Vaccin : quand, qui, comment ?

[Rincevent]

il y a 8 minutes, Noob a dit :

- La principale cause d'apparition de variants n'est pas la pression de sélection, mais le nombre total d'infections.

Tu mélanges deux choses qui nous intéressent dans cette épidémie. Plus de réplication c'est plus de mutations, donc techniquement plus de "variants-au-sens-large". Mais ces mutations arrivent dans toutes les directions possibles (une marche brownienne dans un espace de haute dimensionnalité, tout ça), et la sélection ne se fait que selon la viabilité du virus dans l'absolu (la plupart des mutations s'éloignant d'un optimum local, elles ont plus de chances d'avoir un effet légèrement délétère sur sa viabilité que l'inverse, cf les fameux graphiques où la plupart des souches de Sars-Cov-2 disparaissent plus ou moins après une douzaine de mutations). La pression de sélection, elle, modifie, pondère, oriente le succès de ces mutations de manière à répondre à la pression de sélection ; et si cette pression de sélection est très sélective à un endroit et plus lâche aux autres, alors les nouveaux variants qui apparaitront ne seront plus répartis relativement aléatoirement et uniformément mais de manière plus conforme à cette pression de sélection. Si il s'agit, au hasard, d'une pression de sélection négative sur une conformation particulière d'une protéine particulière, et bien les nouveaux variants qui apparaitront auront, figure-toi, une conformation différente de cette protéine, et échapperont donc au facteur qui aura occasionné cette pression de sélection (ce qui sera d'autant plus dommage si ledit facteur a coûté des trouzillions de brouzoufs à développer).

 

En un mot, si tu laisses un type bourré divaguer sur un pré bien plat ou sur une plage, il pourra finir par se retrouver n'importe où ; mais si tu le laisses divaguer à flanc de colline, il finira très probablement quelque part dans le ruisseau en bas.

 

Par ailleurs, dans la mesure où le virus est devenu endémique, il devient un peu illusoire de croire qu'on va contenir et contrôler la maladie jusqu'à la renvoyer d'où elle vient. C'est très printemps 2020, comme supposition. Donc il y aura des infectés, probablement par millions dans le monde, et qui plus est chaque année ; et si tu veux limiter ce nombre, commence par te laver les mains et demander aux autres de le faire. Tu n'imagines pas le nombre de gens qui se pointent chez le médecin sans jamais, jamais se passer les mains à l'alcool ou au savon d'une manière ou d'une autre.

 

il y a 37 minutes, Noob a dit :

- En plus là je vais tirer sur le messager, mais le type n'est plus très crédible. 

Plus personne n'est très crédible, dans cette crise. A moins que tu n'aies une white list de gens crédibles qui n'ont jamais erré depuis deux ans ?

[Philiber Té]

il y a 8 minutes, Rincevent a dit :

Tu mélanges deux choses qui nous intéressent dans cette épidémie. Plus de réplication c'est plus de mutations, donc techniquement plus de "variants-au-sens-large". Mais ces mutations arrivent dans toutes les directions possibles (une marche brownienne dans un espace de haute dimensionnalité, tout ça), et la sélection ne se fait que selon la viabilité du virus dans l'absolu (la plupart des mutations s'éloignant d'un optimum local, elles ont plus de chances d'avoir un effet légèrement délétère sur sa viabilité que l'inverse, cf les fameux graphiques où la plupart des souches de Sars-Cov-2 disparaissent plus ou moins après une douzaine de mutations).

 

J'ai déjà posté des questions à ce sujet ici (et je n'ai pas fait de retour sur toutes vos réponses, merci quand même), mais je n'ai pas l'impression que ce que dit Noob soit faux (ou mélangé ?). La pression de sélection, elle existe à partir du moment où il y a une réaction immunitaire. Et si comme tu le dis, il faut une douzaine de mutations pour que les variants* ne soient plus viables, alors ça laisse de la marge au virus. D'ailleurs, tu dis qu'il y a plus de chances d'avoir un effet néfaste que positif, mais quid de la catégorie "sans effet", ce n'est pas le cas de la majorité des mutations ?

Donc, c'est bel et bien le nombre total d'infections (i.e. de réplications) qui est la cause principale d'apparition de variants, non ? Rien de très confus là dedans.

 

* D'ailleurs, comment on définit un variant ? Un nombre de mutations, un pourcentage de différences génétiques, etc. ?

[Rincevent]

il y a 2 minutes, Philiber Té a dit :

* D'ailleurs, comment on définit un variant ? Un nombre de mutations, un pourcentage de différences génétiques, etc. ?

Bienvenue dans le monde flou de la microbiologie, où l'on est parfaitement infoutu de définir ce qui constitue un variant, une souche, une variété ou même une espèce avec des critères objectifs, abstraits, et applicables partout. Techniquement, tout virion mutant pourrait potentiellement être qualifié de variant, mais ce qu'on appelle concrètement variant dans le cadre de l'épidémie qui nous préoccupe, c'est un variant à succès, i.e. un ivrogne qui a réussi à se retrouver sur une autre colline que celle où on l'avait lâché.

 

il y a 10 minutes, Philiber Té a dit :

D'ailleurs, tu dis qu'il y a plus de chances d'avoir un effet néfaste que positif, mais quid de la catégorie "sans effet", ce n'est pas le cas de la majorité des mutations ?

