Coronavirus : publications scientifiques, cartes, statistiques, essais cliniques etc.

[GilliB]

il y a 15 minutes, Zagor a dit :

 

La Pologne est très catholique et ont confiné comme les allemands. Mais c'est vrai qu'aucun pays protestant n'a confiné comme certains pays du sud de l'Europe.

 

 

 

Je ne sais pas. Je n'arrive pas à trouver des données sur la réalité du confinement. D'ailleurs je parle du stay-at-home qui est plus parlant. La Suisse n'ayant pas obligé sa population à rester chez eux, ils ont juste fermé les restaurants, comme les Allemands, je crois. Mais si tu as un site qui indique précisément les contraintes réelles imposées à la population,suivant les pays, je suis preneur. 

Il est une chose de fermer les commerces et de laissez libre la population d'aller et venir, et de faire comme les français, un confinement autoritaire avec contrôle policier des auto-certificats, contrôle que j'ai mal vécu, ayant à supporter l'arbitraire de la police, qui n'est pas sadique comme chacun sait.  

[h16]

Il y a 13 heures, GilliB a dit :

l'évolution de l'épidémie est imprévisible, par contre je fait confiance à l'état pour prendre les mauvaises décisions.

 

C'est quasiment la seule constante dans ce monde.

[Nick de Cusa]

on a intube beaucoup trop de gens a Paris, meme une fois informes de la chose, et beaucoup trop tot, ce qui veut dire que beaucoup de gens sont morts qui n'auraient pas du et que la Covid 19 n'est pas une maladie tres dangereuse. Ce n'est pas moi qui le dit. (Ca rejoint la video de l'infirmiere a Elmhurst Hospital New York, soit di en passant) 

 

 

[Nick de Cusa]

trop de cycles = fake news 

 

 

[Nick de Cusa]

combien de gens ont une pre-immunite ?

 

https://www.bmj.com/content/370/bmj.m3563

[Nick de Cusa]

il est urgent d'arreter avec le cirque de tous ces tests PCR

 

 

[h16]

il y a 54 minutes, Nick de Cusa a dit :

il est urgent d'arreter avec le cirque de tous ces tests PCR

 

 

 

Y'a quand même un beau mélange de trucs vrais et de machins douteux (pour utiliser un euphémisme) dans ces témoignages. 

[Nick de Cusa]

les gens ici savent trier 

[RaHaN]

Most COVID-19 infections are spread through respiratory droplets or aerosols and not surfaces: study

 

[Lancelot]

L'article lui-même mérite qu'on s'y intéresse : https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M20-5008

 

Quote

it is likely that under certain circumstances, including during aerosol-generating procedures, while singing, or in indoor environments with poor ventilation, the virus may be transmitted at a distance through aerosols

[...]

In a cluster investigation of 112 cases linked to fitness classes in South Korea, high-intensity exercise in densely packed rooms yielded the most cases; a less crowded Pilates class with a presymptomatic instructor, on the other hand, had no associated secondary cases (53). That proximity so clearly increases risk for infection suggests that classic droplet transmission is more important than aerosol transmission (51).

[...]

In a study of household transmission in China, opening windows to allow better air movement led to lower secondary household transmission (54). Poor ventilation has been implicated in numerous transmission clusters, including those in bars, churches, and other locations (55–57). By contrast, such events have rarely occurred outside, and then only in the context of crowding (58–60).

Aérosols peut-être, mais dans certaines circonstances favorables (en intérieur, dans la foule, avec une mauvaise ventilation...) et en pratique la transmission par gouttelettes est plus vraisemblable.

 

 

Quote

In addition, studies have found that masking, both in health care settings and in the community, decreases transmission of SARS-CoV-2 (51, 62–65). A study in China found that mask use in the household before symptom development markedly reduced risk for household transmission (54).

Du coup le masque aide dans la mesure où la situation est risquée à la base, typiquement les hôpitaux ou dans un foyer avec des personnes malades. #padanlaru

 

 

Quote

In a detailed investigation of a large nosocomial outbreak linked to 119 confirmed cases at a hospital in South Africa, fomite transmission was proposed given the separated distribution of cases in multiple wards (68). However, the hospital did not have a universal mask policy at the time of the outbreak, there was no special ventilation, and the burden of infection among health care workers was substantial. As a result, respiratory transmission from infected staff cannot be excluded.

[...]

Poor hand hygiene was associated with increased risk for infection among health care workers, and daily use of chlorine or ethanol cleaning products in the household was associated with decreased risk (54, 70). Although this might indirectly suggest direct contact or fomite spread, it can be difficult to tease out the relative importance of simultaneous interventions because, for example, excellent hand hygiene may be associated with better infection control practices overall

[...]

