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Coronavirus : publications scientifiques, cartes, statistiques, essais cliniques etc.

Freezbee

Par Freezbee
dans COVID-19

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fm06

fm06

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19 minutes ago, Rincevent said:

D'accord, mais au juste qu'est-ce qui change, par rapport au dernier demi-siècle ? :devil:

La pandémie a mis une pression énorme sur les scientifiques, sommés par les décideurs de leur donner des réponses pour soutenir leurs décisions. 

Lexington

Lexington

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il y a 5 minutes, fm06 a dit :

La pandémie a mis une pression énorme sur les scientifiques, sommés par les décideurs de leur donner des réponses pour soutenir leurs décisions. 

J'aurais insisté sur le fait que tout allait très vite tout court, grosse pression médiatique pour avoir des papiers sur lesquels communiquer et intérêt bien compris des scientifiques à faire du bruit avec des papiers "choc". Voir l'exemple Raoult passé au statut de rock star.

 

Le rythme de la recherche et celui de l'actualité sont rarement alignés, quand les deux se téléscopent, ça crée des perturbations. Une tendance qu'on doit retrouver aussi dans le passé, dans les publications sur les sujets scientifiques chauds du moment, non ? Quid de la grippe aviaire par exemple ?

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Rincevent

Rincevent

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il y a 14 minutes, fm06 a dit :

La pandémie a mis une pression énorme sur les scientifiques, sommés par les décideurs de leur donner des réponses pour soutenir leurs décisions. 

Ça existe depuis que la Big Science existe (i.e. l'organisation paraétatique de la science afin d'alimenter la technocratie), et ce n'est pas récent. Le rythme s'est juste accéléré depuis un an ou deux au point où la grenouille commence à être un peu gênée par la chaleur, mais elle a commencé à cuire dès les Trente Glorieuses (voire un poil avant la guerre à certains endroits d'Europe). 

fm06

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1 hour ago, Lexington said:

Quid de la grippe aviaire par exemple ?

La grippe aviaire n'a pas eu le même impact politique.

Carl Barks

Carl Barks

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Il y a 5 heures, Lexington a dit :

J'aurais insisté sur le fait que tout allait très vite tout court, grosse pression médiatique pour avoir des papiers sur lesquels communiquer et intérêt bien compris des scientifiques à faire du bruit avec des papiers "choc". Voir l'exemple Raoult passé au statut de rock star.

 

Le rythme de la recherche et celui de l'actualité sont rarement alignés, quand les deux se téléscopent, ça crée des perturbations. Une tendance qu'on doit retrouver aussi dans le passé, dans les publications sur les sujets scientifiques chauds du moment, non ? Quid de la grippe aviaire par exemple ?

Comme le dit @Rincevent, ça dépasse de loin les sujets les plus chauds même si ce sont forcément les plus exposés. 

 

La recherche scientifique pâtit depuis des décennies de cette course à la publicité et il faut aussi en tenir rigueur à la couverture médiatique. Tout ça passe successivement par:

 

- Biais de publication: une étude "décevante" va souvent être enterrée et ne pas donner lieu à une publication. Les revues donnent donc une fausse image de la recherche en gonflant la proportion d'études qui "marchent". Je mets des guillemets car une étude qui, par exemple, montre qu'un traitement n'a pas d'effet probant, ça fait aussi avancer la connaissance scientifique.

- Manque de reproductibilité des études qui "marchent". Les chercheurs ont peu d'incitation à reproduire des études menées par d'autres alors que c'est la meilleure manière de s'assurer qu'on a bien un résultat concret et pas un coup de chance. Or, quand on refait ces études (il y a eu plusieurs projets en ce sens ces dernières années, par exemple en cancérologie), le taux de déchet est impressionnant. 

- Communication à outrance des institutions scientifiques et des revues elles-mêmes. Les communiqués à destination des journalistes sont souvent bien plus tranchés que l'étude dont ils rendent compte. Les communicants ne prennent pas toujours la peine de parler aux chercheurs et les journalistes reprennent les communiqués sans lire les études, ce qui mène à ...

- Inconséquence des médias. Les journalistes relaient avec plaisir ce qui va faire du "bruit", comme tu dis. Et, pour revenir à mon point deux: quand bien même une étude serait infirmée par la suite par d'autres travaux, les médias ne s'y intéresseront pas ou n'y feront même pas attention. Tu auras des articles sur la première étude ("ça marche") mais pas sur les suivantes ("ça ne marche pas si bien")

 

Un type comme Didier Raoult est effectivement la caricature de tout cela mais il a aussi beau jeu de décrire cette situation pour dénoncer le "système". Et, de fait, on peut à la fois penser qu'il dit/fait du grand n'importe quoi depuis un an et demi (et encore... je ne parle que de la crise Covid), et reconnaître qu'il y a des gros problèmes structurels dans le monde de la recherche.