Alors en fait pour te répondre précisément il faudrait que je fasse la liste de tous les codons (64) et de leurs traductions (20+1), de tous les SNPs possibles (3 par base, donc 27 par codon, donc probablement 1728 au total), pour enfin re-traduire et compter les changements ou non-changements de traductions correspondants... Heuuu, j'espère que tu ne m'en voudras pas si je ne le fais pas à cette heure avancée. Et encore je ne considère que les SNPs, même pas les délétions, insertions, ou erreurs multi-bases. Ni même si ledit changement a un effet important (oups, on passe de Cystéine à Stop), ou négligeable (passer de Leucine à Isoleucine, dans beaucoup de cas).

 

Beaucoup de mutations n'ont que très peu d'effet dans les organismes eucaryotes parce qu'une minorité du génome y est codant, mais chez les virus dont la grande majorité du génome code pour quelque chose, c'est déjà moins certain. Et puis quand tu accumules mutation sur mutation, la dépendance au chemin fait que plus grand chose n'est neutre in fine : passer de UUG (Leucine) à UGG (Tryptophane) est peut-être emmerdant (quoique les deux soient non chargés, apolaires et à peu près autant hydrophobes, donc ce n'est peut-être pas une catastrophe), mais si tu as eu d'abord UUG (Leucine) vers UUA (Leucine toujours), puis vers UGA (Stop), et bien le rôle de la mutation intermédiaire se révèle avec le recul très important.

 

il y a 35 minutes, Philiber Té a dit :

Donc, c'est bel et bien le nombre total d'infections (i.e. de réplications) qui est la cause principale d'apparition de variants, non ?

La manière dont on a choisi la pression de sélection artificielle (très forte, très locale) fait que des variants ont plus de chance d'apparaitre nettement plus "loin" (au sens de la distance dans l'espace des codons possibles) que ce qui aurait été le cas avec une pression plus homogène. Bon, après c'est de la géométrie sur des espaces de haute dimension (ou d'un module de type fini et de grande longueur, bref il est tard), il est probable que j'aie raté certains des effets super zarbs qu'on peut y trouver, et que la réalité soit encore plus surprenante.

[Bézoukhov]

il y a 35 minutes, Philiber Té a dit :

 

* D'ailleurs, comment on définit un variant ? Un nombre de mutations, un pourcentage de différences génétiques, etc. ?

 

Par la description des effets biologiques de la maladie.

Bon sang, combien de fois faudra-t-il expliquer qu'il faut limiter les médecins a l'exercice de la charlatanerie et de la boucherie ? On leur a parlé d'exponentielle ça a été une catastrophe. Maintenant ça cause genetique et c'est n'importe quoi.

 

C'était mon rant mensuel sur les médecins. J'avais oublié de le faire pour l'anniversaire de Molière.

 

il y a 38 minutes, Philiber Té a dit :

La pression de sélection, elle existe à partir du moment où il y a une réaction immunitaire.

 

Non. Ce qui se passe c'est que les techniques de prophylaxie anti-Covid stimulent une immunité en réaction à la protéine spike, et seulement celle-ci.

 

L'immunité naturelle acquise face au vrai virus a des chances de développer des stratégies plus variées que cette seule stratégie anti-spike.

 

La vaccination sur quelqu'un qui a déjà été infecté va également pousser son système immunitaire à prioriser la stratégie anti spike.

 

La vaccination créé donc une pression sélective à sens unique sur le vaccin, alors que l'immunité naturelle créé un ensemble de pressions sélectives.

[Bézoukhov]

Sinon quelqu'un saurait pourquoi on vacciné toujours sur la souche alpha qui a plus de deux ans ?

 

Nan parce que dans le monde d'avant, si on avait vacciné les vieux avec la souche de la grippe d'il y a deux ans, ça aurait fait un peu tiers monde.

 

M'enfin. Les gouvernements sont composés de crétins est sûrement la bonne réponse.

[Rincevent]

il y a une heure, Bézoukhov a dit :

Sinon quelqu'un saurait pourquoi on vacciné toujours sur la souche alpha qui a plus de deux ans ?

Fake news, on ne vaccine pas sur la souche Alpha. On vaccine sur la souche de Wuhan, alors que le variant Alpha (el famoso "variant anglais") est apparu fin 2020. 

[fm06]

7 hours ago, Vilfredo said:

Ce n'est pas seulement: tu dois faire ceci. C'est: tu dois vouloir le faire.

 

Exactement.  Cette posture est admirablement décrite par Orwell dans 1984.  L'aparatchik qui dirige le  "dressage" de Winston lui explique dans le détail qu'ils ne veulent pas le contraindre à admettre que 2+2=5, ils ne veulent pas le contraindre à aimer Big Brother.  Non, ils veulent qu'il soit sincèrement convaincu que 2+2=5 (ou que 2+2=4, selon ce que dit le parti) et qu'il aime sincèrement Big Brother.

 

 

[Airgead]

Il y a 5 heures, Bézoukhov a dit :

Sinon quelqu'un saurait pourquoi on vaccine quatre fois par an toujours sur la souche alpha qui a plus de deux ans ?

 

Fixed it for you

 

 

[Rübezahl]

Il y a 6 heures, Bézoukhov a dit :

Sinon quelqu'un saurait pourquoi on vacciné toujours sur la souche alpha qui a plus de deux ans ?

