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Coronavirus : publications scientifiques, cartes, statistiques, essais cliniques etc.


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Il y a 18 heures, Rincevent a dit :

Je viens de la voir passer dans mon fil YT, et elle est pas mal du tout (à part la relecture, bordel).

 

Il faut se rendre compte à quel point l'obsession pour les essais contrôlés randomisés et tout le toutim (on va dire RCT par brièveté) tient chez certains du fétichisme et du culte du cargo, le genre de choses qui n'a guère besoin que d'une moelle épinière (sans colonne vertébrale autour). Parfait pour des bachoteurs qui préfèrent apprendre plutôt que comprendre (see a pattern within healthcare ?).

 

En revanche, adopter un point de vue bayésien apporte pas mal de lumière au sujet ; dans cette optique, une étude apporte une certaine quantité d'information, un certain nombre de bits permettant de faire bouger sa conviction dans un sens ou dans l'autre si vous voulez. Ce que dit cette vidéo est donc que, au moins dans le domaine des essais de traitements :

  1. on ne peut pas dire sérieusement que les études informationnelles apportent 0 bits d'information, et les RCT une infinité de bits (ne serait-ce que parce que ça n'a aucun putain de sens du point de vue bayésien)
  2. les informations apportées par les études observationnelles vont dans la même direction que les informations issues de RCT, il n'y a donc pas particulièrement de biais et les études observationnelles sont donc un proxy fiable
  3. les études observationnelles apportent en fait à peine moins de bits d'information que les RCT, l'écart entre les deux est beaucoup plus faible qu'on ne le pense.

Quiconque connaît le coût comparé des deux aura donc tout intérêt à ne pas négliger des nuées d'études observationnelles plutôt qu'à attendre aveuglément qu'un RCT tranche définitivement le débat et lui apporte la Vérité ultime et pré-mâchée.

Tout à fait. Au delà du problème éthique du RTC, on peut, on s'en est passé pour de multiples thérapeutiques. On n'a pas testé la pénicilline sur les méningites. 

Quand la cinetidine est apparu en 80, personne n'a fait d'étude en double aveugle, l'efficacité étant évidente. De même pour les IEC et les HTA incontrôlables sont devenus rares.

De même pour le protocole Raoult, il ne le paraît pas difficile d'étudier la réponse chez une centaine de malades de plus 70 ans et comme la létalité est de +/- 10% de voir si celle-ci baisse. Il y a des biais, mais c'est déjà une première approche.

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Comptabilisation décès covid

Premier décès du covid dans le Tarn et Garonne...

Tellement débile que l'on peut se demander si ce n'est pas une blague

 

https://www.ladepeche.fr/2020/03/21/tarn-et-garonne-covid-19-le-premier-deces-est-confirme,8812877.php?fbclid=IwAR0KeQR6lFm9kmK4dINfaweL4btBVtbxbykAmOhvYWPIio1hN341W6AF1vI

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il y a 1 minute, Bisounours a dit :

Comptabilisation décès covid

Premier décès du covid dans le Tarn et Garonne...

Tellement débile que l'on peut se demander si ce n'est pas une blague

https://www.ladepeche.fr/2020/03/21/tarn-et-garonne-covid-19-le-premier-deces-est-confirme,8812877.php?fbclid=IwAR0KeQR6lFm9kmK4dINfaweL4btBVtbxbykAmOhvYWPIio1hN341W6AF1vI

Augmentation de 1/0, ie infinie.

Déclenchons les sirènes. Tous aux abris.

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La sécu verse une prime de 30 euros au médecin en cas de test positif... tout s'explique :lol:

 

https://www.ameli.fr/medecin/actualites/les-medecins-au-coeur-du-circuit-de-contact-tracing-des-patients-covid-19

 

 

 

Des mesures tarifaires pour reconnaître l’engagement des médecins dans ce dispositif

Des mesures tarifaires spécifiques sont mises en place pour accompagner et reconnaître l’engagement des médecins dans ce dispositif.

Une majoration MIS de 30 euros en cas de test positif

La consultation ou téléconsultation d’un patient testé positif (avec ou sans prescription de test) pourra donner lieu à la facturation de la majoration « pour consultation initiale d’information du patient et de mise en place d’une stratégie thérapeutique » (MIS) d’une valeur de 30 euros.

Cette majoration valorise l’annonce du test positif, la prescription des tests pour les cas contact proches (personnes résidant au domicile du patient), l’information donnée au patient sur les mesures barrières, l’enregistrement dans l’outil « Contact Covid » du patient et des cas contact proches (personnes partageant le même domicile que le patient).

