Coronavirus : publications scientifiques, cartes, statistiques, essais cliniques etc.

[fm06]

 

De gauche à droite: Macron Castex, Véran, Salomon.  On les reconnait bien.

 

 

[Freezbee]

Fil intéressant sur la dernière variante britannique :

 

 

Lien vers le compte-rendu : NERVTAG meeting on SARS-CoV-2 variant under investigation VUI-202012/01

 

Citation

NERVTAG meeting on SARS-CoV-2 variant under investigation VUI-202012/01

 

Date & Location of meeting: 11:00 – 13.00 18 December 2020 - Via telecon only

 

Brief summary of NERVTAG opinion-signed off by Chair.

 

• The committee received and considered three documents:

1. The PHE document ‘New evidence on VUI-202012/01 dated 18 December
2. Ct monitoring data from ONS/Oxford University COVID-19 Infection Survey
3. Bonsall paper: Early analysis of a potential link between viral load and the N501Y mutation in the SARS-CoV-2 spike protein

 

• Four analytic approaches were reviewed regarding the transmissibility of VUI-202012/01

1. Growth rate from genomic data: which suggest a growth rate of VUI-202012/01 that that is 71% (95%CI: 67%-75%) higher than other variants.
2. Studies of correlation between R-values and detection of the variant: which suggest an absolute increase in the R-value of between 0.39 to 0.93.
3. PCR ct values: which suggest a decrease of ct value of around 2 associated with the new variant.
4. Viral load inferred from number of unique genome reads: which suggests 0.5 increase in median log10 inferred viral load in Y501 versus N501.

 

• It was noted that variations in observed ct values can change with epidemiology since the stage of illness at which infection is detected can vary with incidence of cases, awareness of transmission, and the availability of tests.

 

• It was noted that VUI-202012/01can be challenging to sequence so estimates of frequency of this variant may be underestimates.

 

• It was noted that whilst previous variants have successfully emerged in periods of low prevalence without clear evidence of having a selective advantage, the emergence and subsequent dominance ofVUI-202012/01 in a period of relatively high prevalence suggests VUI-202012/01 does have a selective advantage over other variants.

 

• It was noted that VUI-202012/01has demonstrated exponential growth during a period when national lockdown measures were in place.

 

• In summary, NERVTAG has moderate confidence that VUI-202012/01 demonstrates a substantial increase in transmissibility compared to other variants.

 

• NERVTAG concluded that there are currently insufficient data to draw any conclusion on:

1. Underlying mechanism of increased transmissibility (e.g. increased viral load, tissue distribution of virus replication, serial interval etc)
2. The age distribution of cases
3. Disease severity: 4 deaths in around 1000 cases have been identified but further work is needed to compare this fatality rate with comparable data sets.
4. Antigenic escape. The location of the mutations in the receptor binding domain of the spike glycoprotein raises the possibility that this variant is antigenically distinct from prior variants. Four probable reinfections have been identified amongst 915 subjects with this variant but further work is needed to compare this reinfection rate with comparable data sets.

 

• The committee discussed the geographic extentof spread of the variant:

1. Within the UK, the variant is concentrated in the London, South East and East of England but has been detected in various parts of the UK.
2. Few cases of this variant have been reported internationally but one confirmed export from the UK to Australia has been reported. It was noted that other countries have lower sequencing capability than the UK.

 

• NERVTAG endorsed theactions proposed by PHE and in addition noted that:

1. Better comparative data on reinfection, readmission and case fatality rates will be available next week.
2. Better data on the age distribution of infections with this variant will be available next week.
3. In vitro data on the ability of convalescent and post-immunisation sera to neutralisethis variant will take at least a further week.

 

• Work is ongoing to evaluate the ability of Lateral Flow Devices to detect VUI-202012/01.

 

• NERVTAG recommends that ajoint NERVTAG-SPI-Msubgroup of SAGE is convened to provide further advice on risk and risk mitigation measuresfor VUI-202012/01.

 

[Mégille]

il y a une heure, Freezbee a dit :

Bonsall paper: Early analysis of a potential link between viral load and the N501Y mutation in the SARS-CoV-2 spike protein

Wait, c'est pas celle du vaccin, celle-là ? 