Exactement comme pour le sang contaminé, il faut fourguer les stocks, quoi qu'il en coûte.

[Lexington]

Il y a 8 heures, Noob a dit :

Il y a aussi des études dans l'autre sens, si je devais parier, je dirais que ça doit pas mal varier selon les variants et selon la gravité de l'infection.

 

C'est bien ce qui a été montré par la CDC que j'avais posté plus haut, la réponse n'est pas identique selon les variants. Sur certaine souches il semblerait que l'immunité vaccinale soit meilleure, sur d'autres c'est l'immunité de l'infection.

Il y a 6 heures, Bézoukhov a dit :

Sinon quelqu'un saurait pourquoi on vacciné toujours sur la souche alpha qui a plus de deux ans ?

 

Nan parce que dans le monde d'avant, si on avait vacciné les vieux avec la souche de la grippe d'il y a deux ans, ça aurait fait un peu tiers monde.

 

M'enfin. Les gouvernements sont composés de crétins est sûrement la bonne réponse.

 

De ma compréhension quand j'avais regardé avec la même interrogation que toi, c'était parce que ça marchait toujours, en particulier sur les formes graves. Pfizer a communiqué il y a quelques semaines être avancé sur un vaccin spécifique Omicron mais je ne sais pas s'il y a eu des nouvelles.

 

Edit, l'article du 25 janvier qui en parlait https://edition.cnn.com/2022/01/25/health/pfizer-biontech-omicron-vaccine-trial/index.html

[Philiber Té]

Il y a 9 heures, Bézoukhov a dit :

Non. Ce qui se passe c'est que les techniques de prophylaxie anti-Covid stimulent une immunité en réaction à la protéine spike, et seulement celle-ci.

 

L'immunité naturelle acquise face au vrai virus a des chances de développer des stratégies plus variées que cette seule stratégie anti-spike.

 

La vaccination sur quelqu'un qui a déjà été infecté va également pousser son système immunitaire à prioriser la stratégie anti spike.

 

La vaccination créé donc une pression sélective à sens unique sur le vaccin, alors que l'immunité naturelle créé un ensemble de pressions sélectives.

 

Tu me réponds non comme si ma phrase était fausse. Alors que, jusqu'à preuve du contraire, la pression de sélection existe bien à partir du moment où il y a une réaction immunitaire. Et avec ou sans ça, le virus connait des mutations qui donnent lieu à ce qu'on définit comme des variants. Donc la cause principale d'apparition des variants reste encore une fois le nombre d'infections.

 

Su la pression de sélection liée aux vaccins, on en avait effectivement discuté précédemment. Mais je ne crois pas avoir lu de conclusion sur la balance entre les effets positifs (limitation du nombre d'infections, des formes graves, etc.) et négatifs (pression de sélection spécifique) concernant l'apparition de nouveaux variants. A priori, les vaccins n'ont pas grand chose à voir avec les variants que l'on a connus jusqu'à maintenant : delta, omicron, etc.

[Philiber Té]

Il y a 9 heures, Rincevent a dit :

Bienvenue dans le monde flou de la microbiologie, où l'on est parfaitement infoutu de définir ce qui constitue un variant, une souche, une variété ou même une espèce avec des critères objectifs, abstraits, et applicables partout. Techniquement, tout virion mutant pourrait potentiellement être qualifié de variant, mais ce qu'on appelle concrètement variant dans le cadre de l'épidémie qui nous préoccupe, c'est un variant à succès, i.e. un ivrogne qui a réussi à se retrouver sur une autre colline que celle où on l'avait lâché.

 

Mais il doit bien y avoir des critères définis arbitrairement par quelqu'un ? Sinon à la première mutation détectée, on nous parlerait d'un nouveau variant, et à la seconde, d'un autre variant, etc. Bezoukohv dit que c'est pas "la description des effets biologiques de la maladie", qu'est ce qu ça signifie ? Si le nouveau virus muté ne se "comporte" pas comme la souche, alors il décroche son statut de variant : un symptôme, mécanisme d'infection, létalité, etc. différent et ça suffit ?

 

Il y a 9 heures, Rincevent a dit :

Alors en fait pour te répondre précisément il faudrait que je fasse la liste de tous les codons (64) et de leurs traductions (20+1), de tous les SNPs possibles (3 par base, donc 27 par codon, donc probablement 1728 au total), pour enfin re-traduire et compter les changements ou non-changements de traductions correspondants... Heuuu, j'espère que tu ne m'en voudras pas si je ne le fais pas à cette heure avancée. Et encore je ne considère que les SNPs, même pas les délétions, insertions, ou erreurs multi-bases. Ni même si ledit changement a un effet important (oups, on passe de Cystéine à Stop), ou négligeable (passer de Leucine à Isoleucine, dans beaucoup de cas).

 

Beaucoup de mutations n'ont que très peu d'effet dans les organismes eucaryotes parce qu'une minorité du génome y est codant, mais chez les virus dont la grande majorité du génome code pour quelque chose, c'est déjà moins certain. Et puis quand tu accumules mutation sur mutation, la dépendance au chemin fait que plus grand chose n'est neutre in fine : passer de UUG (Leucine) à UGG (Tryptophane) est peut-être emmerdant (quoique les deux soient non chargés, apolaires et à peu près autant hydrophobes, donc ce n'est peut-être pas une catastrophe), mais si tu as eu d'abord UUG (Leucine) vers UUA (Leucine toujours), puis vers UGA (Stop), et bien le rôle de la mutation intermédiaire se révèle avec le recul très important.

