Coronavirus : publications scientifiques, cartes, statistiques, essais cliniques etc.

[Noob]

20 minutes ago, Rincevent said:

Le fait que beaucoup de vaccins ne protègent, à six mois d'écart, qu'à environ 40-50 % du variant Delta (qui a quelque chose comme cinq ou six mutations par rapport à la souche d'origine dans la spicule), alors que l'infection par d'autres coronavirus (donc des parents nettement plus éloignés) semblent apporter une immunité au moins comparable à plus long terme, au moins selon des résultats préliminaires comme ici ou encore ici.

Justement il y a autant d'études qui montrent une relativement bonne protection (> 80%) face au Delta donc pour l'instant c'est de l'ultra spéculatif.

https://www.healthline.com/health-news/heres-how-well-covid-19-vaccines-work-against-the-delta-variant

 

Et comme le dit Gillib comme on a vacciné les mourants en janvier on a un biais très fort vers une perte d'efficacité de la vaccination. D'ailleurs l'étude israélienne donne des résultats de 80% lorsque on sépare par tranche d'âge.

https://www.covid-datascience.com/post/israeli-data-how-can-efficacy-vs-severe-disease-be-strong-when-60-of-hospitalized-are-vaccinated

Ok c'est contre les cas graves uniquement. Et c'est vrai qu'il reste encore un flou aujourd'hui sur l'efficacité dans le temps contre les formes plus légères.

 

[Rincevent]

Time will tell.

[Noob]

En ce qui concerne le vaccin de Moderna:

Quote

One Sentence Summary Deep mutational scanning shows the mRNA-1273 RBD-binding antibody response is less affected by single viral mutations than the infection response.

Spoiler

The susceptibility of immunity to viral evolution is shaped in part by the breadth of epitopes targeted. Here we compare the specificity of antibodies elicited by the mRNA-1273 vaccine versus natural infection. The neutralizing activity of vaccine-elicited antibodies is even more focused on the spike receptor-binding domain (RBD) than for infection-elicited antibodies. However, within the RBD, binding of vaccine-elicited antibodies is more broadly distributed across epitopes than for infection-elicited antibodies. This greater binding breadth means single RBD mutations have less impact on neutralization by vaccine sera than convalescent sera. Therefore, antibody immunity acquired by different means may have differing susceptibility to erosion by viral evolution.

Publié dans Science Translational Medicine.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.04.14.439844v1

 

Et comment les mutations sont sélectionnées par les anticorps des patients infectés.

Paru dans Nature Communications 

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.03.17.435863v1

Quote

The plasma-escape maps most closely resemble those of a single class of antibodies that target an epitope on the RBD that includes site E484. Therefore, although the human immune system can produce antibodies that target diverse RBD epitopes, in practice the polyclonal response to infection is dominated by a single class of antibodies targeting an epitope that is already undergoing rapid evolution.

 

[Noob]

La vidéo que j'ai posté plus haut vaut vraiment le coup, il y a d'ailleurs une bonne référence qui fera plaisir à Nick concernant la protection apportée par une infection à sars-cov-1. Il s'agirait en l'occurence de l'anticorps S309 qui permet de neutraliser une partie plus stable de la spicule.

Il y a bien 6 ou 7 papiers de résumés en 1h ça vaut vraiment le coup.

Le focus principal est surtout la sélection d'anticorps monoclonaux ou de cocktail d'anticorps pour avoir une meilleure résistance aux mutations, mais les mêmes informations devraient aussi servir à la création de nouveaux vaccins visant les parties les moins mutantes de la spicule.

Un article dont il est question dans la vidéo est sorti dans Nature en juillet https://www.nature.com/articles/s41586-021-03817-4.

 

[Freezbee]

Amusant...

 

 

[Bézoukhov]

https://www.linkedin.com/posts/frank-grouhel-20a8781b_comparaison-avec-moyenne-2012-19-ugcPost-6835599992594554880-Vj9P

Je trouve la présentation pas mal.

C'est une compilation assez bête de statistiques, mais en terme de présentation des chiffres, c'est la manière dont il faut les présenter quand on a fait un peu d'analyse de mortalité.

