Coronavirus : publications scientifiques, cartes, statistiques, essais cliniques etc.

[h16]

https://threadreaderapp.com/thread/1264234867107209218.html

 

[Johnnieboy]

il y a 28 minutes, h16 a dit :

https://threadreaderapp.com/thread/1264234867107209218.html

 

 

Trois horribles fautes d’orthographe d’entrée de jeu. Ça fait très amateur.

[cedric.org]

23 hours ago, POE said:

C'est une étude du Lancet, j'ai parcouru, elle a l'air réglo, les résultats ont été ajustés aux différentes variables confondantes. Cela reste une étude observationnelle, cas-témoins, donc ce n'est pas une étude randomisée en double aveugle, mais ça parait tenir la route sinon.

https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31180-6/fulltext

Ce qui me gêne, c'est que je croyais que la chloroquine était prescrite sur des cas graves. Si c'est vraiment le cas, ça montre juste que les cas graves ont plus de risque de décès. Ça serait osé comme conclusion.

 

(je ne suis pas un expert, c'est une vraie question).

[POE]

il y a 36 minutes, h16 a dit :

https://threadreaderapp.com/thread/1264234867107209218.html

 

 

il y a 2 minutes, cedric.org a dit :

Ce qui me gêne, c'est que je croyais que la chloroquine était prescrite sur des cas graves. Si c'est vraiment le cas, ça montre juste que les cas graves ont plus de risque de décès. Ça serait osé comme conclusion.

 

 

non au contraire c'est un biais classique des études où les cas traités sont souvent les plus graves, sauf qu'on prévoit généralement le coup en ajustant ensuite les résultats en fonction de la sévérité des patients traités, et il me semble que c'est le cas dans l'étude du Lancet où il y a un score de sévérité et un pourcentage de patients sévères. Est ce que les résultats finaux ont bien été ajustés selon ce facteur confondant, j'en ai bien l'impression, si quelqu'un voit le contraire qu'il n'hésite pas nous le signaler.

[Loi]

Je me souviens de la première conf de Raoult qui a circulée, il expliquait très très clairement que le traitement devait être pris très tôt.

 

Et ça me fait rire parce que toutes les études qui essayent de debunk le truc traitent en majorité de cas graves à qui on a finalement donné le traitement...

[Lancelot]

42 minutes ago, Loi said:

Je me souviens de la première conf de Raoult qui a circulée, il expliquait très très clairement que le traitement devait être pris très tôt.

 

Et ça me fait rire parce que toutes les études qui essayent de debunk le truc traitent en majorité de cas graves à qui on a finalement donné le traitement...

Ceci étant Raoult a aussi relayé des résultats disant que ça marche peut-être aussi dans les cas tardifs, donc pour le coup je suis obligé de valider ceux qui l'accusent de vouloir le beurre et l'argent du beurre

 

 

[h16]

Il y a 15 heures, Lancelot a dit :

Ceci étant Raoult a aussi relayé des résultats disant que ça marche peut-être aussi dans les cas tardifs, donc pour le coup je suis obligé de valider ceux qui l'accusent de vouloir le beurre et l'argent du beurre

 

En gros, il y a deux périodes où la raoultquine serait  efficace :

- les deux/trois jours de début de symptômes, en début de maladie

- pendant la mise en route de l'orage cytokinique

 

On s'aperçoit que la plupart des études menées le sont sur des gens graves (après les symptômes et après l'orage). Choper "le bon moment" serait suffisamment complexe pour que l'efficacité soit limitée d'autant.

[Lancelot]

Bon allez, quand même parce que c'est drôle :

 

[poney]

Oui, un peu comme la dernière messe de Frère Raoult

[Lancelot]

Ah oui il a une nouvelle vidéo. Sa critique big data dégueulasse vs données maîtrisées tape juste et c'est un débat qui commence à avoir lieu dans mon domaine également, nonobstant le covid.

[poney]

pas regardé, en fait je ne suis plus du tout depuis 6 semaines, j'ai juste vu passer ce tableau avec les commentaires et j'ai ricané.

 

en fait cette "crise" est assez révélatrice pour le grand public d'une sorte de secret de polichinelle, la recherche scientifique c'est un peu comme le foot, on ajuste son niveau à l'adversaire. Pour avoir du beau jeu, il faut deux bonnes équipes. Et si l'équipe qui prend la balle en premier commence avec un gros jeu dégueulasse, y a de fortes chances que le match soit d'un niveau dégueulasse, même les meilleurs se prennent les pieds dans le ballon. En témoigne les matchs de coupe ou des équipes d'amateurs aux pieds carrés arrivent à sortir des pros qui n'ont pas su jouer à leur niveau.