 

Je te rassure, je ne m'attends pas à ce que tu fasses le calcul toi même ! La littérature scientifique (mais pas trop pointu non plus) ou un "je ne sais pas" me vont très bien aussi.

Mais tu expliquais qu'en moyenne, il fallait une douzaine de mutations pour que le variant ne soit plus viable. Donc cela donne déjà une petit idée de l'effet (ou l'absence d'effet) des premières mutations, non ?

D'ailleurs, ça me permet de rebondir sur ma première question : un variant avec douze mutations est toujours considéré comme le même variant...

 

Il y a 9 heures, Rincevent a dit :

La manière dont on a choisi la pression de sélection artificielle (très forte, très locale) fait que des variants ont plus de chance d'apparaitre nettement plus "loin" (au sens de la distance dans l'espace des codons possibles) que ce qui aurait été le cas avec une pression plus homogène. Bon, après c'est de la géométrie sur des espaces de haute dimension (ou d'un module de type fini et de grande longueur, bref il est tard), il est probable que j'aie raté certains des effets super zarbs qu'on peut y trouver, et que la réalité soit encore plus surprenante.

 

Je ne suis pas sûr d'avoir compris le passage en gras.

Mais si je recroise ce que tu dis avec le dernier message de Bezoukhov, la pression de sélection liée aux vaccins correspond par exemple à une "stratégie anti-spike". Je ne vois toujours pas en quoi cela va à l'encontre de la phrase de Noob : "La principale cause d'apparition de variants n'est pas la pression de sélection, mais le nombre total d'infections." Ou alors j'ai raté l'explication sur le lien entre nos variants (delta, omicron, etc.) et la pression de sélection artificielle par les vaccins ? Est-ce que ce sont les mutations du "spike" qui caractériseraient (ou définiraient, vu que je n'ai toujours pas résolu cette question) les variants ?

[Noob]

11 hours ago, Rincevent said:

Tu mélanges deux choses qui nous intéressent dans cette épidémie.

Pas vraiment, j'ai juste pas voulu en faire une tartine.

11 hours ago, Rincevent said:

Plus de réplication c'est plus de mutations, donc techniquement plus de "variants-au-sens-large". Mais ces mutations arrivent dans toutes les directions possibles (une marche brownienne dans un espace de haute dimensionnalité, tout ça), et la sélection ne se fait que selon la viabilité du virus dans l'absolu (la plupart des mutations s'éloignant d'un optimum local, elles ont plus de chances d'avoir un effet légèrement délétère sur sa viabilité que l'inverse, cf les fameux graphiques où la plupart des souches de Sars-Cov-2 disparaissent plus ou moins après une douzaine de mutations). La pression de sélection, elle, modifie, pondère, oriente le succès de ces mutations de manière à répondre à la pression de sélection ; et si cette pression de sélection est très sélective à un endroit et plus lâche aux autres, alors les nouveaux variants qui apparaitront ne seront plus répartis relativement aléatoirement et uniformément mais de manière plus conforme à cette pression de sélection. Si il s'agit, au hasard, d'une pression de sélection négative sur une conformation particulière d'une protéine particulière, et bien les nouveaux variants qui apparaitront auront, figure-toi, une conformation différente de cette protéine, et échapperont donc au facteur qui aura occasionné cette pression de sélection (ce qui sera d'autant plus dommage si ledit facteur a coûté des trouzillions de brouzoufs à développer).

Oui, mais c'est tout aussi vrai des l'immunité causée par l'infection. La preuve, on a pas eu besoin des vaccins pour se prendre les variants anglais en 2020 et sudaf en 2021 dans la gueule .

Dans le cas d'une infection naturelle tu tires un peu plus au hasard les anti-corps qui éradiqueront le virus. Typiquement on connait assez bien les distributions des différents anti-corps et on sait qu'une infection produira une quantité non négligeable d'anticorps qui attaqueront des zones qui ne sont pas critiques pour la liaison à l'ACE2.
Si bien qu'aucune mutation sur ces zones là n'aura d'influence sur la capacité du virus à infecté nos cellules. A l'inverse les vaccins en Europe sont fait pour viser la Spike. Alors oui c'est pas parfait pour l'instant, mais cela dit ça se développe gentiment. J'ai entendu parlé d'au moins deux stratégies.

- Trivialement des vaccins multivalents, mais l'inconvénient c'est qu'il faut attendre les variants pour les adapter.

- La production de chimère qui forcent la production d'anti-corps sur des zones beaucoup plus stables.
Cette dernière stratégie semble possible puisqu'on sait que quelques patients guéris du sars de 2003 ont des anticorps capables de neutraliser sars-cov2 et tous les variants. C'est l'origine du Sotrovimab (s309). Il existe aussi un autre anticorps (s2k146) qui est connu et pour lequel les mutations nécessaire pour une évasion cause une liaison nettement moins forte à l'ACE2 (https://www.science.org/doi/epdf/10.1126/science.abm8143).

On sait aussi que dans le cas d'une infection on produit beaucoup d'anticorps contre la spike en conformation post fusion. Ceux-ci sont bien sûr peu protecteur contre une infection. (De tête je dirais autant que pour la conformation pré-fusion, mais en tout cas dans le même ordre de grandeur).

