Dans l'affaire Galilée, on peut affirmer que c'est l'Église qui a eu une position bien plus scientifique que celui-ci. Quand ce dernier publia ses Lettres sur les taches solaires, où il défendait pour la première fois l'héliocentrisme, il fut félicité par l'Église - comme, en leur temps, furent félicités Copernic et Képler -, y compris par le futur pape Urbain VIII, qui lorsqu'il accéda au pontificat le récompensa. Le problème survint lorsque Galilée tenta d'établir le système copernicien comme vérité irréfutable et non comme hypothèse de travail, et cela sans apporter, à l'époque, la moindre preuve décisive - et que les preuves qu'il apportait étaient fausses, les marées, par exemple, choses parfaitement et correctement réfutées à l'époque. L'Église lui demanda de revoir cette position et l'autorisa à suivre cette voie, mais en la présentant comme une hypothèse. Galilée refusa et l'Église le censura. Non pas parce qu'elle voulait absolument conserver le système ptoléméen - nombreuses furent les autorités ecclésiastiques qui affirmèrent que s'il était prouvé que le soleil était bien au centre de l'univers, elles n'auraient aucune peine à relire les Écritures à la lumière de la vérité -, mais simplement parce qu'elle avait une position plus scientifique. L'assignation à résidence forcée dans sa propre villa d'Arcetri (absolument rien à voir avec un emprisonnement) de 1633 n'était pas la conséquence de l'exposition des thèses coperniciennes par Galilée, mais celle de la violation de la censure de 1616. Donc, Galilée a été condamné à résidence pour avoir violé une décision de justice antérieure, pas pour avoir rejeté le système ptoléméen. La menace de torture, c'est surtout du pipo.