Ben là c'est pareil, ça a commencé à un gourou pseudo rebelle contre l'establishment qui crie "game over" sur base d'une étude à la con en mars et qui vend un livre demeird dans la foulée, et on va arriver en juin et personne ne joue mieux que le barbu. C'est assez affligeant. 

J'essaie de me rassurer en me disant que quand on jette la science par la porte en lui claquant la porte au nez, elle rentrera bruyamment par la fenêtre mais j'ai bien peur que le brouhaha médiatique sera passé et sera occupé à commenter un autre claquement de porte, rendant par là le bruit de la première fenêtre absolument silencieux.

 

Je me dis également que si je devais diriger une dictature, je crée un Haut Comité Central à la Science, j'interdirais formellement de commenter et exposer les recherches "de pointe" (cad qui ne sont pas établies depuis 10 ans avec des protocoles long comme des bras et des méta analyses par pelletées) dans la presse et je fusillerais pour haute trahison quiconque se permettrait un commentaire dans un bar. Tout journaliste qui lancera un poll "pour ou contre telle étude scientifique" subira le chatiment réservé au type dont le nom m'échappe avec lequel Foucault ouvre son livre Surveiller et Punir. Les universitaires retourneront geeker dans leurs tours d'ivoires. Tout journaliste scientifique devra montrer une carte professionnelle délivrée uniquement aux détenteurs d'un doctorat de recherche et ayant passé un test maison d'ouverture d'esprit et de qualité de remise en question.

[Lancelot]

33 minutes ago, poney said:

Je me dis également que si je devais diriger une dictature, je crée un Haut Comité Central à la Science, j'interdirais formellement de commenter et exposer les recherches "de pointe" (cad qui ne sont pas établies depuis 10 ans avec des protocoles long comme des bras et des méta analyses par pelletées) dans la presse et je fusillerais pour haute trahison quiconque se permettrait un commentaire dans un bar. Tout journaliste qui lancera un poll "pour ou contre telle étude scientifique" subira le chatiment réservé au type dont le nom m'échappe avec lequel Foucault ouvre son livre Surveiller et Punir. Les universitaires retourneront geeker dans leurs tours d'ivoires. Tout journaliste scientifique devra montrer une carte professionnelle délivrée uniquement aux détenteurs d'un doctorat de recherche et ayant passé un test maison d'ouverture d'esprit et de qualité de remise en question.

Tu ferais beaucoup de peine au Twitter scientifique. J'approuve

[poney]

Evidemment mon acte numéro 1 de dictateur sera de bannir Twitter.

[Largo Winch]

En tout cas, de mon côté, en observateur extérieur ignorant du domaine, je me pose de sérieuses questions sur la recherche médicale.

Je m'étais déjà laissé dire que les thèses de doctorat de médecine n'ont pas grand chose à voir avec ce qui se fait dans les autres disciplines. Ça peut se comprendre dans la mesure où, quand on fait médecine, on apprend aussi un métier fondé sur une pratique, le soin de patients, qui nécessite un apprentissage par l'expérience.

 

Mais là on parle d'une grande revue de recherche médicale. Comment est-il possible de publier en moins de 2 mois un article scientifique sérieux ?

Il est de bon ton de se gausser du caractère scientifique des sciences sociales. Mais dans la discipline que je connais très bien, il est absolument impossible, entre le moment où on débute une recherche et le moment où on parvient à être publié dans une revue à comité de lectures sérieuse, de faire ça en moins de 2 ans... Alors je veux bien croire que les disciplines sont difficilement comparables en raison de leur spécificités épistémologiques et méthodologiques. Mais, tout de même, quand j'observe, à l'occasion de cette crise sanitaire, le rendement incroyable dans la publication de recherche médicale, je suis très dubitatif...

[Vilfredo]

il y a 48 minutes, poney a dit :

au type dont le nom m'échappe avec lequel Foucault ouvre son livre Surveiller et Punir

Un certain Damiens

[poney]

C'est pour ça que malicieusement j'ai écris "doctorat de recherche", les doctorat de médecins ne sont pas des doctorats de recherche, en tous cas il y a des médecins autour de moi, en particulier les amis des amis et quand on se retrouve entre docteurs/doctorants le fossé est plus importants entre "docteurs en médecine" et "tous les autres" qu'entre "docteur en socio" ou "docteur en biologie" (par contre je ne connais aucun doc' en science humaine qui fait ça en moins de 4 ans ; moi rien que mes "données" c'est 2 ans de boulot).

