Coronavirus : publications scientifiques, cartes, statistiques, essais cliniques etc.

[RaHaN]

Il y a 10 heures, poney a dit :

blogueur un rien sérieux

Le jour où il aura autant de sérieux avec la viande.. 

[Largo Winch]

On 5/25/2020 at 5:46 PM, Largo Winch said:

En tout cas, de mon côté, en observateur extérieur ignorant du domaine, je me pose de sérieuses questions sur la recherche médicale.

(...)

Mais là on parle d'une grande revue de recherche médicale. Comment est-il possible de publier en moins de 2 mois un article scientifique sérieux ?

 

Apparemment, la réputation de The Lancet est usurpée. C'est ce que j'ai compris en écoutant ce midi Philippe Froguel, médecin et chercheur, qui témoignait de pratiques de "review-proof" utilisées par The Lancet : publication d'articles sans tenir compte des reviews.

 

Comme il a piqué ma curiosité, j'ai fait une rapide recherche google et je suis tombé sur cette autre interview de Philippe Froguel, qui ne dresse pas un portait reluisant de la recherche médicale : https://france3-regions.francetvinfo.fr/hauts-de-france/hydroxychloroquine-je-ne-suis-pro-raoult-etude-publiee-the-lancet-c-est-merde-lance-pr-froguel-1834562.html
 

Quote

Chloroquine : “Je ne suis pas pro-Raoult mais l'étude publiée par The Lancet, c'est une merde”, lance le Pr. Froguel

Le Professeur Froguel s'indigne du crédit accordé à l'étude publiée par la revue scientifique anglaise The Lancet concernant la possible dangerosité de l'hydroxychloroquine pour le traitement du Covid-19.

 

Pourquoi l'article de The Lancet vous a-t-il fait réagir ?

J'ai d'abord beaucoup hésité à réagir parce que je ne veux pas qu'on dise que je suis pro-Raoult. On ne peut rien dire : on est forcément soit pro, soit anti. Mais l'article de The Lancet pose de gros problèmes. Les données sont trop bizarres, pas fiables. On ne sait même pas exactement d'où elles viennent, comment ils se les ont procurées. Du coup, les conclusions ne peuvent pas être fiables. The Guardian a bien vu tous ces problèmes. Ce papier est une merde en grande partie fabriquée par une firme inconnue qui voulait se faire de la pub. 
Lancet, c'est le tabloïd de la presse médicale. Ils font le buzz avec des données fake. La science, ce n'est pas ça ! Et la presse française a repris sans réfléchir cet article. Nous n'avons plus de journalistes scientifiques. 

(...)

 

Le Professeur Raoult est aussi très contesté dans ces méthodes. Qu'en pensez-vous ? 

Raoult est très nuisible à la recherche médicale. Il nous ridiculise, c'est vrai, mais il a décidé de s'affranchir des règles et il l'assume. Je l'ai défendu sur les tests massifs parce que c'était la bonne méthode mais pour la choloroquine, il agit de manière empirique, pas du tout scientifique.
Pour tuer la chloroquine, on s'appuie sur un article qui n'est pas scientifique. Je ne sais pas si la choloroquine est efficace, je ne me prononce pas là-dessus. Je pense même qu'on ne le saura jamais de manière scientifique, puisqu'il n'y a plus assez de malades. J'observe aussi que les grandes études Recovery / Discovery n'ont pas retrouvé ces effets négatifs du médicament. Aucun médicament n'a prouvé son efficacité face au Covid-19.

 

Pourquoi cette polémique vous met-elle en colère ?

La recherche c'est du temps long, c'est de la réflexion, de la méthode. Les politiques ont besoin de choses simples mais les scientifiques c'est autre chose, la science c'est autre chose. Dans cette crise, je trouve qu'on est en train de suicider la recherche médicale. Nous, les scientifiques, on pleure tous les jours en ce moment. Les gens qui sont à la tête de recherches sérieuses sont tristes d'observer tout ça. C'est un déversoir à conneries en ce moment le Covid-19. Le milieu hospitalier-universaitaire ne ressort pas grandi de cette crise. 