11 hours ago, Rincevent said:

En un mot, si tu laisses un type bourré divaguer sur un pré bien plat ou sur une plage, il pourra finir par se retrouver n'importe où ; mais si tu le laisses divaguer à flanc de colline, il finira très probablement quelque part dans le ruisseau en bas.

 

Par ailleurs, dans la mesure où le virus est devenu endémique, il devient un peu illusoire de croire qu'on va contenir et contrôler la maladie jusqu'à la renvoyer d'où elle vient. C'est très printemps 2020, comme supposition. Donc il y aura des infectés, probablement par millions dans le monde, et qui plus est chaque année ; et si tu veux limiter ce nombre, commence par te laver les mains et demander aux autres de le faire. Tu n'imagines pas le nombre de gens qui se pointent chez le médecin sans jamais, jamais se passer les mains à l'alcool ou au savon d'une manière ou d'une autre.

Ah mais je suis bien d'accord qu'on ne peut pas compter sur la fin de l'épidémie sans qu'un vaccin qu'on a pas encore ne finisse par cerner les mutations. C'est pareil pour la grippe et tous les rhumes.

Simplement faut pas compte sur l'immunité naturelle non plus.  Par contre vu la létalité du machin sur toutes les population fragiles nulles doutes que la recherche va encore beaucoup progresser.

À titre perso, je ne serais pas surpris si dans la décennie qui vient on arrivait à trouver des vaccins efficaces contre tous les sarbecovirus ou contre toutes les grippes.

11 hours ago, Rincevent said:

Plus personne n'est très crédible, dans cette crise. A moins que tu n'aies une white list de gens crédibles qui n'ont jamais erré depuis deux ans ?

Jamais erré je sais pas et fine ce serait sûrement impossible. J'évacue surtout ceux qui persistent dans leurs conneries (Raoult Charbrière). Mais en fonction de ce que je recherche je suis plus ou moins tolérant. Pour parler comme un ingénieur je cherche un très bon signal sur bruit. Si le bruit est facilement filtrable je prends sinon raus.

Si je recherche de la vulga en biologie en en ce moment je suis Duxpa6 et locuste_1 sur twitter comme ils sont aussi suivis par des paires je me dis que j'ai assez peu de chance de me faire enfiler. S'ils ont divagué sur d'autres sujets je n'en sais rien, mais après tout je m'en fous tant que leur vulga est bonne.

En fait les libéraux sont sans doute très habitués à faire le tri entre les infos techniques et les prises de position plus personnelles des différents auteurs qu'on lit.  

Et sinon dans les auteurs dont je suis de temps en temps les publications j'ai quelque point d'entrée et ensuite je suis la liste des co-auteurs. Typiquement les membres passés ou présent du Veesler lab.

Du coup pour les retrouvés je passe par les comptes twitter de jbloom lab et du veesler lab qui twitte régulièrement quand une publi de chez eux sort. Ça me permet de régulièrement checker ce que les auteurs ( et co-auteurs à n+1 ou 2 parfois) ont fait récemment. 

 

En ce qui concerne les débunk c'est plus au cas par cas. Je ne saurais dire qui suivre. J'ai des threads de référence dont j'ai vérifier moi-même le contenu, mais je ne dirais pas que l'auteur est nécessairement irréprochable, juste que sur ce point là le boulot a été fait.

 

9 hours ago, Bézoukhov said:

Nan parce que dans le monde d'avant, si on avait vacciné les vieux avec la souche de la grippe d'il y a deux ans, ça aurait fait un peu tiers monde.

Le truc c'est que dans le cas de la grippe on a un ensemble fini  de souches qui reviennent régulièrement. On mélange 3 vaccins déjà existants pour des souches connues. Et deux fois par an l'OMS tire trois candidats et on espère que ça tombera juste avec ce qui va débarquer.

9 hours ago, Bézoukhov said:

M'enfin. Les gouvernements sont composés de crétins est sûrement la bonne réponse.

La seule solution serait de raccourcir les essais cliniques. Ce qui pourrait être fait, mais quand on voit la réticence de certains après 9 mois d'essais...

C'est d'ailleurs ce que disait Bancel sur BFM TV en décembre, Moderna serait prêt à lancer un nouveau vaccin relativement rapidement (février mars ?) pour omicron si les états acceptent une mise sur le marché plus rapide.

Parce que pour le coup la chaine de production n'a pas besoin de transformation. En fait probablement que si la technique vient à être éprouvée peut-être qu'il n'y aura plus besoin d'essaie de phase III.

Après tout on reçoit toujours de l'ARN viral à chaque infection et les variants n'on pas besoin de l'approbation de la FDA. Si la composition de l'enveloppe reste la même, pas de raison de penser que des changements dans l'arnm causent des effets différents.

[GilliB]

il y a 5 minutes, Philiber Té a dit :

Mais si je recroise ce que tu dis avec le dernier message de Bezoukhov, la pression de sélection liée aux vaccins correspond par exemple à une "stratégie anti-spike". Je ne vois toujours pas en quoi cela va à l'encontre de la phrase de Noob : "La principale cause d'apparition de variants n'est pas la pression de sélection, mais le nombre total d'infections." Ou alors j'ai raté l'explication sur le lien entre nos variants (delta, omicron, etc.) et la pression de sélection artificielle par les vaccins ? Est-ce que ce sont les mutations du "spike" qui caractériseraient (ou définiraient, vu que je n'ai toujours pas résolu cette question) les variants ?

