Coronavirus : publications scientifiques, cartes, statistiques, essais cliniques etc.

[Freezbee]

Corrélation ≠ causalité, mais...

 

Correlation between universal BCG vaccination policy and reduced morbidity and mortality for COVID-19: an epidemiological study

 

Citation

Abstract

 

COVID-19 has spread to most countries in the world. Puzzlingly, the impact of the disease is different in different countries. These differences are attributed to differences in cultural norms, mitigation efforts, and health infrastructure. Here we propose that national differences inCOVID-19 impact could be partially explained by the different national policies respect to Bacillus Calmette-Guérin (BCG)childhood vaccination. BCG vaccination has been reported to offer broad protection to respiratory infections. We compared large number of countries BCG vaccination policies with the morbidity and mortality for COVID-19. We found that countries without universal policies of BCG vaccination (Italy, Nederland, USA) have been more severely affected compared to countries with universal and long-standing BCG policies. Countries that have a late start of universal BCG policy (Iran, 1984) had high mortality, consistent with the idea that BCG protects the vaccinated elderly population. We also found that BCG vaccination also reduced the number of reported COVID-19 cases in a country. The combination of reduced morbidity and mortality makes BCG vaccination a potential newtool in the fight against COVID-19.

 

[Sekonda]

On 3/29/2020 at 12:41 PM, Freezbee said:

Au sujet de la contagiosité :

 

Si quelqu'un est arrivé à l'immunité et est exposé à une quantité modérée de virus, quelles sont les conséquences attendues ? Juste de la fatigue liée à l'action du système immunitaire ? 

[Freezbee]

@Sekonda Désolé, je n'en ai pas la moindre idée. D'une part, je ne suis pas médecin et d'autre part je crois qu'on sait encore peu de chose sur l'immunité acquise après l'infection au SARS-CoV-2 (notamment sur sa durée). Comme il a été mentionné plusieurs fois dans ce fil, il y a au moins quelques cas documentés de réinfection.

[Freezbee]

Carte des hospitalisations/décès en France : https://mapthenews.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/5df19abcf8714bc590a3b143e14a548c

 

 

En Allemagne : Robert Koch-Institut: COVID-19-Dashboard

Au Canada : Suivi de la pandémie de COVID-19 au Canada

En Côte d'Ivoire : Cas de coronavirus COVID-19 recensés en Côte d'Ivoire

En Espagne : Covid-19 en España

À Hong Kong : Coronavirus Disease (COVID-19) in HK

En Irlande : Ireland - COVID-19 Status

En Israël : חשיפה לקורונה

En Italie : COVID-19 Italia - Monitoraggio della situazione

Aux Pays-Bas : Coronavirus in Nederland (desktop weergave)

En Pologne : COVID-19 panel

Au Portugal : Evolução de COVID-19 em Portugual

Au Royaume-Uni : Total UK COVID-19 Cases Update

En Suisse : COVID-19 Dashboard - Suisse et Principauté de Liechtenstein

 

[Rübezahl]

accès à plein de sites de chiffres et graphiques ici

https://ozat.fr/doc/chiffres/

 

[Lancelot]

À propos de tests, vous avez vu passer ça ? https://www.gov.uk/government/news/government-launches-new-drive-on-coronavirus-tests-for-frontline-nhs-staff

Quote

NHS staff will be first in line for a new coronavirus (COVID-19) testing programme being developed in collaboration with government and industry.

[...]

Dozens of universities, research institutes and companies across Britain are lending their testing equipment to 3 new hub laboratories which will be set up for the duration of the crisis. No equipment already in use for coronavirus testing or other vital work will be taken.

All current coronavirus testing and research will continue, including at existing local NHS and Public Health England test laboratories, and this new programme will add significant new capacity.

Thermo Fisher Scientific and Randox, who make the equipment, are providing extensive logistical and technical support.

The first lab is now undergoing validation which is expected by tomorrow. Once approval is given, it is expected to enter operation over the weekend, initially on a fairly small scale, and processing around 800 samples.

It will be scaled up every week from then on, with 2 other hub laboratories being stocked with equipment and opening soon.