[Freezbee]

Il y a 13 heures, Mégille a dit :

Wait, c'est pas celle du vaccin, celle-là ? 

 

Il y a un article wikipedia sur la variante mis à jour très régulièrement. D'après ce dernier :

 

Citation

Vaccine effectiveness

 

As of late 2020 several COVID-19 vaccines were being deployed or under development. While the new variant has mutations to the spike glycoprotein targeted by the three leading vaccines, the immune system produces antibodies to several regions of the protein in response to the vaccine, so it is thought to be unlikely that a single mutation would make the vaccines less effective.

 

However, as more mutations occur, the vaccines may need to be altered. SARS-CoV-2 does not mutate as quickly as influenza viruses, and the new vaccines that had proved effective by the end of 2020 are types that can be adjusted if necessary. As of the end of 2020, German, British, and American health authorities and experts believe that existing vaccines will be as effective against the new VUI – 202012/01 strain as against previous strains.

 

As of 20 December 2020 Public Health England confirmed there is "no evidence" to suggest that the new strain would be resistant to the Pfizer–BioNTech vaccine currently being used in the UK's vaccination programme, and that people should still be protected.

 

[Lancelot]

Attendez, j'ai mieux comme histoire : la mutation est originaire du Royaume-Uni, pays qui est pionnier dans la vaccination. Elle touche la protéine ciblée par les vaccins. Ergo, le vaccin a créé la mutation

[Rolanddezar]

Pour rappel, il y a 8 millions d'obèses en France.

[ttoinou]

il y a 1 minute, Vilfredo Pareto a dit :

Il y a un train qui va de Paris à Vladivostok.

Autre que le fameux transsibérien ?

[Tramp]

il y a 12 minutes, Vilfredo Pareto a dit :

Il y a un train qui va de Paris à Vladivostok.

Il y a nécessairement un changement de train à cause de l’écartement des rails. 

[Mathieu_D]

8 minutes ago, Vilfredo Pareto said:

Non celui-là même enfin je crois. Je cherchais simplement un énoncé vrai bien que sans lien apparent avec le sujet pour participer au jeu.

Le rapport c'est que les morts ou même les très atteints par le Corona le méritent car ils ont une mauvaise hygiène de vie où sont trop vieux.

( /S , hein)

[ttoinou]

il y a 10 minutes, Vilfredo Pareto a dit :

Non celui-là même enfin je crois. Je cherchais simplement un énoncé vrai bien que sans lien apparent avec le sujet pour participer au jeu.

TiL on n'est pas sur le sujet TiL ici  

[Lancelot]

Quote

@Mathieu_D @Lancelot 

Alors ça tombe bien, il y a une vague de froid. On va voir si ça fait retomber le bidule. Une dizaine de jours après le confinement, celui-ci n'a pas l'air d'avoir eu d'effet spectaculaire, ce qui n'empêche pas les nuisibles de pousser à reconfiner bien sûr. Après tout nos voisins le font alors.

[L'affreux]

J'ai l'impression qu'un refroidissement ou un réchauffement climatique vous sortirait d'affaire. Mais ça n'arrivera pas si vous continuez à travailler depuis chez vous sans polluer.

[Nick de Cusa]

o_O

 

https://www.contrepoints.org/2020/04/24/369447-covid-19-on-cherche-la-solution-seulement-sous-un-lampadaire

 

commentaire (affreux site cracra) http://tapnewswire.com/2020/12/coronavirus-scandal-breaking-in-merkels-germany-over-drosten-pcr-test/

[Nick de Cusa]

La, ca merite de faire une pause d'1 minute pour mediter. 

 

Meme pour les gens qui habitent sous le meme toit, les asymptomatiques ne transmettent pas le SARS Cov-2. "The lack of substantial transmission from observed asymptomatic index cases is notable."

 

https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2774102

[GilliB]

Oui en effet. 

Citation

To study the transmissibility of asymptomatic SARS-CoV-2 index cases, eFigure 8 in the Supplement summarizes 27 studies19-21,23-26,30,32-34,44,45,47,50,52-54,56,59-61,63,64,68,69,72 reporting household secondary attack rates from symptomatic index cases and 4 studies26,43,44,52 from asymptomatic or presymptomatic index cases. Estimated mean household secondary attack rate from symptomatic index cases (18.0%; 95% CI, 14.2%-22.1%) was significantly higher than from asymptomatic or presymptomatic index cases (0.7%; 95% CI, 0%-4.9%; P < .001), although there were few studies in the latter group. 

