Coronavirus : publications scientifiques, cartes, statistiques, essais cliniques etc.

[POE]

il y a 36 minutes, h16 a dit :

https://threadreaderapp.com/thread/1264234867107209218.html

 

 

il y a 2 minutes, cedric.org a dit :

Ce qui me gêne, c'est que je croyais que la chloroquine était prescrite sur des cas graves. Si c'est vraiment le cas, ça montre juste que les cas graves ont plus de risque de décès. Ça serait osé comme conclusion.

 

 

non au contraire c'est un biais classique des études où les cas traités sont souvent les plus graves, sauf qu'on prévoit généralement le coup en ajustant ensuite les résultats en fonction de la sévérité des patients traités, et il me semble que c'est le cas dans l'étude du Lancet où il y a un score de sévérité et un pourcentage de patients sévères. Est ce que les résultats finaux ont bien été ajustés selon ce facteur confondant, j'en ai bien l'impression, si quelqu'un voit le contraire qu'il n'hésite pas nous le signaler.

[Loi]

Je me souviens de la première conf de Raoult qui a circulée, il expliquait très très clairement que le traitement devait être pris très tôt.

 

Et ça me fait rire parce que toutes les études qui essayent de debunk le truc traitent en majorité de cas graves à qui on a finalement donné le traitement...

[Lancelot]

42 minutes ago, Loi said:

Je me souviens de la première conf de Raoult qui a circulée, il expliquait très très clairement que le traitement devait être pris très tôt.

 

Et ça me fait rire parce que toutes les études qui essayent de debunk le truc traitent en majorité de cas graves à qui on a finalement donné le traitement...

Ceci étant Raoult a aussi relayé des résultats disant que ça marche peut-être aussi dans les cas tardifs, donc pour le coup je suis obligé de valider ceux qui l'accusent de vouloir le beurre et l'argent du beurre

 

 

[h16]

Il y a 15 heures, Lancelot a dit :

Ceci étant Raoult a aussi relayé des résultats disant que ça marche peut-être aussi dans les cas tardifs, donc pour le coup je suis obligé de valider ceux qui l'accusent de vouloir le beurre et l'argent du beurre

 

En gros, il y a deux périodes où la raoultquine serait  efficace :

- les deux/trois jours de début de symptômes, en début de maladie

- pendant la mise en route de l'orage cytokinique

 

On s'aperçoit que la plupart des études menées le sont sur des gens graves (après les symptômes et après l'orage). Choper "le bon moment" serait suffisamment complexe pour que l'efficacité soit limitée d'autant.

[Lancelot]

Bon allez, quand même parce que c'est drôle :

 

[poney]

Oui, un peu comme la dernière messe de Frère Raoult

[Lancelot]

Ah oui il a une nouvelle vidéo. Sa critique big data dégueulasse vs données maîtrisées tape juste et c'est un débat qui commence à avoir lieu dans mon domaine également, nonobstant le covid.

[poney]

pas regardé, en fait je ne suis plus du tout depuis 6 semaines, j'ai juste vu passer ce tableau avec les commentaires et j'ai ricané.

 

en fait cette "crise" est assez révélatrice pour le grand public d'une sorte de secret de polichinelle, la recherche scientifique c'est un peu comme le foot, on ajuste son niveau à l'adversaire. Pour avoir du beau jeu, il faut deux bonnes équipes. Et si l'équipe qui prend la balle en premier commence avec un gros jeu dégueulasse, y a de fortes chances que le match soit d'un niveau dégueulasse, même les meilleurs se prennent les pieds dans le ballon. En témoigne les matchs de coupe ou des équipes d'amateurs aux pieds carrés arrivent à sortir des pros qui n'ont pas su jouer à leur niveau.

Ben là c'est pareil, ça a commencé à un gourou pseudo rebelle contre l'establishment qui crie "game over" sur base d'une étude à la con en mars et qui vend un livre demeird dans la foulée, et on va arriver en juin et personne ne joue mieux que le barbu. C'est assez affligeant. 