The first samples to be processed in the labs will be taken from frontline health workers. As the labs’ capacity increases, other frontline workers will be tested. The samples will be taken at special sites set up around the country, initially in coronavirus hotspots such as London.

Work is also underway to source more of the kits needed to take samples from people - of which there is a worldwide shortage.

[...]

This new service, which will be free, will help end the uncertainty of whether NHS staff need to stay at home. Those who test negative for coronavirus will be able to return to work - enhancing the capacity of the NHS and social care to treat patients and care for those in community settings, with plans for a full roll-out for health, social care and other frontline workers.

Amazon and Royal Mail will help with logistics, while Boots has been supporting initial trials by supplying volunteer healthcare clinicians as testers. It will continue this support as the testing rolls out across the UK. Testing will not be done at Boots stores and these tests will not be available over the counter or for purchase online from any retailers.

[...]

Creating the new hub laboratories is one of 3 main strands to increase our testing programme. The other 2 are boosting the capacity of existing local NHS and Public Health England labs; and urgently analysing the reliability of home testing kits that do not need labs. These could be a game-changer - if they are reliable.

 

[Lancelot]

Preprint d'une nouvelle étude sur l'hydroxychloroquine : https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.22.20040758v1

Quote

Efficacy of hydroxychloroquine in patients with COVID-19: results of a randomized clinical trial

 

Aims: Studies have indicated that chloroquine (CQ) shows antagonism against COVID-19 in vitro. However, evidence regarding its effects in patients is limited. This study aims to evaluate the efficacy of hydroxychloroquine (HCQ) in the treatment of patients with COVID-19. Main methods: From February 4 to February 28, 2020, 62 patients suffering from COVID-19 were diagnosed and admitted to Renmin Hospital of Wuhan University. All participants were randomized in a parallel-group trial, 31 patients were assigned to receive an additional 5-day HCQ (400 mg/d) treatment, Time to clinical recovery (TTCR), clinical characteristics, and radiological results were assessed at baseline and 5 days after treatment to evaluate the effect of HCQ. Key findings: For the 62 COVID-19 patients, 46.8% (29 of 62) were male and 53.2% (33 of 62) were female, the mean age was 44.7 (15.3) years. No difference in the age and sex distribution between the control group and the HCQ group. But for TTCR, the body temperature recovery time and the cough remission time were significantly shortened in the HCQ treatment group. Besides, a larger proportion of patients with improved pneumonia in the HCQ treatment group (80.6%, 25 of 32) compared with the control group (54.8%, 17 of 32). Notably, all 4 patients progressed to severe illness that occurred in the control group. However, there were 2 patients with mild adverse reactions in the HCQ treatment group. Significance: Among patients with COVID-19, the use of HCQ could significantly shorten TTCR and promote the absorption of pneumonia.

 

[poney]

j'ai relu 2x et je ne comprends pas d'ou vient le "all 4 patients", de quels 4 patients parlent-ils  ?

[Lancelot]

4 minutes ago, poney said:

j'ai relu 2x et je ne comprends pas d'ou vient le "all 4 patients", de quels 4 patients parlent-ils  ?

Oui l'anglais n'est pas clair par endroit (les auteurs sont chinois). Je suppose qu'ils voulaient dire "Notably, all 4 patients that progressed to severe illness occurred in the control group."

[poney]

Ah, ok, y a des passages obscurs mais à un moment j'ai cru que c'était moi qui loupait une phrase;

Au moins ils ont l'air capable de faire un groupe de contrôle équivalent au groupe traité et de pas débarquer les cas emmerdants au milieu de l'étude.

 

Une différence de 25 points entre les deux groupes (7 personnes) c'est bien, ce n'est pas le miracle attendu non plus, mais en 5 jours c'est encourageant.
Ils n'ont pas utilisé d'antibiotique par contre ? Et j'espère que l'article dira a quel stade des symptômes ça a été administré (apparemment c'est un des gros enjeux).

 

[Lancelot]

C'est assez inespéré parce que je pense qu'une étude randomisée comme ça ne passerait pas du tout en Europe au niveau éthique.