Les espèces ne sont pas fixes, il y a des variations neutres et des variations qui entrainent adaptation du virus sous la pression sélective. Les mutations neutres on s'en fout, ce sont les variants résistants au vaccin qui nous préoccupent. Plus il y a de réplication de virus plus il y aura de mutations, mais si elles sont neutres ce n'est pas grave. Par contre une pression sélective favorisant les virus mutants résistants au vaccins est problématique. C'est comme les antibiotiques, plus tu les prescris plus des résistances apparaissent. Mais si tu as une méningite, tu en prescris bien entendu. Vacciner les jeunes est donc contre productif. 

[Philiber Té]

il y a 2 minutes, GilliB a dit :

Les espèces ne sont pas fixes, il y a des variations neutres et des variations qui entrainent adaptation du virus sous la pression sélective. Les mutations neutres on s'en fout, ce sont les variants résistants au vaccin qui nous préoccupent. Plus il y a de réplication de virus plus il y aura de mutations, mais si elles sont neutres ce n'est pas grave. Par contre une pression sélective favorisant les virus mutants résistants au vaccins est problématique. C'est comme les antibiotiques, plus tu les prescris plus des résistances apparaissent. Mais si tu as une méningite, tu en prescris bien entendu. Vacciner les jeunes est donc contre productif. 

 

J'aurais pensé qu'on s'inquiétait plutôt des mutations qui entraineraient une plus grande létalité (ou contamination). D'autant qu'il me semble que les entreprises concernées nous assurent être capables d'adapter facilement de nouveaux vaccins si besoin... pour ce que ça vaut.

 

Et sur le parallèle avec les antibiotiques, justement, je relance mon interrogation :

"Sur la pression de sélection liée aux vaccins, on en avait effectivement discuté précédemment. Mais je ne crois pas avoir lu de conclusion sur la balance entre les effets positifs (limitation du nombre d'infections, des formes graves, etc.) et négatifs (pression de sélection spécifique) concernant l'apparition de nouveaux variants. A priori, les vaccins n'ont pas grand chose à voir avec les variants que l'on a connus jusqu'à maintenant : delta, omicron, etc."

 

[Rincevent]

il y a 35 minutes, Philiber Té a dit :

Mais il doit bien y avoir des critères définis arbitrairement par quelqu'un ? Sinon à la première mutation détectée, on nous parlerait d'un nouveau variant, et à la seconde, d'un autre variant, etc. Bezoukohv dit que c'est pas "la description des effets biologiques de la maladie", qu'est ce qu ça signifie ? Si le nouveau virus muté ne se "comporte" pas comme la souche, alors il décroche son statut de variant : un symptôme, mécanisme d'infection, létalité, etc. différent et ça suffit ?

https://en.wikipedia.org/wiki/Variant_(biology)

 

https://www.virology.ws/2021/02/25/understanding-virus-isolates-variants-strains-and-more/

 

J'en ai fait mon deuil. Et de toute façon, les conventions arbitraires employées dans un certain domaine de la microbiologie ne sont pas applicables dans un autre domaine... et même parfois juste un peu plus loin dans le même domaine. Par exemple, la convention actuelle est de distinguer deux espèces microbiennes quand les génomes correspondants ont plus de 30 % de différences, mais en y regardant de plus près on s'aperçoit que ça mettrait dans la même espèce des bactéries qu'on considère depuis des décennies comme différentes (et qui donnent des maladies différentes, à traiter différemment), et que ça séparerait en plusieurs espèces distinctes des bactéries considérées depuis longtemps comme une espèce unique (qui donne la même maladie et se traite de la même manière). Et je n'ai même pas encore parlé des transferts horizontaux chez les procaryotes.  

 

Soit dit en passant, ça a aussi été un des dadas de Raoult et de ses équipes, que de troller délibérément les définisseurs en envoyant plein de papiers qui, pour le dire poliment, mettaient lesdites tentatives de définition à l'épreuve (ses innombrables papiers sur la "découverte" de nouvelles espèces bactériennes). Ça ne fait pas vraiment de lui un type apprécié dans le milieu, mais ça a une indéniable utilité scientifique que d'éprouver durement les théories, les conventions et les consensus.

 

il y a 40 minutes, Noob a dit :

Pas vraiment, j'ai juste pas voulu en faire une tartine.

Ok, ça me va.

 

il y a 44 minutes, Noob a dit :

Typiquement on connait assez bien les distributions des différents anti-corps et on sait qu'une infection produira une quantité non négligeable d'anticorps qui attaqueront des zones qui ne sont pas critiques pour la liaison à l'ACE2.