[Nick de Cusa]

Le role des pneumonies nosocomiales et mon sentiment est que ce n'est pas mieux chez nous

 

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33110587/

[Rincevent]

Mais enfin, ne sais-tu pas que "les antibiotiques, c'est pas automatique", comme le répète Santé Publique France dans sa grande sagesse ?  

[Noob]

20% des morts du covid présentent des anticorps contre les interférons de type 1. 

https://presse.inserm.fr/un-quart-des-formes-severes-de-covid-19-sexpliquent-par-une-anomalie-genetique-ou-immunologique/43635/?fbclid=IwAR2RO8470GJqQj67XiHm0kHDZqP33PApymultkMsNiPqOl3CfsHh75HsuV4&sfns=mo

 

Quote

la présence d’auto-anticorps dirigés contre les IFN 1 sont très rares avant 65 ans (0,2 à 0,5%) et augmentent ensuite exponentiellement en vieillissant. Ils atteignent 4% entre 70 et 79 ans, et 7% entre 80 et 85 ans. Les causes et les mécanismes de cette augmentation dans la population générale restent à élucider mais celle-ci explique en partie pourquoi l’âge est un facteur de risque majeur dans le développement de formes graves de Covid-19.

 

[Rincevent]

C'est une piste que Jean-Laurent Casanova, évoqué dans le papier, explore depuis presque un an.

 

(A partir de 9:40 notamment). Les deux papiers évoqués à la fin de la vidéo sont présents en source de l'article que tu postes.

 

Ceci dit, le fait que la fréquence des auto-anticorps augmente avec l'âge semble être une nouveauté.

[Rübezahl]

Il y a 5 heures, Rincevent a dit :

Ceci dit, le fait que la fréquence des auto-anticorps augmente avec l'âge semble être une nouveauté.

Je connais plusieurs cas dans les seniors que je connais.

[Noob]

Il y aurait bien un lien entre la quantité de virus à laquelle on est exposé et la sévérité de la maladie. Etude sur des singes mais pas encore validée.

https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1009865

 

C'est un truc que j'ai remarqué dans mon entourage. Chez les personnes entre 30 et 45 ans, c'est la personne qui ramenait le covid à la maison qui faisait une forme moins grave que son conjoint.

Par contre difficile de quantifier l'impact réel de cette variable sur les hospitalisations ou les décès. Ça peut expliquer une bonne partie de la saisonnalité, mais à part ça, mystère.

[Nick de Cusa]

Qui a été designé hospitalisé Covid ? Impossible d'avoir une meilleure source.

 

[h16]

Le niveau de malaise, de rétropédalage et d'enfumage est élevé dans cette vidéo. 

[Nick de Cusa]

Qui ne voit pas combien cette classe d'exploiteurs est detestable ? 

[Jesrad]

A confirmer in vivo, mais les anticorps ciblant NTD sur la spicule, typiquement produits par la vaccination à ARNm, favorisent l’infection par le variant delta au lieu de la neutraliser (ADE):

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34384810/

[Rincevent]

[Mathieu_D]

Ça ne doit pas te plaire @Rincevent vu que c'est une anticipation suite à une modélisation :

"Using molecular modeling approaches, we show that enhancing antibodies have a higher affinity for Delta variants than for Wuhan/D614G NTDs. We show that enhancing antibodies reinforce:

[Rincevent]

C'est de la biologie moléculaire (ou de la chimie quantique), pas de l'épidémiologie. J'espère que tu t'amuses bien à jouer avec des hommes de paille.

 

(D'autant que, comme @Jesrad l'a précisé, c'est à confirmer in vivo.)

[Mathieu_D]

9 minutes ago, Rincevent said:

C'est de la biologie moléculaire (ou de la chimie quantique), pas de l'épidémiologie. J'espère que tu t'amuses bien à jouer avec des hommes de paille.

Mmmh je n'ai pas encore saisi la logique avec laquelle tu rejettes les modelisations dans telle discipline mais pas dans une autre.

[Ultimex]

Supposition résumée en deux mots, dit de manière peu propre : le nombre de variables à prendre en compte + la facilité à recaler un modèle avec la réalité (ce qui, personnellement, ne me semble pas déconnant comme approche). Ainsi, par exemple : détermination par modélisation des modes propres d'un moteur fusée ( nombre de variables pertinentes relativement limités, recalage possible avec des essais) vs. modélisation d'une épidémie (échelle différente -> nombre de variables pertinentes beaucoup plus importante (intégrant des humains au comportement plus aléatoire) + recalage beaucoup plus difficile (du fait du nombre de variables + durée du phénomène étudié)). 