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Rincevent

Rincevent

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Il y a 2 heures, Carl Barks a dit :

Or, quand on refait ces études (il y a eu plusieurs projets en ce sens ces dernières années, par exemple en cancérologie), le taux de déchet est impressionnant. 

De mémoire, dans les domaines les plus fiables des sciences de la vie et de l'homme, on est à au moins 20 % de rebut ; pour les essais cliniques, on tourne autour de 50 % ; et pour la psychologie sociale on dépasse les 80 %. (Si tu as des chiffres plus détaillés, n'hésite pas.)

 

Donc pour ceux qui nous lisent, "impressionnant" n'est pas exagéré, c'est même un euphémisme. 

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Carl Barks

Carl Barks

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il y a 11 minutes, Rincevent a dit :

De mémoire, dans les domaines les plus fiables des sciences de la vie et de l'homme, on est à au moins 20 % de rebut ; pour les essais cliniques, on tourne autour de 50 % ; et pour la psychologie sociale on dépasse les 80 %. (Si tu as des chiffres plus détaillés, n'hésite pas.)

 

Donc pour ceux qui nous lisent, "impressionnant" n'est pas exagéré, c'est même un euphémisme. 

Je n'ai pas les chiffres sous la main mais j'ai effectivement failli mentionner que c'est la berezina côté psychologie !

fm06

fm06

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La "crise de la reproductibilité" en sciences est un problème identifié depuis longtemps. Wikipedia:

Quote

Selon une étude réalisée auprès de 1 500 scientifiques et publiée par Nature en 2016, plus de 70 % des chercheurs affirment avoir été incapables de reproduire l'expérience scientifique d'un autre chercheur et plus de la moitié affirment avoir échoué à reproduire leur propre expérience.

 

Le mal touche toutes les disciplines.  La psychologie n'est pas épargnée.  Certains en profiteront pour jeter le discrédit sur toutes les publications scientifiques.  En réalité cette prise de conscience a mené à des progrès méthodologiques importants.  Il y a encore du travail sur ce plan-là.

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Rincevent

Rincevent

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il y a 1 minute, fm06 a dit :

En réalité cette prise de conscience a mené à des progrès méthodologiques importants.

J'aimerais le croire. Si il y a eu des progrès méthodologiques (non pas au sens de "plus de méthode" mais de "des methodes donnant des résultats plus fiables", ce qui est très différent), ça ne se voit pas beaucoup dans les publications. Sinon, le BMJ et d'autres ne publieraient pas toutes les quelques années des éditoriaux interchangeables se lamentant sur ce qu'ils publient.

fm06

fm06

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Oui, c'est pour çà que je dis qu'il y a du travail...

 

Parmi les progrès méthodologiques on trouve diverses choses. Par exemple renforcer la formation en statistiques des chercheurs en biologie, ou alors carrément recruter des statisticiens dans leurs équipes.  On trouve aussi des efforts pour assurer la transparence des méthodes. Par exemple: publier le protocole expérimental avant de faire les expériences.  Ou encore: publier les résultats de toutes  les expériences et pas seulement celles qui vont dans le sens souhaité.

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Rincevent

Rincevent

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Le 05/10/2021 à 18:35, fm06 a dit :

Ou encore: publier les résultats de toutes  les expériences et pas seulement celles qui vont dans le sens souhaité.

Il y a eu quelques journaux dédiés, mais apparemment la revue a fini sabordée parce que les résultats négatifs ont un "impact factor" très faible et qu'on demande aux scientifiques de publier dans des revues à haut impact factor. Ouroboros, tout ça.

 

Même les foutus indicateurs plein de bonnes intentions sont en fait biaisés et poussent au crime. C'est là qu'on peut faire la jonction avec la loi de Campbell, la loi de Goodhart, le sophisme de McNamara et tutti quanti.

Airgead

Airgead

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il y a une heure, fm06 a dit :

La "crise de la reproductibilité" en sciences est un problème identifié depuis longtemps. Wikipedia:

 

Selon une étude réalisée auprès de 1 500 scientifiques et publiée par Nature en 2016, plus de 70 % des chercheurs affirment avoir été incapables de reproduire l'expérience scientifique d'un autre chercheur et plus de la moitié affirment avoir échoué à reproduire leur propre expérience.

 

Bah dis donc, c'est rassurant.

 

Ce qui me frappe toujours quand je lis les études scientifiques avec mes yeux de noob c'est la taille extrêmement faible des populations avec lesquelles ils jouent. Quelques milliers, quelques dizaines de milliers d'individus au mieux. Pfizer sur sa phase 3 là, c'est 43 000 individus, dans mon métier c'est que dalle.