 

[Zagor]

Il faut aussi se rappeler que Raoult est considéré comme le plus grand virologue du monde parce qu'il publie en masse. Sauf que quand on regarde de près on se rend compte que la cadence de publication n'est pas normale du tout.

Donc les réputations scientifiques sont clairement biaisées dans les deux cas.

 

Après le coeur du problème c'est que les politiques et les médias ont décidé de donner les quasi plein pouvoirs aux scientifiques: du coup, les guerres intestines scientifiques prennent un tournant politique. Pire ce sont les scientifiques les plus médiatiques (et idéologiques) qui sont écoutés et qui sont rarement les plus nuancés (la nuance ça ne se vend pas trop médiatiquement). Résultat la population vit dans un environnement anxiogène d'incertitude.

 

Il faut espérer que ce spectacle pitoyable qui a foutu la merde dans le monde (coucou l'imperial college et son confinement), fasse prendre conscience la population de se méfier du monde de la recherche et  que le monde politique sonne la fin de la récré et renvoit le monde scientifique dans leurs universités et arrête de les écouter. Etant issue de ce monde universitaire, je constate de plus en plus que l'idéologie remplace la recherche.

[Rübezahl]

Le monde hospitalier-universitaire actuel, il n'a pas attendu Raoult pour avoir des soucis quant à ses recherches, ses publis, etc.

Il ne faut pas confondre un petit déclencheur avec toute une vieille situation.

Les toubibs et les stats, on en riait/pleurait déjà quand j'étais jeune étudiant en 1980, et sans doute déjà avant.

S'ils n'ont pas beaucoup progressé depuis, ben voilà.

En tous cas, c'est certainement pas un seul type qui serait responsable d'un prétendu écroulement.

Du pourri sous les tapis, il y en a depuis longtemps.

 

Si les batailles sur l'open-data ont été et sont aigües, quel que soit le domaine,

ce n'est pas parce qu'il y a des soucis techniques ou méthodologiques en premier,

c'est parce qu'il y a des data bidonnées. Point.

Quand les data sont cleans, il y a zéro soucis à les refiler.

Si on ne les refile pas, c'est parce qu'elles ne sont pas cleans.

[Bézoukhov]

Il y a 2 heures, Zagor a dit :

Il faut aussi se rappeler que Raoult est considéré comme le plus grand virologue du monde parce qu'il publie en masse.

 

Et Ghosn a été l'un des plus grands industriels des dernières années parce qu'il a construit beaucoup de voitures avec ses petites mimines.

 

Il y a 2 heures, Rübezahl a dit :

 

Les toubibs et les stats, on en riait/pleurait déjà quand j'étais jeune étudiant en 1980, et sans doute déjà avant.

 

This.

Et l'avantage de Raoult, c'est qu'il dit assez clairement qu'il pense que c'est de la merde. Il fait des pvalues parce que "il faut" en faire mais sans véritable effort.

Enfin, si le mec est climatosceptique il y a une raison.

 

Et je trouve très rigolo que les défenseurs de la "methode" se prennent les pieds dans le tapis.

 

Il y a 2 heures, Zagor a dit :

coucou l'imperial college et son confinement

 

L'épidémiologie j'ai toujours eu l'impression que c'était des branleurs qui font des modèles niveau master _0_.

[Rincevent]

il y a 13 minutes, Bézoukhov a dit :

L'épidémiologie j'ai toujours eu l'impression que c'était des branleurs qui font des modèles niveau master _0_.

Oui et non. Il y a ceux qui maîtrisent les maths, et les autres. Les matheux savent faire des trucs un peu chiadés, comme dans ce genre de livres :

https://www.amazon.co.uk/Mathematics-Epidemics-Networks-Approximate-Interdisciplinary/dp/3319508040

(Livre dont le prix semble à la hauteur du niveau de maths nécessaire pour l'assimiler).