[Rincevent]

il y a 20 minutes, Mathieu_D a dit :

Mmmh je n'ai pas encore saisi la logique avec laquelle tu rejettes les modelisations dans telle discipline mais pas dans une autre.

Je le constate, en effet. Pour le faire simple : ça dépend du niveau de complexité. (Edit : @Ultimex décrit bien l'idée.)

 

La chimie quantique, c'est compliqué, mais ce n'est pas complexe, c'est parfaitement prévisible avec des équations précises à dix décimales si tu y mets les ressources pour les résoudre. Le vivant, c'est au moins un ou deux niveaux de complexité (d'émergence, si tu veux) en plus. L'infectiologie, qui prend en compte les interactions entre au moins deux êtres vivants, au moins un cran de plus que la physiologie du vivant (ou deux crans, si l'on prend en compte l'évolution). L'épidémiologie, i.e. l'infectiologie portée au niveau non plus individuel mais social (donc avec des interactions entre infectés/infectables) et écologique (prendre en compte les éventuelles espèces réservoirs, par exemple), encore au moins un cran ou deux de plus que l'infectiologie.

[Mathieu_D]

Oula modéliser des conformations c'est effroyablement compliqué.

 

Les prévisions de l'INSERM sur l'évolution de l'épidémie n'étaient pas mauvaises lorsqu'elles étaient dans un horizon court.

 

Comme disait l'autre tous les modèles sont faux et quelques uns sont utiles.

 

Quand je probabilises des comportements humains qui ont plus de degrés de liberté que d'étoile dans le ciel j'arrive quand même à quelque chose d'utile. (Des fois.)

Quand je dis que je fais x% de mieux que le hasard parfois même un tout petit x a de la valeur.

 

Après si un modèle sert de justification à une politique le problème ce sont les politiques, pas le modèle (qu'il soit très juste ou très faux.)

[Rincevent]

Il y a 1 heure, Mathieu_D a dit :

Comme disait l'autre tous les modèles sont faux et quelques uns sont utiles.

Le fait est que les modèles épidémiologiques sont utiles pour montrer la mécanique de divers phénomènes, mais pas pour prévoir.

 

Il y a 1 heure, Mathieu_D a dit :

Quand je probabilises des comportements humains qui ont plus de degrés de liberté que d'étoile dans le ciel j'arrive quand même à quelque chose d'utile. (Des fois.)

Quand je dis que je fais x% de mieux que le hasard parfois même un tout petit x a de la valeur.

Ton employeur n'a pas la naïveté de prendre la "data science", même excellente, pour de la science, il sait que c'est un terme de marketeux pour repeindre le data mining, qui lui-même repeignait l'analyse de données (j'exagère un poil, mais tu sais que ce n'est pas faux sur le fond). 

[Mathieu_D]

On dit IA maintenant. Il est passé le pic du cycle de hype sur le terme "data science" !

 

Sinon si, ils sont utiles en l'état actuel sur le court terme.

 

Sur le long terme un guesstimate opérationnel dans un ordre de grandeur à peu près correct est utile aussi. 

 

(Par exemple on a ri ici de la prévision de 400k décès. Pourtant en terme de santé publique 100k comme on a eu ou 400k en prévision c'est le même range pour la prise de décision.)

[Carl Barks]

il y a 20 minutes, Mathieu_D a dit :

On dit IA maintenant. Il est passé le pic du cycle de hype sur le terme "data science" !

 

 

Et la blockchain ? 

Ou c'est le quantique qui est la mode, maintenant. 

[NicolasB]

Je suis spécialiste blockchain quantique en data science.

[Lancelot]

Statistical modeling épicétou.

[Domi]

Quelqu'un a publié il y a peu sur le forum une carte avec les taux de vaccination totaux et sur les plus âgés, montrant que nous étions en retard sur la seconde catégorie. Je ne parviens pas à remettre la main dessus. Quelqu'un pourrait-il m'aider ? 

[Domi]

J'ai retrouvé (c'est dans le fil sur Macron)