 

J'ai l'habitude de faire des tests A/B sur des populations de millions d'individus par jour et même dans ces volumes, même après avoir validé tout ce que tu veux en statistical significance à 95, 98 ou 99%, t'arrives toujours à te faire surprendre par telle ou telle variable qui vient tout remettre en question.

ttoinou

ttoinou

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il y a 7 minutes, Airgead a dit :

 

J'ai l'habitude de faire des tests A/B sur des populations de millions d'individus par jour et même dans ces volumes,

Cool, genre sur des sites webs ?

Lancelot

Lancelot

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Vous voulez connaître un secret ? Les méthodologistes en science (c'est-à-dire ceux qui font carrière en critiquant la méthodologie des autres) sont par principe les plus gros escrocs. Vous voulez connaître un autre secret ? Les solutions miracles qu'on cherche absolument à nous vendre (open data, pré-publication, abandon de la p-value...) sont tout aussi grugeable que le reste (c'est pour ça qu'on embauche des méthodologistes).

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GilliB

GilliB

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il y a une heure, fm06 a dit :

Oui, c'est pour çà que je dis qu'il y a du travail...

 

Parmi les progrès méthodologiques on trouve diverses choses. Par exemple renforcer la formation en statistiques des chercheurs en biologie, ou alors carrément recruter des statisticiens dans leurs équipes.  On trouve aussi des efforts pour assurer la transparence des méthodes. Par exemple: publier le protocole expérimental avant de faire les expériences.  Ou encore: publier les résultats de toutes  les expériences et pas seulement celles qui vont dans le sens souhaité.

C'est le protocole. Toute étude est déclarée au préalable.

https://clinicaltrials.gov/

Le pb est le preprint qui n'est pas une publication validée. Il y a 20 ans les publications n'étaient pas accessibles, sauf abonnement prohibitif.

WBell

WBell

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L'avantage de la recherche en Computer Science, c'est que ça marche ou ça marche pas, il n'y a pas d'entre deux. Ça fonctionne pour tout ce qui est une hérité du traitement du signal. 

Par contre ce que vous décrivez commence à fortement toucher le domaine du Deep Learning (comme les modèles sont des black boxes, on peut y coller ce qu'on veut dedans, et comme c'est pas prédictibles, si les performances du papier ne sont pas reproductibles, c'est la faute de la data de l'utilisateur, pas du chercheur/modèle...) 

Mathieu_D

Mathieu_D

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16 minutes ago, WBell said:

 

16 minutes ago, WBell said:

Par contre ce que vous décrivez commence à fortement toucher le domaine du Deep Learning (comme les modèles sont des black boxes, on peut y coller ce qu'on veut dedans, et comme c'est pas prédictibles, si les performances du papier ne sont pas reproductibles, c'est la faute de la data de l'utilisateur, pas du chercheur/modèle...) 

 

 

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Rincevent

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Ce qui m'a fait retrouver ça dans mes archives :

 

BehpIHp.jpg

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Jesrad

Jesrad

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Je suis tombé un peu par hasard là dessus, ça intéressera peut-être les plus techniques ici: un vieux (2011) papier de virologie sur la délicate balance entre protection et détérioration de l’immunité par les nouveaux vaccins ciblant les cellules T.

 

Les auteurs soulignent l’importance des CD8 - or il se trouve que les vaccins contre le covid-19 ne génèrent, à ma connaissance, pas ou peu de réponse des CD8 (qui répondent aux nucléoprotéines plutôt qu’à la spicule) mais seulement des CD4.

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Rincevent

Rincevent

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Il y a 1 heure, Adrian a dit :

 

Comme indiqué sur le fil de discussion, il s'agit de biopsies post mortem (donc des cas très graves) sur des gens dont l'âge médian est de 75 ans. Pas inintéressant, mais c'est surtout indicatif des dommages d'une forme grave sur les personnes à risque (et devine quoi, une maladie de la coagulation flingue les vaisseaux de tous les organes, cette surprise).

Rincevent

Rincevent

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Le 10/06/2021 à 12:45, Rincevent a dit :

Pour les questions de contamination, les tests antigèniques ont toutes les qualités : spécifiques, rapides, bon marché, et sensibles uniquement quand la charge virale est suffisante pour contaminer autrui. Mais après tout, ça ne fait qu'un an que Mina et les autres le disent...

Tiens d'ailleurs Michael Mina vient de repasser chez Lex Fridman. Depuis plus d'un an il martèle le même message, mais pas grand monde chez les décideurs ne l'écoute parce que ça ne rentre pas dans le narratif.

 

 

Mathieu_D

Mathieu_D

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31 minutes ago, Nick de Cusa said:

Des precisions sur le nombre de morts Covid en Italie, source reconnue.

 

https://www.iltempo.it/attualita/2021/10/21/news/rapporto-iss-morti-covid-malattie-patologie-come-influenza-pandemia-disastro-mortalita-bechis-29134543/

Tu as lu l'article ? Il dit que les gens morts atteints de plusieurs maladies ne devraient pas compter comme morts du covid.

 

On le sait bien que le covid finit des gens affaiblis, ce n'est pas nouveau.

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