 

Les non-matheux ne savent évidemment pas faire ce genre de trucs rigolos, et au fond ça ne les intéresse pas. Parce que au delà de matheux ou non, il y a aussi le fait que les épidémiologistes sont rarement les décideurs, et que pour convaincre un décideur en santé publique, il faut que ce dernier ait une compréhension ne serait-ce que vague et sommaire de ce qui se passe dans le modèle ; d'où les modèles type SIR qui sont au mieux niveau licence (voire bac C des 80's). Bref, la santé publique est par essence de la merde en barre.

[Bézoukhov]

il y a 25 minutes, Rincevent a dit :

Il y a ceux qui maîtrisent les maths, et les autres.

 

Ben les auteurs de ton bouquin sont tous des PhD en maths applis, sans aucun diplôme de médecine ; rien à voir avec de l'épidémiologie . On est donc d'accord.

 

il y a 25 minutes, Rincevent a dit :

pour convaincre un décideur en santé publique, il faut que ce dernier ait une compréhension ne serait-ce que vague et sommaire de ce qui se passe dans le modèle

 

Faut surtout que ce soit backtestable.

[Lancelot]

Ne connaître que les maths en effet c'est pas terrible non plus. Parce que si on se déconnecte trop de la réalité dont on parle, comme disait l'autre, with four parameters I can fit an elephant, and with five I can make him wiggle his trunk.

[Neomatix]

C'est quoi dedans ? Dans la description j'ai lu processus stochastiques et PDE, ce qui est abordable pour des financiers (si ça reste simple). Après j'ai lu théorie des graphes en suggestions en bas de la page et j'ai pris peur.

[Bézoukhov]

il y a 17 minutes, Lancelot a dit :

Ne connaître que les maths en effet c'est pas terrible non plus.

 

Et puis bon, l'épidémiologie, c'est avant tout des statistiques.

Faire mumuse avec des modèles de projection, c'est normalement quand on maitrise ses données _o_

[Sekonda]

La molécule prometteuse du jour :
https://www.researchhub.com/paper/817137/summary

 

[Largo Winch]

Toujours dans ma quête pour mieux comprendre la niveau de solidité et de qualité de la recherche médicale, je suis tombé sur cet article très intéressant de l'Académie d'agriculture de France : Santé et alimentation : attention aux faux-semblants statistiques ! (pdf)

 

Quote

Résumé
Ces derniers mois, plusieurs études épidémiologiques très médiatisées déclarent avoir observé des liens statistiques forts entre le risque de cancer et la consommation d’aliments bio ou ultra-transformés. Toutefois ces résultats reposent sur des traitements statistiques complexes, dont un examen attentif montre la fragilité : prise individuellement, chacune de ces publications semble minimiser fortement l’effet des facteurs de risque de cancer bien établis. En outre, quand on les compare entre elles, on constate qu’elles se contredisent mutuellement, alors qu’elles ont été réalisées sur la même population. Bien que parus dans des revues prestigieuses, ces travaux confortent donc les inquiétudes d’épidémiologistes éminents, qui appellent à refonder les méthodes employées en épidémiologie nutritionnelle.

(...)

Conclusion de l'article : Vers une « presse scientifique d’opinion » ?
Les auteurs de ces publications rappellent avec insistance que les corrélations significatives qu’ils ont observées ne prouvent pas un lien de causalité. C’est une sage précaution oratoire, mais le problème majeur n’est pas là. C’est plutôt que la procédure statistique, qui devait garantir qu’ils ont bien éliminé les facteurs de confusion, a de toute évidence très mal fonctionné. En conséquence, ils ont bien observé une corrélation significative conforme à leurs hypothèses de départ (que l’alimentation bio est favorable à la santé, et que les aliments ultra-transformés sont néfastes), mais ils n’ont pas démontré que les facteurs de risque déjà bien connus pour le cancer ne suffisent pas pour expliquer ces corrélations.