Ce n'est pas du tout pour dénigrer, c'est juste très différent, très très très très différent. La majorité des docteurs en médecine que j'ai croisé n'ont que peu, voir aucune, formation en recherche, je pense meme que la plupart des médecins se feraient plier en deux par n'importe quel docteur en science humaine (comprendre : un dégourdi qui a fait autre chose que des x studies de mon cul, sinon...) au niveau méthodologie ou épistémologie. A nouveau, ce n'est pas jugement en bien ou mal (un docteur en histoire aura bien l'air con face à un gamin enrhumé hein). Disons que chacun son métier mais dans ce cas très précis on a affaire à un grand mélange des genre.

Sur les publi, Raoult lui publie 200 articles par an, c'est la MG 40 de la recherche, les autres sont encore des petits Bren a côté mais on dirait qu'ils courent après... Et puis plus sérieusement, tout le monde fait la course à la publication en général et c'est encore plus vrai maintenant, le prestige d'avoir tous les journaux du monde entier qui parlent de ton papier est bien plus important que tout le reste, à l'heure du publish or perish et de la course aux rares postes de recherche en CDI, tout est bon pour passer une tête devant les concurrents. En mai 2020 l'ultra jackpot c'est un papier sur le coronavirus. Et voilà.

 

il y a 14 minutes, Vilfredo Pareto a dit :

Un certain Damiens

 

ah oui, le supplice de Damiens, merci

[Lancelot]

26 minutes ago, Largo Winch said:

En tout cas, de mon côté, en observateur extérieur ignorant du domaine, je me pose de sérieuses questions sur la recherche médicale.

La recherche médicale c'est un peu n'imp oui. Notamment à cause des enjeux politiques et du big data (on peut sortir trivialement une étude corrélative dégueulasse pour montrer que la cigarette électronique c'est mal, que les écrans nuisent aux enfants, qu'il faut manger équilibré...).

[Boz]

7 minutes ago, Lancelot said:

qu'il faut manger équilibré

On peut même sortir une étude épidémiologique qui soutient de manger équilibré, quelque soit la définition de "équilibré". Je suis sûr qu'on pourrait même y arriver avec un générateur aléatoire.

[GilliB]

il y a 31 minutes, poney a dit :

C'est pour ça que malicieusement j'ai écris "doctorat de recherche", les doctorat de médecins ne sont pas des doctorats de recherche, en tous cas il y a des médecins autour de moi, en particulier les amis des amis et quand on se retrouve entre docteurs/doctorants le fossé est plus importants entre "docteurs en médecine" et "tous les autres" qu'entre "docteur en socio" ou "docteur en biologie" (par contre je ne connais aucun doc' en science humaine qui fait ça en moins de 4 ans ; moi rien que mes "données" c'est 2 ans de boulot).

Ce n'est pas du tout pour dénigrer, c'est juste très différent, très très très très différent. La majorité des docteurs en médecine que j'ai croisé n'ont que peu, voir aucune, formation en recherche, je pense meme que la plupart des médecins se feraient plier en deux par n'importe quel docteur en science humaine (comprendre : un dégourdi qui a fait autre chose que des x studies de mon cul, sinon...) au niveau méthodologie ou épistémologie. A nouveau, ce n'est pas jugement en bien ou mal (un docteur en histoire aura bien l'air con face à un gamin enrhumé hein). Disons que chacun son métier mais dans ce cas très précis on a affaire à un grand mélange des genre.

Sur les publi, Raoult lui publie 200 articles par an, c'est la MG 40 de la recherche, les autres sont encore des petits Bren a côté mais on dirait qu'ils courent après... Et puis plus sérieusement, tout le monde fait la course à la publication en général et c'est encore plus vrai maintenant, le prestige d'avoir tous les journaux du monde entier qui parlent de ton papier est bien plus important que tout le reste, à l'heure du publish or perish et de la course aux rares postes de recherche en CDI, tout est bon pour passer une tête devant les concurrents. En mai 2020 l'ultra jackpot c'est un papier sur le coronavirus. Et voilà.

 

 

ah oui, le supplice de Damiens, merci

C'est vrai qu'on fait chier les docteurs en médecine, en pharmacie, de chirurgie dentaire de faire une these de doctorat qui est en general du pure pipeau, quand ce n'est pas payé par un laboratoire ou copier-coller d'une autre thèse parallèle.

Mais les médecins tiennent à leur particule.. Doktor.

[Rincevent]

il y a une heure, poney a dit :

Evidemment mon acte numéro 1 de dictateur sera de bannir Twitter.

Ça fait (presque) envie.

[Bézoukhov]

Il y a 3 heures, poney a dit :

Oui, un peu comme la dernière messe de Frère Raoult

 

OK. Ca fait 5 minutes que je regarde ce truc. Ça veut dire quoi ?

Au delà du fait qu'ils utilisent la police d'Astérix.