Je ne pense pas que ce soit si pertinent que ça de séparer les deux, il me semble qu'il y a davantage continuité entre anticorps "utile" et "inutile". Si des anticorps viennent se coller à des zones non critiques pour la liaison à ACE 2 (ni pour la liaison au radeau lipidique, d'ailleurs), il y a une possibilité que l'anticorps soit suffisamment gros et orienté de la bonne manière pour empêcher l'activation du récepteur par simple encombrement stérique (la spicule a un poids d'environ 450 kDa, mais le poids d'un IgG tourne autour de 150 kDa, ce qui n'est pas négligeable en comparaison ; moins nombreux mais pas rares pour autant, les IgA sont autour de 160 kDa et les IgM autour de 900 kDa). De plus, la liaison avec l'anticorps peut bien modifier la géométrie de la spicule, suffisamment pour que l'activation ne se fasse plus (parce que la stéréochimie quantique, c'est rigolo). Et il y a aussi une possibilité pour que cette modification de géométrie permette au contraire une meilleure liaison, et l'on retrouve nos amis les anticorps facilitants.

 

il y a 56 minutes, Noob a dit :

Ah mais je suis bien d'accord qu'on ne peut pas compter sur la fin de l'épidémie sans qu'un vaccin qu'on a pas encore ne finisse par cerner les mutations. C'est pareil pour la grippe et tous les rhumes.

Simplement faut pas compte sur l'immunité naturelle non plus.

Fausse dichotomie : je ne compte ni sur les vaccins ni sur l'immunité naturelle pour arriver à la fin de l'épidémie. Simplement parce que je ne compte pas, ou plus, sur la fin de l'épidémie, je compte sur le fait qu'elle devienne endémique.

 

C'est intéressant de souligner explicitement tes préconceptions.

 

il y a une heure, Noob a dit :

Si la composition de l'enveloppe reste la même, pas de raison de penser que des changements dans l'arnm causent des effets différents.

Ceci dit, il se pourrait bien qu’une partie des effets secondaires soit due à la composition de l'enveloppe plus qu^à l'ARNm.

 

il y a 57 minutes, Philiber Té a dit :

J'aurais pensé qu'on s'inquiétait plutôt des mutations qui entraineraient une plus grande létalité (ou contamination).

On constate pourtant que que la panique médiatique, politique et OMSique n'a pas grand chose à voir avec la létalité.  

[cedric.org]

11 hours ago, Bézoukhov said:

Sinon quelqu'un saurait pourquoi on vacciné toujours sur la souche alpha qui a plus de deux ans ?

Il faut continuer jusqu'à juin, j'ai un pari qui en dépend en partie.

[GilliB]

il y a une heure, Philiber Té a dit :

 

J'aurais pensé qu'on s'inquiétait plutôt des mutations qui entraineraient une plus grande létalité (ou contamination). D'autant qu'il me semble que les entreprises concernées nous assurent être capables d'adapter facilement de nouveaux vaccins si besoin... pour ce que ça vaut.

...

A priori, les vaccins n'ont pas grand chose à voir avec les variants que l'on a connus jusqu'à maintenant : delta, omicron, etc."

 

On s'inquiète.. oui on s'inquiète bcp, de tout, du climat, de la biodiversité, mais pas de la dette et des violations des liberté individuelles.

Chacun à ses priorités.

Oui les variants actuels n'ont pas grand chose à voir avec les vaccins. Ce n'est pas une raison pour utiliser les vaccins sur des jeunes de moins de 50 ans, car c'est bien l'argument en pointillé pour la campagne généralisée contre le covid. Moins de virus=> moins de variants. En oubliant les 6 milliards d'humains qui ne seront pas vaccinés de toute façon.

[Rincevent]

il y a 6 minutes, GilliB a dit :

Moins de virus=> moins de variants.

Once more with feeling : lavez-vous les mains, c'est plus sûr.

[Prouic]

@RinceventOnce more ?

 

Covid algorythm continuously failing:

1. Prendre le % de reduction de contamination du aux gestes barrières.

2. Prendre le% de réduction de contamination du au vaccin.

3. Rire un bon coup et prendre une grande respiration.

4. envoyer du gel gratos à tout le monde, et pousser le vice dans la campagne à son maximum.

5. ajouter 30%de budget santé pour les cas à risque

6. rappeler aux vieux qu'ils sont vieux et vont mourir s'ils font les cons.

7. Rien faire d'autre et enjoy être le pays le plus efficace du monde.

 

 

 

[Philiber Té]

il y a 25 minutes, GilliB a dit :

On s'inquiète.. oui on s'inquiète bcp, de tout, du climat, de la biodiversité, mais pas de la dette et des violations des liberté individuelles.

Chacun à ses priorités.

Oui les variants actuels n'ont pas grand chose à voir avec les vaccins. Ce n'est pas une raison pour utiliser les vaccins sur des jeunes de moins de 50 ans, car c'est bien l'argument en pointillé pour la campagne généralisée contre le covid. Moins de virus=> moins de variants. En oubliant les 6 milliards d'humains qui ne seront pas vaccinés de toute façon.

 

Oui, après on peut faire d'autres apartés sur la politique autour des vaccins et du covid, mais ce n'était pas vraiment le sujet de mon message.

 

il y a 18 minutes, Rincevent a dit :

Once more with feeling : lavez-vous les mains, c'est plus sûr.

 

Tu dis ça de manière générale ou spécifiquement pour le covid ? Je croyais que aérosol >>> manuporté ?

Les recommandations qu'on nous ressasse surtout en ce moment à la fac ou à mon taf, c'est aérer les pièces / bien porter son masque alors que tout ce qui concernait la désinfection des salles, du matos, etc. est passé de mode.

