Rincevent

Tout médicament, même ceux qui semblent les plus bénins, peut faire l'objet de surdoses et d'effets secondaires quand il est pris n'importe comment (un traitement médicamenteux, ce n'est pas qu'une molécule, c'est aussi une posologie et une chronologie). Que des cons au QI plus bas que la température anale fassent des conneries avec un truc "à la mode" ne me semble pas newsworthy, à part peut-être pour se sentir plus intelligent qu'eux à peu de frais. Du coup, ça ne dit pas grand-chose sur ledit truc à la mode, ça dit assez peu de trucs nouveaux sur les cons (qui osent tout, ce qu'on sait depuis toujours*), ça en dit plus long en revanche sur ceux (producteurs ou consommateurs de nouvelles) qui jugent ça newsworthy. *Edit : on sait ça au moins depuis thomas d'Aquin, qui dans sa Somme théologique écrivait "Omnes stulti, et deliberatione non utentes, omnia tentant".

On dit "caucasoïdes".

Une connaissance y est récemment passée. Elle m'en a dit, textuellement, "cette ville est une sorte d'arnaque, tout est sale, vieux et cher, mais au moins la plupart des gens sont gentils".

Parent plus ou moins lointain, me dit-on.

Et des milliers de gens s’empoisonnent au paracétamol chaque année. So what ?

Pas du tout, l'affinité et l'avidité pour deux récepteurs différents n'auront probablement rien à voir. Edit : de toute façon, c'est une autre zone (le N-terminal domain) qui s'accroche aux récepteurs L-SIGN et DC-SIGN. Je te l'accorde, mais il est nécessaire d'explorer tout l'espace ce que la nature peut elle-même explorer, sans quoi on finit vite par avoir beaucoup plus de trous que de raquette. Pour AlphaFold, il faut se souvenir de la métrique utilisée pour déclarer que la simulation est un succès ou non. La métrique utilisée dans le concours CASP était en gros la somme des erreurs sur les positions des atomes de carbone de la chaîne principale ; mais à en croire divers commentateurs (j'ai lu les réactions de Stephen Curry et de Philip Ball, entre autres), l'erreur moyenne résiduelle est encore beaucoup trop grande pour avoir un modèle réellement fonctionnel des protéines mutées (la forme générale est plutôt OK, ce sont les détails qui coincent, ces mêmes détails qui sont cruciaux pour les calculs d'affinité, détails qui, de plus, reposent lourdement sur les autres atomes, ainsi que sur les oses qui viennent s'attacher à la protéine). Ça permet d'anticiper une partie des manières dont le virus pourra échapper à certains anticorps. Dit comme ça, c'est tout de suite beaucoup moins proche de "anticiper les mutations les plus dangereuses et les plus probables", sous-entendu "toutes". Pour faire mieux que l’immunité naturelle, il faudrait déjà faire vaguement aussi bien ; ce n'est pas le cas. Evolution. Doesn't. Care. C'est intéressant de partir sur des hypothèses simplificatrices pour développer un outil qui permet d'explorer une petite partie du réel et d'anticiper certains évènements qui pourraient s'y passer, mais crois bien que l'évolution se tamponne bien le coquillard de ce qui arrange telle ou telle équipe de recherche, et que toute hypothèse simplificatrice est une porte grande ouverte à ce qu'elle mette les chercheurs trop confiants en échec. Je suis super partisan de multiplier les approches innovantes dans ce genre, mais à chaque fois qu'une équipe prétend sauver le monde et révolutionner les choses, je suis extrêmement méfiant. Je suis devenu allergique au millénarisme scientiste, par respect pour la science. Je ne suis pas super convaincu. Si c'était le cas, on n'observerait pas un si grand écart de robustesse entre l'immunité post-infection et l'immunité post-injection. Mais sans doute l'avenir apportera-t-il davantage de "deaunnées sur le Quauvide".

Et la petite sœur de cette conférence, qui éclaire entre autres certains aspects méconnus des origines de l'Espagne.

Pourquoi deux mots quand on peut y passer deux heures ? https://vimeo.com/156520798

Oui, oui, oui. Certains disent que ça a pu ouvrir un peu la porte auxdites merdes subséquentes, mais je pense que ce n'est vrai que si l'on interprète mal la série (i.e. si on a déjà le cerveau prêt à sombrer, donc pas la faute à Buffy). Note aussi, @Bisounours, que le "remake HD" (avec changement de colorimétrie et de cadrages, notamment) a été très vertement critiqué.

Ah, de vieux souvenirs de Six Sigma ressurgissent.

7000 passagers, et seulement 2300 membres d'équipage ? Et on ose appeler ça du luxe ? Le Beau-Rivage de Lausanne, c'est 170 chambres pour 300 embauches par an ; et dans un navire, il y a besoin d'autrement plus de personnel que dans un hôtel. Remboursez !

Et bien souvent, l'obsession pour des inconnus de l'autre côté de la Terre qu'on ne croisera jamais est une excuse bien commode pour ne pas s'occuper des siens.

Le titre est aussi simple et passe-partout que la conférence est passionnante :

Officiellement. (Le rattachement avait eu lieu tout juste quelques années auparavant).