 

Cette pratique est habituelle dans les sciences humaines ou politiques, où il est considéré comme normal que les mêmes faits puissent donner lieu à des interprétations différentes, avec la même légitimité. Elle est plus inhabituelle dans les sciences de la nature : dans ces disciplines, on s’attend habituellement à ce que le protocole expérimental et le traitement statistique des données permettent d’éliminer toutes les hypothèses alternatives à celles des auteurs.
(...)

Notre objectif n’est pas de pointer ici la responsabilité des auteurs. Les articles que nous avons cités ont été publiés dans des revues parmi les plus prestigieuses dans le monde médical : le British Medical Journal, et le Journal of the American Medical Association (JAMA). Ces travaux peuvent donc être considérés comme conformes aux critères actuels des revues les plus exigeantes. D’ailleurs, ce sujet des publications de sciences de la nature gardant une interprétation ouverte n’a été évoqué nulle part dans le récent rapport de Corvol et al. (2016), qui a posé les bases des dispositifs de contrôle de l’intégrité scientifique mis en place dans les instituts de recherche français. Il s’agit donc d’une évolution non explicite, mais assez généralisée, du niveau de preuve attendu des publications scientifiques. Outre le fait que cette évolution remet en cause le principe de réfutabilité, qui est censé faire le partage entre les sciences de la nature et les pseudosciences, elle cause des malentendus avec le grand public, qui continue à considérer qu’une publication scientifique n’a qu’une interprétation et une seule, et énonce des faits objectifs indépendants de l’opinion des auteurs.

(...)

Sur des sujets ayant des impacts sanitaires aussi importants que ceux évoqués ici, il serait donc nécessaire que les revues scientifiques fassent preuve de plus d’exigence dans la discussion des résultats, et, notamment, dans l’étude de la cohérence des traitements statistiques réalisés. Cela ne signifie pas que les articles dont nous venons de parler n’ont pas de place dans des revues de qualité, mais simplement qu’il faudrait veiller à rappeler plus clairement, et de façon plus équilibrée que des publications comme celles-ci ne sont que des étapes préliminaires de formulations d’hypothèse, dont la confirmation reste à venir… si elle arrive un jour ! Encore faut-il s’entendre sur ce qu’est une confirmation : appliquer les mêmes méthodes statistiques inadaptées, sur une autre cohorte que NutriNet Santé, aurait toutes les chances de donner les mêmes résultats, les mêmes causes produisant les mêmes effets. Une vraie confirmation ne peut venir que de l’obtention de résultats similaires avec des traitements statistiques différents, ne privilégiant aucune variable parmi les « variables suspectes » potentielles. C’est pourquoi J. Ioannidis appelle à une véritable réforme de l’épidémiologie nutritionnelle, plutôt que de se contenter d’une vigilance renforcée sur les publications discutables.

 

[Rübezahl]

Je signale ce bouquin :

Comprendre et utiliser les statistiques dans les sciences de la vie de Bruno Falissard

https://www.amazon.fr/Comprendre-utiliser-statistiques-dans-sciences/dp/2294770838

[Bézoukhov]

Il y a 2 heures, Largo Winch a dit :

Toujours dans ma quête pour mieux comprendre la niveau de solidité et de qualité de la recherche médicale, je suis tombé sur cet article très intéressant de l'Académie d'agriculture de France : Santé et alimentation : attention aux faux-semblants statistiques ! (pdf)

 

J'avais fait un projet d'étude avec André Aurengo ; sur les limites des études d'épidémiologie, il avait beaucoup de choses à dire, par exemple, si tu veux un truc un peu plus technique : https://www.pseudo-sciences.org/Les-pieges-de-l-epidemiologie

(mais tu dois trouver d'autres trucs, il était assez médiatique à une époque)

 

(et le gars a fait médecine après son diplôme d'ingé, donc il maîtrisait bien les maths et la médecine)

[h16]

Le 29/05/2020 à 16:06, Largo Winch a dit :

 

Apparemment, la réputation de The Lancet est usurpée. C'est ce que j'ai compris en écoutant ce midi Philippe Froguel, médecin et chercheur, qui témoignait de pratiques de "review-proof" utilisées par The Lancet : publication d'articles sans tenir compte des reviews.