J'essaie de me rassurer en me disant que quand on jette la science par la porte en lui claquant la porte au nez, elle rentrera bruyamment par la fenêtre mais j'ai bien peur que le brouhaha médiatique sera passé et sera occupé à commenter un autre claquement de porte, rendant par là le bruit de la première fenêtre absolument silencieux.

 

Je me dis également que si je devais diriger une dictature, je crée un Haut Comité Central à la Science, j'interdirais formellement de commenter et exposer les recherches "de pointe" (cad qui ne sont pas établies depuis 10 ans avec des protocoles long comme des bras et des méta analyses par pelletées) dans la presse et je fusillerais pour haute trahison quiconque se permettrait un commentaire dans un bar. Tout journaliste qui lancera un poll "pour ou contre telle étude scientifique" subira le chatiment réservé au type dont le nom m'échappe avec lequel Foucault ouvre son livre Surveiller et Punir. Les universitaires retourneront geeker dans leurs tours d'ivoires. Tout journaliste scientifique devra montrer une carte professionnelle délivrée uniquement aux détenteurs d'un doctorat de recherche et ayant passé un test maison d'ouverture d'esprit et de qualité de remise en question.

[Lancelot]

33 minutes ago, poney said:

Je me dis également que si je devais diriger une dictature, je crée un Haut Comité Central à la Science, j'interdirais formellement de commenter et exposer les recherches "de pointe" (cad qui ne sont pas établies depuis 10 ans avec des protocoles long comme des bras et des méta analyses par pelletées) dans la presse et je fusillerais pour haute trahison quiconque se permettrait un commentaire dans un bar. Tout journaliste qui lancera un poll "pour ou contre telle étude scientifique" subira le chatiment réservé au type dont le nom m'échappe avec lequel Foucault ouvre son livre Surveiller et Punir. Les universitaires retourneront geeker dans leurs tours d'ivoires. Tout journaliste scientifique devra montrer une carte professionnelle délivrée uniquement aux détenteurs d'un doctorat de recherche et ayant passé un test maison d'ouverture d'esprit et de qualité de remise en question.

Tu ferais beaucoup de peine au Twitter scientifique. J'approuve

[poney]

Evidemment mon acte numéro 1 de dictateur sera de bannir Twitter.

[Largo Winch]

En tout cas, de mon côté, en observateur extérieur ignorant du domaine, je me pose de sérieuses questions sur la recherche médicale.

Je m'étais déjà laissé dire que les thèses de doctorat de médecine n'ont pas grand chose à voir avec ce qui se fait dans les autres disciplines. Ça peut se comprendre dans la mesure où, quand on fait médecine, on apprend aussi un métier fondé sur une pratique, le soin de patients, qui nécessite un apprentissage par l'expérience.

 

Mais là on parle d'une grande revue de recherche médicale. Comment est-il possible de publier en moins de 2 mois un article scientifique sérieux ?

Il est de bon ton de se gausser du caractère scientifique des sciences sociales. Mais dans la discipline que je connais très bien, il est absolument impossible, entre le moment où on débute une recherche et le moment où on parvient à être publié dans une revue à comité de lectures sérieuse, de faire ça en moins de 2 ans... Alors je veux bien croire que les disciplines sont difficilement comparables en raison de leur spécificités épistémologiques et méthodologiques. Mais, tout de même, quand j'observe, à l'occasion de cette crise sanitaire, le rendement incroyable dans la publication de recherche médicale, je suis très dubitatif...

[poney]

C'est pour ça que malicieusement j'ai écris "doctorat de recherche", les doctorat de médecins ne sont pas des doctorats de recherche, en tous cas il y a des médecins autour de moi, en particulier les amis des amis et quand on se retrouve entre docteurs/doctorants le fossé est plus importants entre "docteurs en médecine" et "tous les autres" qu'entre "docteur en socio" ou "docteur en biologie" (par contre je ne connais aucun doc' en science humaine qui fait ça en moins de 4 ans ; moi rien que mes "données" c'est 2 ans de boulot).