On the basis of currently available data, we suspect that the levels of viral RNA or live virus transiently remaining on surfaces are unlikely to cause infection, especially outside of settings with known active cases.

[...]

For linked transmissions between sexual partners, exclusion of respiratory transmission would not be possible.

Quand ils disent pas par surface, ce qu'ils veulent dire en vrai c'est qu'ils considèrent que la transmission de base est respiratoire et qu'il n'y a pas de situation proposée de contamination par surface pour laquelle on pourrait complètement éliminer l'hypothèse respiratoire. J'ai laissé la conclusion sur la transmission sexuelle parce que c'est exactement le même raisonnement et qu'ils l'expriment plus clairement dans ce cas.

 

 

Quote

Transmission can occur from persistently asymptomatic persons, although they seem to be less likely to transmit, and when they are most infectious is currently unknown (110–114). Data are mixed about the dynamics of viral shedding in those with persistently asymptomatic infection (112, 115, 116).

Les asymptomatiques peuvent transmettre le virus, mais on ne sait pas trop comment ou dans quelle proportion (moins que les symptomatiques en tous cas). Bref c'est pas clair.

 

 

Quote

Among those who develop symptoms, 1 report of 3410 close contacts of 391 case patients in China found that the secondary attack rate increased with the severity of the index case and that the specific symptoms of fever and expectoration were associated with secondary infections (113). In another study, researchers determined that transmissibility peaks around 1 day before symptom onset by analyzing a group of 77 transmission pairs (117). Assuming an incubation period of 5.2 days, they estimated that infectiousness started 2.3 days before symptom onset, peaked around a day before symptom onset, and declined rapidly within 7 days (117, 118). In their cohort, they estimated that 44% of secondary cases were acquired from persons who were presymptomatic at the time of transmission. Other studies have replicated these important findings (119–121).

[...]

Figure 1. The period of infectiousness for immunocompetent, symptomatic adults (dotted line) and respiratory tract viral load with time (solid line).

[...]

Multiple studies have found virtually no viable virus in patients with mild or moderate disease after 10 days of symptoms despite frequent ongoing RNA shedding (24, 126, 127). Higher viral loads are associated with increased likelihood of isolation of infectious virus (24, 127).

[...]

Perhaps the most detailed real-world confirmation of this period of infectiousness comes from a detailed contact tracing study from Taiwan that found no linked transmissions after index patients had had symptoms for at least 6 days (72).

Pour les symptomatiques, plus la maladie est sévère plus ça transmet, en particulier en cas de fièvre et de toux (on se doute pourquoi un gars qui tousse beaucoup va être plus contagieux...).

Plus surprenant/inquiétant, il semble qu'on soit contagieux entre trois jours avant l'apparition des symptômes et une semaine après, le pic étant un jour avant (encore une fois on se demande comment ladite transmission se fait en l'absence de symptôme mais bon). Notez la précision de l'échelle d'infectiosité sur la figure

 

 

Quote

There is mounting evidence that SARS-CoV-2 transmission is highly overdispersed. Contact tracing investigations during the early epidemic in China estimated that 80% of secondary infections arose from 8.9% of index cases (134). This has been further supported by a modeling analysis that used the expected number of local and imported cases in all countries to estimate that approximately 10% of cases lead to 80% of secondary transmissions, a phylodynamic study that used SARS-CoV-2 genetic sequences in Israel to estimate that fewer than 10% of infections lead to 80% of secondary cases, and another detailed contact tracing report of all identified clusters of infection in Hong Kong that found that approximately 20% of infections caused 80% of secondary transmissions (56, 131, 135).

Apparemment, et de manière assez consistante, on trouve que 10% environ (et en tous cas moins de 20%) des malades sont responsables de 80% des transmissions. Ce qui remet un peu en question tout ce qui précède. Est-ce dû à des raisons biologiques (si oui, on pourrait imaginer détecter ces 10% de contagieux et foutre la paix aux 90% de non-contagieux), ou au fait qu'il se trouve que 10% des infectés ont un comportement particulièrement à risque ?

 

 

Quote

As noted in an analysis of COVID-19 cases in Japan, transmission clusters are frequently characterized by presymptomatic and young adult index cases in settings associated with heavy breathing in close proximity (57). A systematic review of transmission clusters found that most occurred indoors (60). High viral load in the index case at the time of transmission is presumed to be important, but whether other specific host factors contribute to superspreading events remains unknown.