J'ai survolé et pour les symptômes c'est asymptomatique ou léger ("The exclusion criteria: 1. Severe and critical illness patients or participating in the trial does not meet the patient's maximum benefit or does not meet any criteria for safe follow-up in the protocol after a doctor’s evaluation") donc a priori on reste dans l'idée que quand on est à un stade sévère c'est déjà trop tard. C'est aussi sans antibiotiques oui, et avec une dose différente comparé à ce que fait l'équipe de Raoult (400mg/jour contre 600mg/jour). Au final ils restent modérés dans leur conclusion :

Quote

Despite our small number of cases, the potential of HCQ in the treatment of COVID-19 has been partially confirmed. Considering that there is no better option at present, it is a promising practice to apply HCQ to COVID-19 under reasonable management. However, Large-scale clinical and basic research is still needed to clarify its specific mechanism and to continuously optimize the treatment plan.

 

[Freezbee]

 

[PABerryer]

Vu les échos que j'ai de mes contacts travaillant à l'hôpital c'est très dur pour eux.

[Rübezahl]

Liste de liens vers chiffres et graphiques -> https://ozat.fr/doc/chiffres/

(Preneuse de compléments).

[Freezbee]

Ce fil est destiné à recevoir tout ce qui traite de la pandémie sous un angle mathématique : vidéos, articles...

 

J'ouvre le bal avec des articles publiés sur le blog d'un prof d'informatique :

 

Un tout petit peu d'épidémiologie mathématique

 

Sur l'impact de la structure du graphe social dans le taux d'attaque des épidémies

 

Dans ce domaine, cette vidéo est très complète et très didactique (via 3Blue1Brown) :

 

 

Citation

Mathematical Sciences Research Institute (MSRI)

 

Where are we with COVID-19, and how are mathematical models and statistics helping us develop strategies to overcome the burden of infections. Nicholas P. Jewell is Chair of Biostatistics and Epidemiology at the London School of Medicine and Tropical Medicine and Professor of the Graduate School (Biostatistics and Statistics) at the University of California, Berkeley.

 

[Freezbee]

 

Citation

Ben Sparks explains (and codes) the so-called SIR Model being used to predict the spread of cornavirus (COVID-19).

 

[Freezbee]

 

Citation

This video is a collaboration with Aatish Bhatia about how to see the COVID-19 tipping point - we present a better way to graph COVID-19 coronavirus cases using a logarithmic scale in "phase space" - plotting the growth rate against the cumulative cases, rather than either of these against time.

 

[Freezbee]

Sur 3Blue1Brown :

 

 

 

[Freezbee]

Possible Transmission of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in a Public Bath Center in Huai’an, Jiangsu Province, China

 

Citation

Results

 

The bath center for men was approximately 300 m², with temperatures from 25 to 41 °C and humidity of approximately 60%. It contained a swimming pool, showers, and sauna. The first patient (patient 1) had traveled to Wuhan. He went to the bath center and showered on January 18, 2020. He started experiencing a fever on January 19, 2020, and was diagnosed with COVID-19 on January 25, 2020. The next 7 patients showered, used the sauna, and swam in the same center on January 19 (patients 2, 3, and 4), January 20 (patient 5), January 23 (patients 6 and 7), and January 24 (patient 8). The symptoms associated with COVID-19, including fever, cough, headache, and chest congestion, appeared between 6 and 9 days after visiting the bath center. Patient 9 was working in the bath center and experienced onset on January 30. Infection in all patients was confirmed by positive reverse transcription–polymerase chain reaction assay results

 

[Rübezahl]

#COVID19 et "choc cytokinique"

https://vidal.fr/actualites/24612/covid_19_le_role_du_choc_cytokinique_et_les_premieres_pistes_therapeutiques

 

[Sekonda]

Une ressource pour les papiers : https://www.researchhub.com/hubs/covid-19-coronavirus

[RaHaN]

Potential Effect of Hydroxychloroquine in Diabetes Mellitus: A Systematic Review on Preclinical and Clinical Trial Studies

 

Citation

Most of these studies showed significant improvement of lipid profile and insulin levels and substantial diminution of hemoglobin A1c, fasting plasma glucose, and postprandial blood glucose levels. Reduction in lysosomal degradation of the internal insulin-insulin receptor complex and enhancement in insulin sensitivity and adiponectin levels are some of the hypothesized mechanisms for the antidiabetic effect of hydroxychloroquine.