Ce n'est pas du tout pour dénigrer, c'est juste très différent, très très très très différent. La majorité des docteurs en médecine que j'ai croisé n'ont que peu, voir aucune, formation en recherche, je pense meme que la plupart des médecins se feraient plier en deux par n'importe quel docteur en science humaine (comprendre : un dégourdi qui a fait autre chose que des x studies de mon cul, sinon...) au niveau méthodologie ou épistémologie. A nouveau, ce n'est pas jugement en bien ou mal (un docteur en histoire aura bien l'air con face à un gamin enrhumé hein). Disons que chacun son métier mais dans ce cas très précis on a affaire à un grand mélange des genre.

Sur les publi, Raoult lui publie 200 articles par an, c'est la MG 40 de la recherche, les autres sont encore des petits Bren a côté mais on dirait qu'ils courent après... Et puis plus sérieusement, tout le monde fait la course à la publication en général et c'est encore plus vrai maintenant, le prestige d'avoir tous les journaux du monde entier qui parlent de ton papier est bien plus important que tout le reste, à l'heure du publish or perish et de la course aux rares postes de recherche en CDI, tout est bon pour passer une tête devant les concurrents. En mai 2020 l'ultra jackpot c'est un papier sur le coronavirus. Et voilà.

 

il y a 14 minutes, Vilfredo Pareto a dit :

Un certain Damiens

 

ah oui, le supplice de Damiens, merci

[Lancelot]

26 minutes ago, Largo Winch said:

En tout cas, de mon côté, en observateur extérieur ignorant du domaine, je me pose de sérieuses questions sur la recherche médicale.

La recherche médicale c'est un peu n'imp oui. Notamment à cause des enjeux politiques et du big data (on peut sortir trivialement une étude corrélative dégueulasse pour montrer que la cigarette électronique c'est mal, que les écrans nuisent aux enfants, qu'il faut manger équilibré...).

[Boz]

7 minutes ago, Lancelot said:

qu'il faut manger équilibré

On peut même sortir une étude épidémiologique qui soutient de manger équilibré, quelque soit la définition de "équilibré". Je suis sûr qu'on pourrait même y arriver avec un générateur aléatoire.

[GilliB]

il y a 31 minutes, poney a dit :

C'est pour ça que malicieusement j'ai écris "doctorat de recherche", les doctorat de médecins ne sont pas des doctorats de recherche, en tous cas il y a des médecins autour de moi, en particulier les amis des amis et quand on se retrouve entre docteurs/doctorants le fossé est plus importants entre "docteurs en médecine" et "tous les autres" qu'entre "docteur en socio" ou "docteur en biologie" (par contre je ne connais aucun doc' en science humaine qui fait ça en moins de 4 ans ; moi rien que mes "données" c'est 2 ans de boulot).

Ce n'est pas du tout pour dénigrer, c'est juste très différent, très très très très différent. La majorité des docteurs en médecine que j'ai croisé n'ont que peu, voir aucune, formation en recherche, je pense meme que la plupart des médecins se feraient plier en deux par n'importe quel docteur en science humaine (comprendre : un dégourdi qui a fait autre chose que des x studies de mon cul, sinon...) au niveau méthodologie ou épistémologie. A nouveau, ce n'est pas jugement en bien ou mal (un docteur en histoire aura bien l'air con face à un gamin enrhumé hein). Disons que chacun son métier mais dans ce cas très précis on a affaire à un grand mélange des genre.

Sur les publi, Raoult lui publie 200 articles par an, c'est la MG 40 de la recherche, les autres sont encore des petits Bren a côté mais on dirait qu'ils courent après... Et puis plus sérieusement, tout le monde fait la course à la publication en général et c'est encore plus vrai maintenant, le prestige d'avoir tous les journaux du monde entier qui parlent de ton papier est bien plus important que tout le reste, à l'heure du publish or perish et de la course aux rares postes de recherche en CDI, tout est bon pour passer une tête devant les concurrents. En mai 2020 l'ultra jackpot c'est un papier sur le coronavirus. Et voilà.