 

 

 

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C'est dans la nomenclature ameli

Citation
MTX : majoration pour consultations très complexes (MIS et PIV) (9) (1bis)    30,00 €    G, GS    

C'est donc coté C+MTX, 55€.

Ce sont par exemple les consultations d'annonce d'un cancer ou de la séropositivité.

Il existe même une majoration kilométrique pour les visites en ski. :).

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2 hours ago, GilliB said:

Tout à fait. Au delà du problème éthique du RTC, on peut, on s'en est passé pour de multiples thérapeutiques. On n'a pas testé la pénicilline sur les méningites. 

Quand la cinetidine est apparu en 80, personne n'a fait d'étude en double aveugle, l'efficacité étant évidente. De même pour les IEC et les HTA incontrôlables sont devenus rares.

De même pour le protocole Raoult, il ne le paraît pas difficile d'étudier la réponse chez une centaine de malades de plus 70 ans et comme la létalité est de +/- 10% de voir si celle-ci baisse. Il y a des biais, mais c'est déjà une première approche.

 

Un petit article de l'AFIS pour bien comprendre le concept de "niveau de preuve".

https://www.afis.org/La-qualite-de-la-preuve-en-medecine

 

La HAS a aussi publié des choses intéressantes sur le sujet. Extrait:

Quote

A Preuve scientifique établie

Niveau 1

-       essais comparatifs randomisés de forte puissance ;

 

-       méta-analyse d’essais comparatifs randomisés ;

 

-       analyse de décision fondée sur des études bien menées.

B Présomption scientifique

Niveau 2

-       essais comparatifs randomisés de faible puissance ;

 

-       études comparatives non randomisées bien menées ;-

 

-       études de cohortes.

C Faible niveau de preuve scientifique

Niveau 3

-       études cas-témoins.

Niveau 4

-       études comparatives comportant des biais importants ;

 

-       études rétrospectives ;

 

-       séries de cas ;

 

-       études épidémiologiques descriptives (transversale, longitudinale).

 

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Il y a 2 heures, fm06 a dit :

 

Un petit article de l'AFIS pour bien comprendre le concept de "niveau de preuve".

https://www.afis.org/La-qualite-de-la-preuve-en-medecine

 

La HAS a aussi publié des choses intéressantes sur le sujet. Extrait:

 

Certes, certes. Mais dans des conférences de consensus il n'existe pas de preuves mais juste un accord professionnel

Citation

Accord d’experts
En l’absence d’études, les recommandations sont fondées sur un accord entre experts 
du groupe de travail, après consultation du groupe de lecture. L’absence de gradation 
ne signifie pas que les recommandations ne sont pas pertinentes et utiles. Elle doit, en 
revanche, inciter à engager des études complémentaires.

 

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Il y a 2 heures, fm06 a dit :

Un petit article de l'AFIS pour bien comprendre le concept de "niveau de preuve".

https://www.afis.org/La-qualite-de-la-preuve-en-medecine

 

La HAS a aussi publié des choses intéressantes sur le sujet. Extrait:

On notera l'absence de concept de cumul de preuves.

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Il y a 5 heures, Nick de Cusa a dit :

Comme l'a clairement explique le porfesseur Beda Stadler il y a plus de 2 mois, immunite croisee avec les precedents coronavirus, pourquoi avons nous perdu tout ce temps la ?

Et comme le supposait celui-dont-on-ne-peut-prononcer-le-nom dès le printemps. 

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Il y a 5 heures, Nick de Cusa a dit :

pourquoi avons nous perdu tout ce temps la ?

C'est ton point de vue.

Pour d'autres personnes, cette crise a, après une phase de flottement, plutôt servi leur agenda.

 

La question en ce moment est ama de voir jusqu'à quels niveaux de foldingueries les états vont pouvoir continuer à nous emmener ?

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il y a 10 minutes, Rübezahl a dit :

C'est ton point de vue.

Pour d'autres personnes, cette crise a, après une phase de flottement, plutôt servi leur agenda.

 

La question en ce moment est ama de voir jusqu'à quels niveaux de foldingueries les états vont pouvoir continuer à nous emmener ?

Ils iront au delà. C'est le principe "quoiqu'il en coûte", le principe de précaution, la guerre zéro mort.

