur action (notamment grâce aux partis, mais pas exclusivement). C'est d'ailleurs le principe de la séparation souple des pouvoirs, et si je ne m'abuse, la plupart des séparations dites rigides des pouvoirs finissent par aboutir à une séparation souple, autrement dit et en caricaturant un peu, à une non séparation.
L'exemple américain est assez éloquent à ce sujet : souvent cité pour illustrer la séparation rigide des pouvoirs, je ne vois pas en quoi il est à même de réellement protéger davantage les libertés civiles que les modèles européens, même s'il présente quelques avantages…
C'est pour cela qu'il me semble que si on accepte la nécéssité et/ou la légitimité de l'Etat, il faut abandonner l'espoir plutôt naïf d'une réelle séparation des pouvoirs, surtout entre législatif et exécutif.