 

 

ah oui, le supplice de Damiens, merci

C'est vrai qu'on fait chier les docteurs en médecine, en pharmacie, de chirurgie dentaire de faire une these de doctorat qui est en general du pure pipeau, quand ce n'est pas payé par un laboratoire ou copier-coller d'une autre thèse parallèle.

Mais les médecins tiennent à leur particule.. Doktor.

[Rincevent]

il y a une heure, poney a dit :

Evidemment mon acte numéro 1 de dictateur sera de bannir Twitter.

Ça fait (presque) envie.

[Bézoukhov]

Il y a 3 heures, poney a dit :

Oui, un peu comme la dernière messe de Frère Raoult

 

OK. Ca fait 5 minutes que je regarde ce truc. Ça veut dire quoi ?

Au delà du fait qu'ils utilisent la police d'Astérix.

 

il y a une heure, poney a dit :

les doctorat de médecins ne sont pas des doctorats de recherche

 

Ca me parait avoir peu de sens dans le cas des PU en médecine. Ils ont tous leur HDR et ont dû faire un minimum de vraie recherche.

Je crois surtout qu'il faudrait interdire les outils statistiques dans beaucoup de champs de recherche (de la médecine à l'économie) sans cosignature par quelqu'un qui sait ce qu'il fait (ce qui doit faire une petite dizaine de milliers de personnes sur la planète ).

 

[Lancelot]

58 minutes ago, Bézoukhov said:

OK. Ca fait 5 minutes que je regarde ce truc. Ça veut dire quoi ?

Au delà du fait qu'ils utilisent la police d'Astérix.

Raoult a présenté le tableau de gauche dans sa dernière vidéo comme preuve de la différence entre les études faites par des cliniciens sur le terrain et celles faites par des statisticiens déconnectés sur de la méta-donnée, les premiers ayant selon lui tendance à montrer que son traitement est efficace tandis que les seconds non. Le tableau de droite montre qu'on peut faire une autre sélection d'études pour laquelle cette différence devient non significative.

[Bézoukhov]

...

Faut vraiment interdire l'utilisation des statistiques aux médecins.

 

Le premier tableau est con et pourrait être sauvé si la méthodo de sélection est brillante (toute façon, la métaanalyse, c'est un truc de mecs qui s'ennuient).

Mais le second tableau est un ordre de magnitude plus con (et en comprenant bien ce que celui qui a commis ça voulait montrer).

 

En plus le test qui serait vraiment intéressant, ça serait H0 : la probabilité d'avoir un outcome non nul avec une étude purement data est nulle. Mais la flemme de poser le test là. Ca m'a toujours gavé les tests ; c'est souvent une manière compliquée de justifier l'évidence ou de masquer des subtilités.

 

 

[Mathieu_D]

2 hours ago, Bézoukhov said:

 

OK. Ca fait 5 minutes que je regarde ce truc. Ça veut dire quoi ?

Au delà du fait qu'ils utilisent la police d'Astérix.

Les mecs en médecine ils font des tests statistiques sur 12 observations et ils sont contents.

J'te jure.

[Bézoukhov]

Ca leur permet de dire C'EST PAS SIGNIFICATIF.

Donc sûrement faux.

 

Je sais pas.

[poney]

Il y a 1 heure, Bézoukhov a dit :

 

Le premier tableau est con et pourrait être sauvé si la méthodo de sélection est brillante (toute façon, la métaanalyse, c'est un truc de mecs qui s'ennuient).

Mais le second tableau est un ordre de magnitude plus con (et en comprenant bien ce que celui qui a commis ça voulait montrer).

 compliquée de justifier l'évidence ou de masquer des subtilités.