 

L'étude en question est donc rétractée : 

 

[Loi]

Comme c'est étonnant... est-il possible de rétracter les itw à charge contre Raoult sur la base de cette étude?

[MXI]

Retractation qui sous entend qu'ils n'ont pensé à vérifier la qualité des données qu'ils utilisent qu'après avoir été contestés. Je suis le seul à trouver cela choquant et d'un amateurisme crasse ? Quelqu'un dans mon entourage pro fait ça, je le démonte.

 

L'autre hypothèse est qu'ils l'aient fait en connaissance de cause mais déjà discuté sur ce forum...

[Rübezahl]

... ça aura remplacé tous les festivals annulés.

 

dé-fi-ni-tif.

 

Il va falloir dégoter un bon meme avec ça.

[poney]

Il y a 2 heures, MXI a dit :

Retractation qui sous entend qu'ils n'ont pensé à vérifier la qualité des données qu'ils utilisent qu'après avoir été contestés. Je suis le seul à trouver cela choquant et d'un amateurisme crasse ? Quelqu'un dans mon entourage pro fait ça, je le démonte.

 

L'autre hypothèse est qu'ils l'aient fait en connaissance de cause mais déjà discuté sur ce forum...

 

C'est ce qui arrive quand on veut aller vite en se fichant des protocoles. 

 

Après, eux, ils ont eu la décence de retirer leur étude de merde, d'autres ne l'ont pas eu. 

[Rincevent]

il y a une heure, poney a dit :

C'est ce qui arrive quand on veut aller vite en se fichant des protocoles. 

La méthode c'est bien, le fétichisme méthodologique c'est nul.

 

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/07853890.2018.1453233

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/10669817.2019.1589697

https://muse.jhu.edu/article/188201

 

(Et si toutes les études en biologie et médecine présentant un défaut méthodologique devaient être retirées, la production d'articles serait divisée par 5 ou 10. Je ne verrais pas ça d'un mauvais œil, note bien ? mais ça ne sert à rien de taper sur la méthode des uns ou des autres si on ne prend pas en compte le niveau moyen dans le domaine considéré.)

[poney]

virer les morts d'une étude qui accumule tous les autres biais pondue en 10 jours et gueuler victoire sans autre forme de preuve ou de procès, j'appelle pas ça du fétichisme méthodologique, mais bon, quand on aime, on ne compte pas.

[Rincevent]

il y a 22 minutes, poney a dit :

j'appelle pas ça du fétichisme méthodologique

Moi non plus. That's my point.

[Lameador]

On 5/29/2020 at 6:38 PM, Rübezahl said:

Le monde hospitalier-universitaire actuel, il n'a pas attendu Raoult pour avoir des soucis quant à ses recherches, ses publis, etc.

Il ne faut pas confondre un petit déclencheur avec toute une vieille situation.

Les toubibs et les stats, on en riait/pleurait déjà quand j'étais jeune étudiant en 1980, et sans doute déjà avant.

S'ils n'ont pas beaucoup progressé depuis, ben voilà.

En tous cas, c'est certainement pas un seul type qui serait responsable d'un prétendu écroulement.

Du pourri sous les tapis, il y en a depuis longtemps.

 

Si les batailles sur l'open-data ont été et sont aigües, quel que soit le domaine,

ce n'est pas parce qu'il y a des soucis techniques ou méthodologiques en premier,

c'est parce qu'il y a des data bidonnées. Point.

Quand les data sont cleans, il y a zéro soucis à les refiler.

Si on ne les refile pas, c'est parce qu'elles ne sont pas cleans.