 

il y a une heure, poney a dit :

les doctorat de médecins ne sont pas des doctorats de recherche

 

Ca me parait avoir peu de sens dans le cas des PU en médecine. Ils ont tous leur HDR et ont dû faire un minimum de vraie recherche.

Je crois surtout qu'il faudrait interdire les outils statistiques dans beaucoup de champs de recherche (de la médecine à l'économie) sans cosignature par quelqu'un qui sait ce qu'il fait (ce qui doit faire une petite dizaine de milliers de personnes sur la planète ).

 

[Lancelot]

58 minutes ago, Bézoukhov said:

OK. Ca fait 5 minutes que je regarde ce truc. Ça veut dire quoi ?

Au delà du fait qu'ils utilisent la police d'Astérix.

Raoult a présenté le tableau de gauche dans sa dernière vidéo comme preuve de la différence entre les études faites par des cliniciens sur le terrain et celles faites par des statisticiens déconnectés sur de la méta-donnée, les premiers ayant selon lui tendance à montrer que son traitement est efficace tandis que les seconds non. Le tableau de droite montre qu'on peut faire une autre sélection d'études pour laquelle cette différence devient non significative.

[Bézoukhov]

...

Faut vraiment interdire l'utilisation des statistiques aux médecins.

 

Le premier tableau est con et pourrait être sauvé si la méthodo de sélection est brillante (toute façon, la métaanalyse, c'est un truc de mecs qui s'ennuient).

Mais le second tableau est un ordre de magnitude plus con (et en comprenant bien ce que celui qui a commis ça voulait montrer).

 

En plus le test qui serait vraiment intéressant, ça serait H0 : la probabilité d'avoir un outcome non nul avec une étude purement data est nulle. Mais la flemme de poser le test là. Ca m'a toujours gavé les tests ; c'est souvent une manière compliquée de justifier l'évidence ou de masquer des subtilités.

 

 

[Mathieu_D]

2 hours ago, Bézoukhov said:

 

OK. Ca fait 5 minutes que je regarde ce truc. Ça veut dire quoi ?

Au delà du fait qu'ils utilisent la police d'Astérix.

Les mecs en médecine ils font des tests statistiques sur 12 observations et ils sont contents.

J'te jure.

[Bézoukhov]

Ca leur permet de dire C'EST PAS SIGNIFICATIF.

Donc sûrement faux.

 

Je sais pas.

[poney]

Il y a 1 heure, Bézoukhov a dit :

 

Le premier tableau est con et pourrait être sauvé si la méthodo de sélection est brillante (toute façon, la métaanalyse, c'est un truc de mecs qui s'ennuient).

Mais le second tableau est un ordre de magnitude plus con (et en comprenant bien ce que celui qui a commis ça voulait montrer).

 compliquée de justifier l'évidence ou de masquer des subtilités.

 

 

 

Le deuxième tableau reprend les articles étant passé par le principe du "peer review", C'est a dire bon an mal des vrais articles scientifiques avec leurs biais bien entendu. Il s'agit surtout d'une réponse d'un blogueur un rien sérieux a Raoult qui lui prend des pre-print (dont un qui en fait le contredit apparement) et des articles sur google pour augmenter sa P value et se donner raison. 

Y a quand même un certain degré de foutage de gueule dans l'un des deux. 

 

Apres on sait depuis mars que Raoult aime bien virer les données qui ne l'arrangent pas. 

 

[Mathieu_D]

14 minutes ago, Bézoukhov said:

Ca leur permet de dire C'EST PAS SIGNIFICATIF.

Donc sûrement faux.

Ils y vont à fond aussi en médecine si un test donne une belle pValue avec 3 bonhommes, hein, j'ai déjà vu passer des choses.

 

Enfin comme tu disais ici conceptuellement un test de meta-analyse pour dire qu'il y a significativement plus de publis qui disent du bien que de mal (ou l'inverse) je suis sceptique quant à l'intérêt.

[Adrian]

Et si le test est exact alors hein ?

[Rincevent]

"Je vous prie de vous conserver, au moins jusqu'à ce que je sache s'il y a moyen de trouver une médecine qui soit fondée en démonstrations infaillibles."

Lettre de Descartes à Mersenne, 1630.

 

Tombé complètement par hasard sur cette citation (elle ouvre le chapitre 5 de Pourquoi des Philosophes, le tout premier essai de Revel que j'ai eu la chance de trouver récemment chez un bouquiniste). J'ai l'impression que, quatre siècles après, on en est toujours au même point d'incompréhension épistémologique.  

[cedric.org]

Ça attaque sévère.

 

https://www.franceinter.fr/emissions/le-billet-de-sophia-aram/le-billet-de-sophia-aram-25-mai-2020