[Alchimi]

il y a 5 minutes, Philiber Té a dit :

Les recommandations qu'on nous ressasse surtout en ce moment à la fac ou à mon taf, c'est aérer les pièces / bien porter son masque alors que tout ce qui concernait la désinfection des salles, du matos, etc. est passé de mode.

Ah oui effectivement, je ne vois plus grand monde se stresser là dessus (quoique ça peut dépendre des boites).

[Airgead]

il y a 1 minute, Alchimi a dit :

Ah oui effectivement, je ne vois plus grand monde se stresser là dessus (quoique ça peut dépendre des boites).

 

Y'a des trucs comme ça, ça va, ça vient. Après tout pourquoi pas.

 

D'ailleurs, est-ce qu'il y a encore des glands qui font des sens de circulation ?

Si c'était science il y a 6 mois, je ne vois pas pourquoi ça ne serait plus science aujourd'hui.

[Bézoukhov]

il y a 9 minutes, Alchimi a dit :

Ah oui effectivement, je ne vois plus grand monde se stresser là dessus (quoique ça peut dépendre des boites).

 

Ça coûte cher en produit et en main d'oeuvre.

 

Emmerder les gens pour un truc pas dangereux ça coûte pas cher ou du moins ça se voit pas.

 

Dès qu'il faut passer à la caisse market wins

[Rincevent]

il y a 27 minutes, Prouic a dit :

1. Prendre le % de reduction de contamination du aux gestes barrières.

Je parle de se laver les mains surtout parce que c'est aussi efficace contre plein d'autres maladies (et in fine, beaucoup plus efficace que mettre un slip sur le bas du visage). Le Quauvide est une maladie comme tant d'autres, qu'il faut traiter comme telle : lavez-vous les mains, on verra pour le reste.

 

(Mais sinon, j'approuve fondamentalement ta remarque.)

 

il y a 25 minutes, Philiber Té a dit :

Je croyais que aérosol >>> manuporté ?

Je ne suis toujours pas convaincu, notamment parce que le virion est fragile, trop fragile pour constituer un aérosol (à moins d'être émis par trouzillions, auquel cas on en trouvera bien quelques uns pour résister jusqu'à la prochaine muqueuse). Transporté par gouttelettes fluggeriennes, émises quand on parle fort ou qu'on chante, et qui portent à un ou deux mètres sans courant d'air, qui finissent par s'écraser sur les surfaces où les virions attendent que des mains innocentes les transportent ailleurs. Ça reste ma doctrine, et ça ne me semble pas absurde.

 

il y a 30 minutes, Philiber Té a dit :

aérer les pièces

Ça, c'est toujours une bonne chose à prendre.

 

il y a 31 minutes, Philiber Té a dit :

bien porter son masque

Théâtre sanitaire.

 

il y a 31 minutes, Philiber Té a dit :

tout ce qui concernait la désinfection des salles, du matos, etc. est passé de mode.

Rien à voir avec le fait que ça coute du fric et des heures de travail, absolument rien à voir.  

 

Edit : mince, @Bézoukhov m'a grillé.

[Philiber Té]

Attendez, parce que vous pensez vraiment qu'on paye + les personnes qui s'occupent du ménage à cause du covid ?? (A l'université, c'est aux élèves et aux enseignants de s'en occuper)

Après, c'est vrai que mon coiffeur et mon garagiste me prennent quelques euros de plus à cause du covid. Probablement des panneaux en plexiglas à amortir !

[Rincevent]

il y a 18 minutes, Philiber Té a dit :

Attendez, parce que vous pensez vraiment qu'on paye + les personnes qui s'occupent du ménage à cause du covid ??

Du tout, mais ça leur fait du boulot en plus de leurs tâches habituelles.

 

Ça dépend peut-être du secteur, ceci dit ; en 2020 on voyait des gens désinfecter les surfaces des transports publics de certains coins, en pleine journée et non le soir ou le matin au dépôt. Donc il y a bien eu des recrutements, au moins temporaires.

 

il y a 21 minutes, Philiber Té a dit :

(A l'université, c'est aux élèves et aux enseignants de s'en occuper)

Gage que le travail sera fait avec soin et conscience professionnelle.

[Alchimi]

il y a 55 minutes, Airgead a dit :

D'ailleurs, est-ce qu'il y a encore des glands qui font des sens de circulation ?

Ça existe encore au sol des grands magasins ou des trucs genre métro.

Je crois que tout le monde s'en fiche, et jamais au grand jamais je me suis fait reprendre sur le thème "han vous êtes à sens interdit pensez à nos anciens marchez à droite dans le couloir du supermarché"

[Alchimi]

il y a 2 minutes, Rincevent a dit :

en 2020 on voyait des gens désinfecter les surfaces des transports publics de certains coins, en pleine journée et non le soir ou le matin au dépôt.

Ce weekend sur toulouse j'ai encore vu des employés nettoyer les surfaces dans les stations de métro. A froid impossible pour moi de dire si c'était spécial désinfection ou juste du nettoyage classique ceci dit.

[Lexington]

Assez aligné sur le fait que au quotidien en entreprise, les sujets de désinfection passent de mode.

 

For what it's worth, jusqu'à fin 2021, on fermait les bureaux suite à un cas + désinfection par nébulisation. On a acté en janvier qu'on arrêtait la désinfection des bureaux par nébulisation, avec l'accord du CSE. Idem pour la fermeture de bureaux.