 

 

 

Le deuxième tableau reprend les articles étant passé par le principe du "peer review", C'est a dire bon an mal des vrais articles scientifiques avec leurs biais bien entendu. Il s'agit surtout d'une réponse d'un blogueur un rien sérieux a Raoult qui lui prend des pre-print (dont un qui en fait le contredit apparement) et des articles sur google pour augmenter sa P value et se donner raison. 

Y a quand même un certain degré de foutage de gueule dans l'un des deux. 

 

Apres on sait depuis mars que Raoult aime bien virer les données qui ne l'arrangent pas. 

 

[Mathieu_D]

14 minutes ago, Bézoukhov said:

Ca leur permet de dire C'EST PAS SIGNIFICATIF.

Donc sûrement faux.

Ils y vont à fond aussi en médecine si un test donne une belle pValue avec 3 bonhommes, hein, j'ai déjà vu passer des choses.

 

Enfin comme tu disais ici conceptuellement un test de meta-analyse pour dire qu'il y a significativement plus de publis qui disent du bien que de mal (ou l'inverse) je suis sceptique quant à l'intérêt.

[Adrian]

Et si le test est exact alors hein ?

[Rincevent]

"Je vous prie de vous conserver, au moins jusqu'à ce que je sache s'il y a moyen de trouver une médecine qui soit fondée en démonstrations infaillibles."

Lettre de Descartes à Mersenne, 1630.

 

Tombé complètement par hasard sur cette citation (elle ouvre le chapitre 5 de Pourquoi des Philosophes, le tout premier essai de Revel que j'ai eu la chance de trouver récemment chez un bouquiniste). J'ai l'impression que, quatre siècles après, on en est toujours au même point d'incompréhension épistémologique.  

[cedric.org]

Ça attaque sévère.

 

https://www.franceinter.fr/emissions/le-billet-de-sophia-aram/le-billet-de-sophia-aram-25-mai-2020

[RaHaN]

Il y a 10 heures, poney a dit :

blogueur un rien sérieux

Le jour où il aura autant de sérieux avec la viande.. 

[Largo Winch]

On 5/25/2020 at 5:46 PM, Largo Winch said:

En tout cas, de mon côté, en observateur extérieur ignorant du domaine, je me pose de sérieuses questions sur la recherche médicale.

(...)

Mais là on parle d'une grande revue de recherche médicale. Comment est-il possible de publier en moins de 2 mois un article scientifique sérieux ?

 

Apparemment, la réputation de The Lancet est usurpée. C'est ce que j'ai compris en écoutant ce midi Philippe Froguel, médecin et chercheur, qui témoignait de pratiques de "review-proof" utilisées par The Lancet : publication d'articles sans tenir compte des reviews.

 

Comme il a piqué ma curiosité, j'ai fait une rapide recherche google et je suis tombé sur cette autre interview de Philippe Froguel, qui ne dresse pas un portait reluisant de la recherche médicale : https://france3-regions.francetvinfo.fr/hauts-de-france/hydroxychloroquine-je-ne-suis-pro-raoult-etude-publiee-the-lancet-c-est-merde-lance-pr-froguel-1834562.html
 

Quote

Chloroquine : “Je ne suis pas pro-Raoult mais l'étude publiée par The Lancet, c'est une merde”, lance le Pr. Froguel

Le Professeur Froguel s'indigne du crédit accordé à l'étude publiée par la revue scientifique anglaise The Lancet concernant la possible dangerosité de l'hydroxychloroquine pour le traitement du Covid-19.

 

Pourquoi l'article de The Lancet vous a-t-il fait réagir ?

J'ai d'abord beaucoup hésité à réagir parce que je ne veux pas qu'on dise que je suis pro-Raoult. On ne peut rien dire : on est forcément soit pro, soit anti. Mais l'article de The Lancet pose de gros problèmes. Les données sont trop bizarres, pas fiables. On ne sait même pas exactement d'où elles viennent, comment ils se les ont procurées. Du coup, les conclusions ne peuvent pas être fiables. The Guardian a bien vu tous ces problèmes. Ce papier est une merde en grande partie fabriquée par une firme inconnue qui voulait se faire de la pub. 
Lancet, c'est le tabloïd de la presse médicale. Ils font le buzz avec des données fake. La science, ce n'est pas ça ! Et la presse française a repris sans réfléchir cet article. Nous n'avons plus de journalistes scientifiques. 