 

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Par ailleurs, au Royaume-Uni, 64% des patients en intensif seraient en surpoids.

Aussi,  sur une étude du CDC, environ 78 % des patients des unités de soins intensifs et 71 % des patients hospitalisés pour une COVID-19 avaient un ou plusieurs problèmes de santé sous-jacents déclarés. A l'inverse, 27% des patients qui n'ont pas été hospitalisés avaient au moins un problème de santé sous-jacent.

 

La discussion autour des facteurs de risque commence à arriver en France, principalement autour de l'obésité. Evidemment, ça passera à côté de l'essentiel.

Je ne sais plus qui disait qu'il aimerait bien les data auprès des jeunes. Et ben pareil, je guette.

[Rübezahl]

https://www.mediterranee-infection.com/point-sur-lepidemie-de-covid-19-a-marseille/

20.000 marseillais testés -> 16.6% d'infectés

 

Hydroxychloroquine rated ‘most effective therapy’ by doctors for coronavirus: Global survey - https://go.shr.lc/2JLaKzP

survey sur 6000 toubibs

 

Des mots-clés liés au coronavirus ont émergé sur le réseau chinois WeChat bien avant que les premiers cas soient confirmés https://www.businessinsider.fr/des-mots-cles-lies-au-coronavirus-ont-emerge-sur-le-reseau-chinois-wechat-bien-avant-que-les-premiers-cas-soient-confirmes-184232

pas reviewé. Mais résultats pas étonnants ama.

 

[Lancelot]

3 hours ago, Rübezahl said:

https://www.mediterranee-infection.com/point-sur-lepidemie-de-covid-19-a-marseille/

Je suis surpris de leurs chiffres qui ne sont pas complètement cohérents avec ceux d'ici : https://www.mediterranee-infection.com/covid-19/

Ils disent 20 987 Marseillais testés, 3 486 positifs et 26 décès soit une mortalité de 0.7% par COVID.

Sur l'autre site, toujours pour le 3 avril, c'est 22 394 testés (admettons qu'ils ne soient pas tous marseillais, ça passe), 3005 positifs et 33 décès (donc par contre on gagne des positifs et on perd des décès ?) soit une mortalité de 1%.

On peut aussi comparer avec la sous-population traitée à l'hydroxychloroquine + azithromycine : 1818 patients et 5 décès (trois depuis hier ??) soit une mortalité de 0.3%.

Si ces patients sont inclus dans les 3005 précédents, alors ça fait 1187 patients non-traités et 28 décès, soit une mortalité de 2.4% (ce qui se rapproche du chiffre de 3% estimé à la louche au niveau mondial).

[Johnnieboy]

On en est où alors sur la chloroquine ? Je lis tellement d'études contradictoires...

[Rübezahl]

il y a 44 minutes, Johnnieboy a dit :

On en est où alors sur la chloroquine ? Je lis tellement d'études contradictoires...

https://ozat.fr/doc/traitements/

voir la news d'aujourd'hui.

[Johnnieboy]

il y a 10 minutes, Rübezahl a dit :

https://ozat.fr/doc/traitements/

voir la news d'aujourd'hui.

 

Trop orienté et polémique, ça ne m’intéresse pas, désolé.

[Lancelot]

12 minutes ago, Rübezahl said:

voir la news d'aujourd'hui.

Oui enfin les consensus...

[Rübezahl]

il y a 1 minute, Lancelot a dit :

Oui enfin les consensus...

1/ Si vous avez mieux, surtout ne vous gênez pas les gars hein.

2/ Et, si vous avez du temps à perdre, révisez aussi "nirvana fallacy" tant que vous y êtes.

[Lancelot]

27 minutes ago, Rübezahl said:

1/ Si vous avez mieux, surtout ne vous gênez pas les gars hein.

2/ Et, si vous avez du temps à perdre, révisez aussi "nirvana fallacy" tant que vous y êtes.

Si tu veux tu peux regarder une vingtaine de posts au dessus, j'y parle de la dernière étude en date qui est également mentionnée dans un de tes liens paru le même jour. L'état de l'art actuel s'arrête là. Les consensus ce n'est pas de la science, ni pour ça ni pour le réchauffisme ni pour quoi que ce soit.