[...]

In a demonstrative contact tracing study from South Korea including nearly 60 000 contacts of more than 5700 case patients, the attack rate among household contacts was 11.8%, compared with 1.0% for nonhousehold contacts (37). Household attack rates vary with community prevalence and household factors like age distribution, density, and ventilation in the living space (54, 143). In addition, results from serologic and RNA testing may differ depending on timing and characteristics of tests (144). After superspreading events, additional transmission frequently occurs among contacts living in the same household.

La transmission du virus se fait principalement dans des environnements à risque (en intérieur, mal ventilés, où on fait la fête...), puis dans les foyers. #padanlaru

[Rincevent]

il y a 57 minutes, Lancelot a dit :

(encore une fois on se demande comment ladite transmission se fait en l'absence de symptôme mais bon)

En parlant ou chantant fort près d'autres personnes.

 

il y a 58 minutes, Lancelot a dit :

10% des infectés ont un comportement particulièrement à risque ?

Les extravertis, cette engeance maudite.

[Jensen]

1 hour ago, Lancelot said:

Apparemment, et de manière assez consistente, on trouve que 10% environ (et en tous cas moins de 20%) des malades sont responsables de 80% des transmissions.

Ça, c'est une très bonne nouvelle pour l'immunité de groupe! Pas besoin d'immuniser 60 ou 80% de la population comme on l'a vu ailleurs, ces 10% là suffisent. Si ces 10% sont également plus susceptibles d'être contaminés (personnes au contact du public, système immunitaire vulnérable, ...), l'immunité de groupe est probablement atteinte dans pas mal d'endroits.

 

1 hour ago, Lancelot said:

Est-ce dû à des raisons biologiques (si oui, on pourrait imaginer détecter ces 10% de contagieux et foutre la paix aux 90% de non-contagieux), ou au fait qu'il se trouve que 10% des infectés ont un comportement particulièrement à risque ?

Postillonner, ça rentre dans "raisons biologiques" ou "comportement à risque"?

[Nick de Cusa]

On 9/17/2020 at 3:47 PM, h16 said:

Je crois que la réalité est que personne ne peut dire si l'hiver sera rude ou pas. Personne ne peut affirmer que les mesures en place notamment dans les pays les plus restrictifs ont un impact mesurable (positif ou négatif, sur le plan sanitaire). 

 

La seule chose qu'on peut affirmer est que le traitement moyen distribué actuellement permet probablement de sauver plus de monde / abimer moins de malades. C'est à peu près tout.

on verra, comme nous nous sommes debarasses (dans beaucoup de cas, il n'y a pas d'autres mot) de vulnerables, il y en a moins 

[Nick de Cusa]

4300 clics sur le graphique pour un seul tweet, comme quoi nous pouvons aider les gens a mieux comprendre 

 

 

[Nick de Cusa]

lettre ouverte de medecins dignes de ce nom a Boris Johnson 

 

https://twitter.com/ProfKarolSikora/status/1307972101463212032/photo/1

[Lancelot]

Aujourd'hui je vous propose quelque chose d'un peu différent.

 

D'abord un zoom progressif pour avoir une idée des ordres de grandeur entre les tests/cas/hospitalisations/décès par jour.

 

Ensuite une mesure négligée : le nombre de guérisons.

 

[Jensen]

https://news.ki.se/immunity-to-covid-19-is-probably-higher-than-tests-have-shown

Quote

roughly 30 per cent of the blood donors who’d given blood in May 2020 had COVID-19-specific T cells, a figure that’s much higher than previous antibody tests have shown.”

Étude faite en Suède, 30% des donneurs de sang en mai ont une réponse immunitaire au covid. On dirait que leur stratégie a payé. Il serait très intéressant d'avoir des comparaisons avec d'autres pays.

[Nick de Cusa]

 

[h16]

Hyrdoxy...

 

La relecture, c'est surfait.

[Rincevent]

Je viens de la voir passer dans mon fil YT, et elle est pas mal du tout (à part la relecture, bordel).

 

Il faut se rendre compte à quel point l'obsession pour les essais contrôlés randomisés et tout le toutim (on va dire RCT par brièveté) tient chez certains du fétichisme et du culte du cargo, le genre de choses qui n'a guère besoin que d'une moelle épinière (sans colonne vertébrale autour). Parfait pour des bachoteurs qui préfèrent apprendre plutôt que comprendre (see a pattern within healthcare ?).