(...)

 

Le Professeur Raoult est aussi très contesté dans ces méthodes. Qu'en pensez-vous ? 

Raoult est très nuisible à la recherche médicale. Il nous ridiculise, c'est vrai, mais il a décidé de s'affranchir des règles et il l'assume. Je l'ai défendu sur les tests massifs parce que c'était la bonne méthode mais pour la choloroquine, il agit de manière empirique, pas du tout scientifique.
Pour tuer la chloroquine, on s'appuie sur un article qui n'est pas scientifique. Je ne sais pas si la choloroquine est efficace, je ne me prononce pas là-dessus. Je pense même qu'on ne le saura jamais de manière scientifique, puisqu'il n'y a plus assez de malades. J'observe aussi que les grandes études Recovery / Discovery n'ont pas retrouvé ces effets négatifs du médicament. Aucun médicament n'a prouvé son efficacité face au Covid-19.

 

Pourquoi cette polémique vous met-elle en colère ?

La recherche c'est du temps long, c'est de la réflexion, de la méthode. Les politiques ont besoin de choses simples mais les scientifiques c'est autre chose, la science c'est autre chose. Dans cette crise, je trouve qu'on est en train de suicider la recherche médicale. Nous, les scientifiques, on pleure tous les jours en ce moment. Les gens qui sont à la tête de recherches sérieuses sont tristes d'observer tout ça. C'est un déversoir à conneries en ce moment le Covid-19. Le milieu hospitalier-universaitaire ne ressort pas grandi de cette crise. 

 

[Zagor]

Il faut aussi se rappeler que Raoult est considéré comme le plus grand virologue du monde parce qu'il publie en masse. Sauf que quand on regarde de près on se rend compte que la cadence de publication n'est pas normale du tout.

Donc les réputations scientifiques sont clairement biaisées dans les deux cas.

 

Après le coeur du problème c'est que les politiques et les médias ont décidé de donner les quasi plein pouvoirs aux scientifiques: du coup, les guerres intestines scientifiques prennent un tournant politique. Pire ce sont les scientifiques les plus médiatiques (et idéologiques) qui sont écoutés et qui sont rarement les plus nuancés (la nuance ça ne se vend pas trop médiatiquement). Résultat la population vit dans un environnement anxiogène d'incertitude.

 

Il faut espérer que ce spectacle pitoyable qui a foutu la merde dans le monde (coucou l'imperial college et son confinement), fasse prendre conscience la population de se méfier du monde de la recherche et  que le monde politique sonne la fin de la récré et renvoit le monde scientifique dans leurs universités et arrête de les écouter. Etant issue de ce monde universitaire, je constate de plus en plus que l'idéologie remplace la recherche.

[Rübezahl]

Le monde hospitalier-universitaire actuel, il n'a pas attendu Raoult pour avoir des soucis quant à ses recherches, ses publis, etc.

Il ne faut pas confondre un petit déclencheur avec toute une vieille situation.

Les toubibs et les stats, on en riait/pleurait déjà quand j'étais jeune étudiant en 1980, et sans doute déjà avant.

S'ils n'ont pas beaucoup progressé depuis, ben voilà.

En tous cas, c'est certainement pas un seul type qui serait responsable d'un prétendu écroulement.

Du pourri sous les tapis, il y en a depuis longtemps.

 

Si les batailles sur l'open-data ont été et sont aigües, quel que soit le domaine,

ce n'est pas parce qu'il y a des soucis techniques ou méthodologiques en premier,

c'est parce qu'il y a des data bidonnées. Point.

Quand les data sont cleans, il y a zéro soucis à les refiler.

Si on ne les refile pas, c'est parce qu'elles ne sont pas cleans.