Le pire en France c'est que les symptomatiques ne sont pas isolés, ce qui est le Ba-ba dans les maladies infectieuses.

Et tout l'argument des masques et autres mesures d'éviction même chez les asymptomatiques tombent. Alors qu'il suffirait de prendre la température pour rentrer dans un magasin ou un transport en commun ce qui n'est pas fait en France. 

[Bisounours]

il y a 16 minutes, GilliB a dit :

les symptomatiques ne sont pas isolés

Un symptomatique, donc quelqu'un qui présente des signes, et qui a été confirmé positif (ou bien l'inverse ?) peut de lui-même se placer en isolement. Il ne le fait pas ?

[Mathieu_D]

18 minutes ago, GilliB said:

Alors qu'il suffirait de prendre la température pour rentrer dans un magasin ou un transport en commun ce qui n'est pas fait en France. 

Mmmh c'est fait localement dans des sièges de grosses boîtes.

[Lancelot]

Alors oui c'est certainement de l'information intéressante à considérer, mais notez tout de même que ce n'est qu'un seul article. Le "consensus" semble rester que la transmission par les asymptomatiques est importante.

[fm06]

Symptomatique ou pas, dès lors qu’on transporte une quantité substantielle de virus, on risque de contaminer son entourage, non?

[ttoinou]

il y a 52 minutes, GilliB a dit :

Alors qu'il suffirait de prendre la température pour rentrer dans un magasin ou un transport en commun ce qui n'est pas fait en France. 

Elles sont fiables ces machines ? Et la température de la peau du front est bien correlée avec la fièvre?

[Noob]

10 minutes ago, fm06 said:

Symptomatique ou pas, dès lors qu’on transporte une quantité substantielle de virus, on risque de contaminer son entourage, non?

Il y aussi le soucis qu'un asymptomatique par définition ne va pas s'isoler, alors que le nombre de contacts des symptomatiques à plutôt tendance à s'effondrer.

1 minute ago, ttoinou said:

Elles sont fiables ces machines ? Et la température de la peau du front est bien correlée avec la fièvre?

J'imagine que ça doit dépendre du contexte. Si tu viens de marcher 20 minutes face au blizzard sans bonnet ou si tu sors de ta voiture. Par contre à condition égales (genre masse de gens qui sort du métro), ça doit être assez bon.

[Rübezahl]

il y a 9 minutes, fm06 a dit :

Symptomatique ou pas, dès lors qu’on transporte une quantité substantielle de virus, on risque de contaminer son entourage, non?

ça me semble contradictoire (pour le virus) d'être présent en quantité, sans que le porteur soit malade.

Comment un gars pas malade peut offrir un bon environnement pour que le virus reste présent en quantité ??

[Noob]

6 minutes ago, Rübezahl said:

ça me semble contradictoire (pour le virus) d'être présent en quantité, sans que le porteur soit malade.

Comment un gars pas malade peut offrir un bon environnement pour que le virus reste présent en quantité ??

Ça peut-être l'inverse, si tu as un système immunitaire au tapis tu pourrais ressentir assez peu de symptômes (fièvres courbature, sont des signes de la réponse immunitaire pas de la maladie) jusqu'à ce que les différentes fonctions de tes organes soient atteintes. (Souffle court, pour les poumons par ex)

[ttoinou]

il y a 6 minutes, Rübezahl a dit :

ça me semble contradictoire (pour le virus) d'être présent en quantité, sans que le porteur soit malade.

Comment un gars pas malade peut offrir un bon environnement pour que le virus reste présent en quantité ??

Je me pose la même question depuis février. En gros le virus se propage tranquilou mais n'aurait aucun effet sur notre corps

[Lancelot]

14 minutes ago, fm06 said:

Symptomatique ou pas, dès lors qu’on transporte une quantité substantielle de virus, on risque de contaminer son entourage, non?