 

En revanche, adopter un point de vue bayésien apporte pas mal de lumière au sujet ; dans cette optique, une étude apporte une certaine quantité d'information, un certain nombre de bits permettant de faire bouger sa conviction dans un sens ou dans l'autre si vous voulez. Ce que dit cette vidéo est donc que, au moins dans le domaine des essais de traitements :

1. on ne peut pas dire sérieusement que les études informationnelles apportent 0 bits d'information, et les RCT une infinité de bits (ne serait-ce que parce que ça n'a aucun putain de sens du point de vue bayésien)
2. les informations apportées par les études observationnelles vont dans la même direction que les informations issues de RCT, il n'y a donc pas particulièrement de biais et les études observationnelles sont donc un proxy fiable
3. les études observationnelles apportent en fait à peine moins de bits d'information que les RCT, l'écart entre les deux est beaucoup plus faible qu'on ne le pense.

Quiconque connaît le coût comparé des deux aura donc tout intérêt à ne pas négliger des nuées d'études observationnelles plutôt qu'à attendre aveuglément qu'un RCT tranche définitivement le débat et lui apporte la Vérité ultime et pré-mâchée.

[Nick de Cusa]

un minimum de perspective 

 

https://lockdownsceptics.org/immunity-hysteria/

[GilliB]

Il y a 18 heures, Rincevent a dit :

Je viens de la voir passer dans mon fil YT, et elle est pas mal du tout (à part la relecture, bordel).

 

Il faut se rendre compte à quel point l'obsession pour les essais contrôlés randomisés et tout le toutim (on va dire RCT par brièveté) tient chez certains du fétichisme et du culte du cargo, le genre de choses qui n'a guère besoin que d'une moelle épinière (sans colonne vertébrale autour). Parfait pour des bachoteurs qui préfèrent apprendre plutôt que comprendre (see a pattern within healthcare ?).

 

En revanche, adopter un point de vue bayésien apporte pas mal de lumière au sujet ; dans cette optique, une étude apporte une certaine quantité d'information, un certain nombre de bits permettant de faire bouger sa conviction dans un sens ou dans l'autre si vous voulez. Ce que dit cette vidéo est donc que, au moins dans le domaine des essais de traitements :

1. on ne peut pas dire sérieusement que les études informationnelles apportent 0 bits d'information, et les RCT une infinité de bits (ne serait-ce que parce que ça n'a aucun putain de sens du point de vue bayésien)
2. les informations apportées par les études observationnelles vont dans la même direction que les informations issues de RCT, il n'y a donc pas particulièrement de biais et les études observationnelles sont donc un proxy fiable
3. les études observationnelles apportent en fait à peine moins de bits d'information que les RCT, l'écart entre les deux est beaucoup plus faible qu'on ne le pense.

Quiconque connaît le coût comparé des deux aura donc tout intérêt à ne pas négliger des nuées d'études observationnelles plutôt qu'à attendre aveuglément qu'un RCT tranche définitivement le débat et lui apporte la Vérité ultime et pré-mâchée.

Tout à fait. Au delà du problème éthique du RTC, on peut, on s'en est passé pour de multiples thérapeutiques. On n'a pas testé la pénicilline sur les méningites. 

Quand la cinetidine est apparu en 80, personne n'a fait d'étude en double aveugle, l'efficacité étant évidente. De même pour les IEC et les HTA incontrôlables sont devenus rares.

De même pour le protocole Raoult, il ne le paraît pas difficile d'étudier la réponse chez une centaine de malades de plus 70 ans et comme la létalité est de +/- 10% de voir si celle-ci baisse. Il y a des biais, mais c'est déjà une première approche.

[Bisounours]

Comptabilisation décès covid

Premier décès du covid dans le Tarn et Garonne...

Tellement débile que l'on peut se demander si ce n'est pas une blague

 

https://www.ladepeche.fr/2020/03/21/tarn-et-garonne-covid-19-le-premier-deces-est-confirme,8812877.php?fbclid=IwAR0KeQR6lFm9kmK4dINfaweL4btBVtbxbykAmOhvYWPIio1hN341W6AF1vI

[Rübezahl]

il y a 1 minute, Bisounours a dit :

Comptabilisation décès covid

Premier décès du covid dans le Tarn et Garonne...

Tellement débile que l'on peut se demander si ce n'est pas une blague

https://www.ladepeche.fr/2020/03/21/tarn-et-garonne-covid-19-le-premier-deces-est-confirme,8812877.php?fbclid=IwAR0KeQR6lFm9kmK4dINfaweL4btBVtbxbykAmOhvYWPIio1hN341W6AF1vI

Augmentation de 1/0, ie infinie.