J'ai vu à la télé une ministre argumenter qu'après le HIV tout le monde portait des préservatifs sans rechigner, tout le monde portera désormais un masque. Elle oublie simplement que le port du préservatif n'est pas obligatoire, pas public ;). et pas effectif dans les faits.

Il sont zinzins.

 

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il y a 1 minute, GilliB a dit :

Ils iront au delà. ...

Il sont zinzins.

Pour le coup je suis d'accord avec toi, mais ma question était plutôt :

jusqu'où ces fous réussiront ils à nous emmener ?

 

ie est-ce que l'ensemble de la population va continuer à se conduire comme du bétail ? ou pas ?

 

C'est là qu'est l'enjeu.

Perso, je crois à une déchirure entre êtres humains et la partie bétail. Seule soluce viable pour les 1°.

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TLTW:

- il n'y a pas de supériorité absolue des essais randomisés sur les études observationnelles

- critique des dernières méta analyses qui dit que l'hydro... n'est pas conseillée (exclusion douteuse d'études qui montrait un bénéfice, inclusion d'études douteuses qui montrait une toxicité,..)

- plusieurs études montrant un effet positive.

 

 

 

 

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Il y a 3 heures, Rübezahl a dit :

Pour le coup je suis d'accord avec toi, mais ma question était plutôt :

jusqu'où ces fous réussiront ils à nous emmener ?

 

ie est-ce que l'ensemble de la population va continuer à se conduire comme du bétail ? ou pas ?

 

C'est là qu'est l'enjeu.

Perso, je crois à une déchirure entre êtres humains et la partie bétail. Seule soluce viable pour les 1°.

Il ne faut pas oublier que ces entraves à la liberté ne les concerne pas. Ils sont tous pour le reconfinement, les politiques, les journalistes, les médecins, ce confinement ne les concerne pas.

Qui sont ceux qui bougent, les fonctionnaires, les étudiants, les CGTistes. Ils ne bougeront pas, reconfinement=congés payés.

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Un peu de temps libre ce matin, et je trainais sur youtube où l'on mentionnait le fait que les stats covid au début en Angleterre étaient particulièrement mal remplie. Du coup je me demandais à quel point... et j'ai été tout simplement comparer le nombre de morts par mois au cours des 5 dernières années, toutes causes confondues. Résultats et source ci après. Conclusion : 40,000 morts (42,072 morts pour cause Covid au UK d'après Google ce matin à 8h30) ne semble pas déraisonnable.

 

Note: il s'agit d'une collecte de données sans subtilité, pas d'une étude statistique ^^

 

 

https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/birthsdeathsandmarriages/deaths/datasets/monthlyfiguresondeathsregisteredbyareaofusualresidence

 

Monthly figures on deaths registered by area of usual residence

Table-Covid-England-Wales.png

 

 

Graph-Covid-England-Wales.png

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Les courbes euromomo montrent très bien que 

a/ le covid a bien fait des morts en mars/avril partout en Europe

b/ que la vague correspondante est sensiblement plus élevée que les grippes saisonnières

c/ qu'elle est aussi plus large que les épisodes de morts par canicule

d/ que ça reste trop faible pour impacter réellement le total à l'année 

https://www.euromomo.eu/graphs-and-maps 

 

image.png

 

image.png

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Connaissais pas ce site, très intéressant. Merci ?

 

Les courbes par âges indiquent bien que le risque n'est pas pour les jeunes.

 

Après, il reste plein de questions. Par exemple, il faudrait voir le nombre de morts directes (malade, couic) et indirecte (risque évitable non détecté suite aux consignes covid ; conséquences d'opérations repoussées ; conséquences de l'isolement chez des personnes fragiles, etc.). Et mettre en balance avec les conséquences de l'isolement, économiques mais aussi psychologiques. Bref, quelques années de boulot pour les pro du secteur. Je suis assez curieux de voir ce qu'il en sortira dans 3-5ans, quand les politiques auront oublié et que les papiers sérieux sortiront.

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Citation

Covid-19 : un fragment d’ADN hérité de Néandertal favorise les formes graves de la maladie

 

Un segment de chromosome provenant de notre cousin disparu et porté par 50 % de la population en Asie du Sud et 16 % en Europe multiplie par trois les risques de développer une forme sévère de détresse respiratoire.

 

Reconstitution d’un homme de Néandertal dans des vêtements actuels, au musée de Néandertal, à Mettmann (Allemagne), le 3 juillet 2019.