Il y a forcément de la charge virale avant l'apparition des symptômes, mais la question est comment cette charge virale est-elle transmise sans l'aide des symptômes. En d'autres termes comment puis-je infecter mon voisin si je ne lui tousse/crache pas dessus ? En lui roulant des pelles ou en mangeant avec les mêmes couverts j'imagine, ce qui expliquerait la transmission asymptomatique dans les foyers.

[Rübezahl]

il y a 4 minutes, Noob a dit :

Ça peut-être l'inverse, si tu as un système immunitaire au tapis tu pourrais ressentir assez peu de symptômes (fièvres courbature, sont des signes de la réponse immunitaire pas de la maladie) jusqu'à ce que les différentes fonctions de tes organes soient atteintes. (Souffle court, pour les poumons par ex)

Depuis le début on dit que les personnes en mauvaise santé ("système immunitaire au tapis"), sont très affectées par C19, et ont la pire mortalité.

Comment ces gens pourraient être simultanément des asymptomatiques gorgés de virus qui le diffuseraient à tout va ?

a priori, mauvaise santé + gorgé de virus => tu es sur un lit d'hosto, avec proba de sortir dans un sac en plastique.

 

[Rübezahl]

il y a 2 minutes, Lancelot a dit :

En lui roulant des pelles ou en mangeant avec les mêmes couverts j'imagine, ce qui expliquerait la transmission asymptomatique dans les foyers.

Je pense depuis le début que certains cas spectaculaires étaient dus à des rapports sexuels.

[Noob]

8 minutes ago, Rübezahl said:

Depuis le début on dit que les personnes en mauvaise santé ("système immunitaire au tapis"), sont très affectées par C19, et ont la pire mortalité.

Comment ces gens pourraient être simultanément des asymptomatiques gorgés de virus qui le diffuseraient à tout va ?

a priori, mauvaise santé + gorgé de virus => tu es sur un lit d'hosto, avec proba de sortir dans un sac en plastique.

 

Peut-être parce que la maladie progresse et qu'on peut-être contagieux avant de ressentir les symptômes ?

Si tu prends deux personnes, A saine et B une immunodéprimée contaminée en t0; pourquoi elle aurait les symptômes en même temps ? Est-ce que c'est impossible d'imaginer que B ressentira les symptômes après A et donc que B sera plus plein de virus que A.

Sans rien dire de la contagiosité, car si B n'éternue pas ou ne tousse pas, ce n'est pas forcément facile de contaminer l'environnement.

[GilliB]

il y a 48 minutes, Bisounours a dit :

Un symptomatique, donc quelqu'un qui présente des signes, et qui a été confirmé positif (ou bien l'inverse ?) peut de lui-même se placer en isolement. Il ne le fait pas ?

C'est une étude de la transmission à domicile, avec les conjoint les enfants ect.. Actuellement le protocole est que les PCR+ rentrent chez eux même si ils habitent à 4 ou + dans un T3. Alors que l'on devrait proposer (imposer?) de s'isoler (isoler=seul) dans une chambre d'hôtel dédiée. 

 

il y a 19 minutes, ttoinou a dit :

Elles sont fiables ces machines ? Et la température de la peau du front est bien correlée avec la fièvre?

La référence est la température rectale, la température tympanique est une bonne solution. J'ai utilisé la température frontale qui marche bien aussi.

 

il y a 32 minutes, fm06 a dit :

Symptomatique ou pas, dès lors qu’on transporte une quantité substantielle de virus, on risque de contaminer son entourage, non?

Si tu ne tousse pas ni mouche pas tu vas moins contaminer ton environnement.

[Bisounours]

il y a 5 minutes, GilliB a dit :

C'est une étude de la transmission à domicile, avec les conjoint les enfants ect.. Actuellement le protocole est que les PCR+ rentrent chez eux même si ils habitent à 4 ou + dans un T3. Alors que l'on devrait proposer (imposer?) de s'isoler (isoler=seul) dans une chambre d'hôtel dédiée. 

 

Le problème est bien que les contaminés ne s'isolent donc pas d'eux-mêmes bien qu'ils connaissent les risques qu'ils font courir principalement à leurs proches fragiles mais pas seulement.

Ça bouscule quelque peu l'idée de responsabilité individuelle... non ?