 

J'aurais envie d'applaudir, mais quand même. Il y a aussi des datas confidentielles et il y a surtout des datas précieuses.

 

Coûteuses et complexes à obtenir, de grande valeur, pourquoi les partager ? Tu imagines Facebook ou Google rendre toutes ses données anonymisées publiques ? Pourquoi attend ton d'un chercheur ce comportement ?

 

Comme cette argument des données précieuses est pabizou, on fait sembler de porter le débat sur la seule confidentialité.

[poney]

si les données sont anonymes, il doit pouvoir les partager, au moins les mettre à disposition d'un ou de quelques chercheurs pour vérification.

mes carnets de note sont à disposition de mes collègues si besoin ou si doute (mais de eux seulement, par définition, mes carnets de notes ne sont pas anonymes)

[Rübezahl]

il y a 5 minutes, Lameador a dit :

Pourquoi attend ton d'un chercheur ce comportement ?

Une boite privée fait ce qu'elle veut des data qu'elle a collecté, ok.

 

Pour un chercheur du secteur public, payé avec de l'argent public, perso je ne vois pas pourquoi on doit encore recracher du pognon pour obtenir les fruits du boulot.

(Dans certains pays, recherche publique => open data, ça me semble normal).

 

Un chercheur ne veut pas mettre ses data à disposition,

pas de souci, mais qu'on me permettre alors aussi de refuser de participer au financement.

[Lancelot]

Dans ce genre de cas on fait appel à un chercheur indépendant qui pourra examiner les données et reproduire l'analyse (au pire il peut signer une clause de confidentialité). C'est ce qu'ils ont essayé de faire mais sans succès.

[Lameador]

10 minutes ago, Rübezahl said:

Une boite privée fait ce qu'elle veut des data qu'elle a collecté, ok.

 

Pour un chercheur du secteur public, payé avec de l'argent public, perso je ne vois pas pourquoi on doit encore recracher du pognon pour obtenir les fruits du boulot.

(Dans certains pays, recherche publique => open data, ça me semble normal).

 

Un chercheur ne veut pas mettre ses data à disposition,

pas de souci, mais qu'on me permettre alors aussi de refuser de participer au financement.

 

J'ai beau être un pauvre moutontribuable, je ne me souviens pas avoir payé des impôts finançant la recherche médicale britannique. A l'inverse, je vois pas trop pourquoi Joe the Plumber devrait payer des taxes pour permettre à un labo indien de récupérer des données de qualité gratos et sabrer ses coûts de R&D ? Pourquoi un chercheur qui a bossé des années à monitorer un protocole expérimental devrait il accepter de se faire coiffer à l'arrivée par un data scientist qui aura un peu mieux parsé le dataset ?

 

8 minutes ago, Lancelot said:

Dans ce genre de cas on fait appel à un chercheur indépendant qui pourra examiner les données et reproduire l'analyse (au pire il peut signer une clause de confidentialité). C'est ce qu'ils ont essayé de faire mais sans succès.

 

C'est dommage que ça n'ait pas marché, ça serait pourtant une forte piste. Pour le reste, 'explication initiale de Rubezahl (on veut garder les données secrètes parce qu'on les a bidonnées) explique sans doute une grande partie des cas.

[Fagotto]

Recovery arrête l'hydroxy-chloroquine, pas d'effets bénéfiques constatés.

 

https://www.reuters.com/article/us-health-coronavirus-hydroxychloroquine/uk-halts-trial-of-hydroxychloroquine-as-useless-for-covid-19-patients-idUSKBN23C1YM

[poney]

vite, de l'huile dans la poele pour le popcorn.

[Bézoukhov]

Ça fait pas trois mois qu'on dit que c'est sensé aider avant l'hospitalisation ?

 

Toute façon maintenant encore plus qu'avant je me dis qu'on est obligés de rentrer dans le détail de toutes ces études. Les médecins c'est encore plus des clowns que les SHS.