 

Une part de notre héritage génétique provenant de l’homme de Néandertal pourrait expliquer certaines formes graves de Covid-19. C’est l’hypothèse avancée dans la revue Nature, mercredi 30 septembre, par le « pape » des génomes anciens, Svante Pääbo (Institut Max-Planck d’anthropologie évolutionniste, Leipzig) et de son collègue Hugo Zeberg (Institut Karolinska, Stockholm). Selon eux, les porteurs d’un fragment chromosomique identique à celui trouvé sur plusieurs fossiles néandertaliens ont un risque multiplié par trois de faire une forme grave de détresse respiratoire induite par le SARS-CoV-2. Ce variant est présent dans 50 % de la population d’Asie du Sud, chez 16 % des Européens, mais est quasiment absent en Afrique.

 

Pour parvenir à ces conclusions, les deux chercheurs se sont appuyés sur deux études récentes visant à identifier les facteurs de risques génétiques associés aux formes sévères de Covid-19. La première, publiée le 19 juin dans le New England Journal of Medicine était une étude dite d’association pangénomique (« genome wide association study »). Le principe est, pour un trait donné, de déduire de la comparaison d’un grand nombre de génomes des variations au sein de ceux-ci qui sont le plus souvent associées à ce caractère. En l’occurrence, David Ellinghaus (université de Kiel - Schleswig-Holstein en Allemagne) et ses collègues avaient constaté que des variants particuliers de régions des chromosomes n° 3 et 9 (sur les 23 paires que compte notre patrimoine génétique) étaient plus présents chez les malades ayant fait des formes sévères de Covid-19.

 

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Il y a 23 heures, h16 a dit :

Les courbes euromomo montrent très bien que 

a/ le covid a bien fait des morts en mars/avril partout en Europe

Partout en Europe? 11 pays n'ont rien eu de significatif. Plus de la moitié.

Austria, Denmark, Estonia, Finland, Germany, Greece, Hungary, Luxembourg, Malta, Norway, Portugal

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l'immunite par des coronavirus precedents (des rhumes)

 

"Cross-reactive SARS-CoV-2 peptides revealed pre-existing T cell responses in 81% of unexposed individuals and validated similarity with common cold coronaviruses, providing a functional basis for heterologous immunity in SARS-CoV-2 infection." 

 

https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMp2025631

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Il y a 6 heures, GilliB a dit :

Partout en Europe? 11 pays n'ont rien eu de significatif. Plus de la moitié.

Austria, Denmark, Estonia, Finland, Germany, Greece, Hungary, Luxembourg, Malta, Norway, Portugal

Ok. Partout où il y a eu une épidémie visible hein. Il me paraît assez évident que les pays où les gens n'ont pas vu le virus et où les gens ne sont pas tombés malades sont des pays qui n'ont pas constaté de surmortalité ; c'est un peu une tautologie, mais apparemment, il semble indispensable de préciser.

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attention, il a aussi le dry tinder, les pays qui ont eu tres peu ou pas de surmortalite de l'epidemie saisonniere respiratoire hiver 2018 - 2019 tendent a en avoir eu beaucoup dans l'epidemie de Covid et inversement.

 

Quant a ceux que qui n'ont pas eu de surmortalite Covid 19, tu sembles faire l'impasse complete sur la possibilite que leurs professions de sante et soins aux vieux sont juste bien meilleurs. Et je ne vois pas du tout ce qui permet de faire cette impasse. Surtout que bon, pour prendre, par exemple, l'exemple de la France, la surmortalite par Covid 19 est tres fort due a une une nullite a grande echelle de ces dites professions. (Je n'ai pas dit tout le monde, hein) 

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il y a 8 minutes, Nick de Cusa a dit :

attention, il a aussi le dry tinder, les pays qui ont eu tres peu ou pas de surmortalite de l'epidemie saisonniere respiratoire hiver 2018 - 2019 tendent a en avoir eu beaucoup dans l'epidemie de Covid et inversement.

 

Quant a ceux que qui n'ont pas eu de surmortalite Covid 19, tu sembles faire l'impasse complete sur la possibilite que leurs professions de sante et soins aux vieux sont juste bien meilleurs. Et je ne vois pas du tout ce qui permet de faire cette impasse. Surtout que bon, pour prendre, par exemple, l'exemple de la France, la surmortalite par Covid 19 est tres fort due a une une nullite a grande echelle de ces dites professions. (Je n'ai pas dit tout le monde, hein) 

Non non c'est tautologique. La tautologique c'est magique, tout l'Europe est touché sauf celle qui est indemne. Pas compliqué la tautologie.

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