Ok, alors le premier papier a un scope à la fois différent et beaucoup plus humble : il s'agit de prévoir les mutations, uniquement dans le "receptor-binding domain" (RBD), qui permettraient à la spicule d'échapper aux anticorps. C'est une application beaucoup plus crédible, même si je pense qu'il faut voir ça comme une piste pour générer de nouvelles idées, et non pas comme l'intégralité de ce qu'il y a à trouver. Première limite trouvée en parcourant le papier : l'équipe n'a testé que 10 anticorps différents (il est à parier qu'il y en a beaucoup plus, ils le mentionnent eux-mêmes). Un point positif, la prise en compte des "mutants with decreased ACE2 affinity that might enable antibody escape". Mais comme prévu, leur "nearly all possible amino-acid mutations in the 201-residue RBD" est un pieux mensonge ; au mieux, ils ont testé la plupart des SNPs qui gardaient un RBD vaguement compatible avec ACE2, pas l'ensemble de la spicule, et notamment pas les autres domaines intéressants.

Oh, donc le premier pont suspendu en fil de fer au monde était à Genève, probablement quelque part au niveau de l'actuelle Promenade du Pin ou de la rue Charles Galland. La Suisse, tu peux pas test.

Je le lirai avec intérêt. Mais pour le moment je reste très sceptique, notamment pour les raisons que voici : Il n'y a pas que la compatibilité, aka l'affinité (la capacité à s'emboîter et à activer la cible) qui soit en jeu, il y a aussi l'avidité (la capacité à s'approcher de la cible de manière plus fiable que par simple mouvement brownien). Déjà, pas certain que les simulations prennent en compte les deux facteurs à la fois. Oh, et tu savais que le virus peut aussi pénétrer d'autres types de cellules par les récepteurs L-SIGN ou DC_SIGN ? Non, mais par paquets de quatre ou cinq ça arrive, notamment pour les souches qui passent par un hôte animal (c'est le cas de la souche "visons", qui a donné la deuxième vague). Et ça porte l'espace de recherche à la puissance correspondante. La spicule du Sars-Cov-2 fait 1273 acides aminés, pas 200. La zone de contact en fait sans doute moins, mais le reste de la protéine ne sert pas à rien, notamment pour ce qui est de l'intégrité de l'assemblage du trimère. AlphaFold a certes constitué une avancée majeure dans ce sens, mais même 90 % de réussite n'est pas 100 % (et vu le nombre de molécules à simuler, ça commence à faire beaucoup de trous dans la raquette, d'autant qu'en fait le vrai pourcentage de réussite est nettement inférieur parce que le critère retenu était purement géométrique et pas fonctionnel). Ah, et je n'ai pas vu les détails, mais si AlphaFold a réussi à simuler des conformations protéiques, je doute fort qu'il ait simulé des polymères protéiques (la spicule est un trimère), ni des glycoprotéines (ce qu'est la spicule). Pourquoi swapper (je suppose que tu parles de SNPs), plutôt que d'envisager des délétions, insertions, ou même des mutations multi-bases plus complexes ? Avec de telles hypothèses "simplificatrices", la raquette va vite avoir un format timbre-poste. Avec des "si"... je te laisse compléter le proverbe. J'ai détaillé plus haut pourquoi aucun de ces "si" ne me semblait crédible dans l'état actuel des choses, même de loin. Oui et non. Natura non facit saltus (ou en tous cas pas trop), mais l'évolution est procède souvent par "recuit" (un passage par des étapes dégradées qui permettent d'accéder à des optima distants, impossibles à atteindre en ne sélectionnant que les mutations neutres ou améliorantes). TL;DR : il y a beaucoup de choses prometteuses, mais prétendre qu'on pourra à court terme utiliser ça productivement et de manière routinière, c'est donner de faux espoirs. La technologie ne me semble pas mature, et ses promoteurs non plus. Restreindre l'espace des recherches quand la nature l'explore en entier, c'est se condamner à se faire surprendre à chaque fois par des trucs qu'on n'avait pas prévus, non pas parce qu'on ne les connaissait pas, mais parce qu'on a refusé de les prendre en compte. Ce n'est pas une possibilité, c'est une promesse, parce que "Life, uh, finds a way".

Je ne vois pas le problème, c'est parfaitement vrai. Note bien que la citation originelle était plutôt "si quelqu'un ne veut pas travailler, il ne doit pas manger". On a probablement pas mal perdu à la traduction, du grec à l'anglais (Spencer semble citer la traduction de 2 Thessaloniciens 3:10 dans la version qu'on trouve dans la version du Roi Jacques et nulle part ailleurs) puis au français (déjà, en anglais la citation est au conditionnel, perdu à la dernière étape de traduction vers le Français pour des raisons pas claires). Dans le Semeur, on a "Que celui qui refuse de travailler renonce aussi à manger", et c'est très proche de ce que Chouraqui traduit de manière littérale, de ce que la TOB propose, de ce que Crampon rend, et tout ceci de toute façon est fort éloigné de la King James.

Ai-je récemment rappelé que la pression pathogénique perçue est fortement corrélée à l'autoritarisme ? ?

Hmmm, anticiper des déplacements aléatoires dans un espace à très grande dimensionnalité et hautement non-linéaire ? Tu dis ça sérieusement ?

Disons que les vaccins basés sur des virus complets, qu'ils soient tués ou affaiblis, ont plus de chance de répliquer une immunité large que ceux qui sont ciblés sur un unique antigène (en l'occurrence, la spicule).

Ok, ceux-là ont donc un QI supérieur à la température anale.

TIL.

Je viens de m'enquiller la semaine sur Simone Weil. Assez intéressant, sur un personnage hors du commun, même si le troisième épisode est très en dessous (une universitaire canadienne pleine de phraséologie et de trendy bullshit, qui parle du travail chez Weil sans probablement avoir jamais goûté à la chose).

This.