Déclenchons les sirènes. Tous aux abris.

[Bisounours]

La sécu verse une prime de 30 euros au médecin en cas de test positif... tout s'explique

 

https://www.ameli.fr/medecin/actualites/les-medecins-au-coeur-du-circuit-de-contact-tracing-des-patients-covid-19

 

 

 

Des mesures tarifaires pour reconnaître l’engagement des médecins dans ce dispositif

Des mesures tarifaires spécifiques sont mises en place pour accompagner et reconnaître l’engagement des médecins dans ce dispositif.

Une majoration MIS de 30 euros en cas de test positif

La consultation ou téléconsultation d’un patient testé positif (avec ou sans prescription de test) pourra donner lieu à la facturation de la majoration « pour consultation initiale d’information du patient et de mise en place d’une stratégie thérapeutique » (MIS) d’une valeur de 30 euros.

Cette majoration valorise l’annonce du test positif, la prescription des tests pour les cas contact proches (personnes résidant au domicile du patient), l’information donnée au patient sur les mesures barrières, l’enregistrement dans l’outil « Contact Covid » du patient et des cas contact proches (personnes partageant le même domicile que le patient).

 

 

 

[Rübezahl]

J'avais eu la flemme de vérifier. ... c'est donc bien vrai.

On trouverait ça hallucinant, si on n'était pas autant habitué.

[GilliB]

C'est dans la nomenclature ameli

Citation

MTX : majoration pour consultations très complexes (MIS et PIV) (9) (1bis)    30,00 €    G, GS

C'est donc coté C+MTX, 55€.

Ce sont par exemple les consultations d'annonce d'un cancer ou de la séropositivité.

Il existe même une majoration kilométrique pour les visites en ski. :).

[fm06]

2 hours ago, GilliB said:

Tout à fait. Au delà du problème éthique du RTC, on peut, on s'en est passé pour de multiples thérapeutiques. On n'a pas testé la pénicilline sur les méningites. 

Quand la cinetidine est apparu en 80, personne n'a fait d'étude en double aveugle, l'efficacité étant évidente. De même pour les IEC et les HTA incontrôlables sont devenus rares.

De même pour le protocole Raoult, il ne le paraît pas difficile d'étudier la réponse chez une centaine de malades de plus 70 ans et comme la létalité est de +/- 10% de voir si celle-ci baisse. Il y a des biais, mais c'est déjà une première approche.

 

Un petit article de l'AFIS pour bien comprendre le concept de "niveau de preuve".

https://www.afis.org/La-qualite-de-la-preuve-en-medecine

 

La HAS a aussi publié des choses intéressantes sur le sujet. Extrait:

Quote

A Preuve scientifique établie

Niveau 1

-       essais comparatifs randomisés de forte puissance ;

 

-       méta-analyse d’essais comparatifs randomisés ;

 

-       analyse de décision fondée sur des études bien menées.

B Présomption scientifique

Niveau 2

-       essais comparatifs randomisés de faible puissance ;

 

-       études comparatives non randomisées bien menées ;-

 

-       études de cohortes.

C Faible niveau de preuve scientifique

Niveau 3

-       études cas-témoins.

Niveau 4

-       études comparatives comportant des biais importants ;

 

-       études rétrospectives ;

 

-       séries de cas ;

 

-       études épidémiologiques descriptives (transversale, longitudinale).

 

[GilliB]

Il y a 2 heures, fm06 a dit :

 

Un petit article de l'AFIS pour bien comprendre le concept de "niveau de preuve".

https://www.afis.org/La-qualite-de-la-preuve-en-medecine

 

La HAS a aussi publié des choses intéressantes sur le sujet. Extrait:

 

Certes, certes. Mais dans des conférences de consensus il n'existe pas de preuves mais juste un accord professionnel

Citation

Accord d’experts
En l’absence d’études, les recommandations sont fondées sur un accord entre experts 
du groupe de travail, après consultation du groupe de lecture. L’absence de gradation 
ne signifie pas que les recommandations ne sont pas pertinentes et utiles. Elle doit, en 
revanche, inciter à engager des études complémentaires.

 

[Rincevent]

Il y a 2 heures, fm06 a dit :

Un petit article de l'AFIS pour bien comprendre le concept de "niveau de preuve".

https://www.afis.org/La-qualite-de-la-preuve-en-medecine

 

La HAS a aussi publié des choses intéressantes sur le sujet. Extrait:

On notera l'absence de concept de cumul de preuves.