Coronavirus : publications scientifiques, cartes, statistiques, essais cliniques etc.

[Freezbee]

  Citation

Contact Settings and Risk for Transmission in 3410 Close Contacts of Patients With COVID-19 in Guangzhou, China

A Prospective Cohort Study

 

Background:

 

Risk for transmission of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) to close contacts of infected persons has not been well estimated.

 

Objective:

 

To evaluate the risk for transmission of SARS-CoV-2 to close contacts in different settings.

 

Design:

 

Prospective cohort study.

 

Setting:

 

Close contacts of persons infected with SARS-CoV-2 in Guangzhou, China.

 

Participants:

 

3410 close contacts of 391 index cases were traced between 13 January and 6 March 2020. Data on the setting of the exposure, reverse transcriptase polymerase chain reaction testing, and clinical characteristics of index and secondary cases were collected.

 

Measurement: Coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases were confirmed by guidelines issued by China. Secondary attack rates in different settings were calculated.

 

Results:

 

Among 3410 close contacts, 127 (3.7% [95% CI, 3.1% to 4.4%]) were secondarily infected. Of these 127 persons, 8 (6.3% [CI, 2.1% to 10.5%]) were asymptomatic. Of the 119 symptomatic cases, 20 (16.8%) were defined as mild, 87 (73.1%) as moderate, and 12 (10.1%) as severe or critical. Compared with the household setting (10.3%), the secondary attack rate was lower for exposures in healthcare settings (1.0%; odds ratio [OR], 0.09 [CI, 0.04 to 0.20]) and on public transportation (0.1%; OR, 0.01 [CI, 0.00 to 0.08]). The secondary attack rate increased with the severity of index cases, from 0.3% (CI, 0.0 to 1.0%) for asymptomatic to 3.3% (CI, 1.8% to 4.8%) for mild, 5.6% (CI, 4.4% to 6.8%) for moderate, and 6.2% (CI, 3.2% to 9.1%) for severe or critical cases. Index cases with expectoration were associated with higher risk for secondary infection (13.6% vs. 3.0% for index cases without expectoration; OR, 4.81 [CI, 3.35 to 6.93]).

 

Limitation:

 

There was potential recall bias regarding symptom onset among patients with COVID-19, and the symptoms and severity of index cases were not assessed at the time of exposure to contacts.

 

Conclusion:

 

Household contact was the main setting for transmission of SARS-CoV-2, and the risk for transmission of SARS-CoV-2 among close contacts increased with the severity of index cases.

 

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[Nick de Cusa]

voila de l'analyse revelatrice : les jeunes ont ete frappes en IdF. 

 

Ca c'est quelque chose qui merite attention (pas comme les PCR posifitfs actuels)

https://twitter.com/boutaour/status/1295751616344272903

 

Des pistes que je suggererais sont : couleur de peau en hiver sans soleil + malbouffe ; en tout cas comme le dit Raoult il faut enqueter et comprendre 

[Rincevent]

  Le 19/08/2020 à 06:47, Nick de Cusa a dit :

couleur de peau en hiver sans soleil

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On sous-estime gravement la fréquence des carences en vitamine D chez les Noirs en Occident (et en Europe plus encore qu'aux États-unis, les latitudes de la première étant plus élevées).

[Bézoukhov]

C'est extrêmement facile à vérifier en ayant les données par hôpital.

[Jensen]

  Le 19/08/2020 à 07:24, Rincevent a dit :

carences en vitamine D chez les Noirs en Occident

Expand  

pas que chez les Noirs.

Pas de boulot ou longues heures de loisir en extérieur? niveau sous-optimal quasi garanti sans supplément.

On a jamais évolué pour être dans un bureau ou un canapé la majorité du jour.

 

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28161111/

  Quote

25(OH) vitamin D serum level was strictly less than 30ng/mL in 92.3% of participants

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Étude faite dans le Nord de la France, je suppose que le résultat serait différent dans le Sud.

[Rincevent]

  Le 19/08/2020 à 07:42, Jensen a dit :

pas que chez les Noirs.

Expand  

Oui, je sais. C'est juste que supposer (ceteris paribus) chez les Noirs la même fréquence de carence et la même intensité que chez les Blancs, c'est encore sous-estimer le problème (ce qui n'est pas peu dire).

[Lancelot]

  Le 19/08/2020 à 02:04, Freezbee a dit :

Expand  

 

Donc on a 10 fois plus de chance de transmettre le COVID chez soi que dans un hôpital, et 100 fois plus que dans la rue. Et 20 fois plus de chances de le transmettre dans les cas sévères par rapport à quand on est asymptomatique, et 4 fois plus en cas de toux. Really makes you think.

[Rübezahl]

  Le 19/08/2020 à 08:23, Lancelot a dit :

Donc on a 10 fois plus de chance de transmettre le COVID chez soi que dans un hôpital,

Expand  

... moi j'ai retenu que, dans la plupart des pays, c'est le réseau de santé qui a été, de loin, le lieu d'infection majoritaire.

Quand on se rappelle les conditions de début d'épidémie, sacs poubelles, masques de plongée, etc, pas de quoi être surpris.

(Chez moi, ils ont rouvert 2 CMS seulement hier https://www.dici.fr/actu/2020/08/17/coronavirus-centres-medico-sociaux-rouvrent-leurs-portes-mardi-manosque-forcalquier-1430105 )

 

... et maintenant on nous raconte qu'on se contamine at home ?

Dans la forêt aussi ou sur les plages vides hein.

[Lancelot]

Les pires endroits en France ont été les maisons de retraite, qui comptent à la fois comme foyer et environnement médical,  + population à risque bien sûr.

[cedric.org]

  Le 19/08/2020 à 02:04, Freezbee a dit :

 

 

Expand  

Hm, étant donné le moment, je pense que c'était confinement, mais je suis curieux de voir le taux de contamination sur le lieu de travail.

[GilliB]

Sur le site de l'INSEE, la courbe de mortalité mensuelle.

 

[Lancelot]

  Le 17/08/2020 à 14:31, Lancelot a dit :

Dommage qu'ils n'aient pas les chiffres d'hospitalisation.

Expand  

Du coup j'ai trouvé une source officielle avec les hospitalisations et réanimations.

[Mathieu_D]

@Lancelot ce serait vraiment plus beau avec ggplot2 ou plotly plutôt qu'avec R base.

 

Et histoire de pinailler tu devrais plutôt faire un treillis plutôt que de mettre toutes les courbes superposées tant le total des cas est sur une autre échelle que les autres courbes. Je ne pense pas non plus que tu devrais mettre la somme cumulée et le total instantané sur le même graph.

 

Oui je sais tu fais ça pour rigoler pas pour diffuser un dashboard de prod' mais quand même.

 

[Loi]

J'ai des échos de réouverture d"unité Covid" dans certains hopitaux.

[GilliB]

  Le 21/08/2020 à 18:01, Loi a dit :

J'ai des échos de réouverture d"unité Covid" dans certains hopitaux.

Expand  

C'est pas con. Le premier cluster est l'hôpital. J'ai toujours appris que dans les épidémies, on isole. 

D'où les léproseries et les sanatorium.

Je me rappelle, quand j'étais jeune, tous les fonctionnaires dans les administrations étaient séparés des usagers par une vitre avec quelques trous qui s'appelait "hygiaphone" . La tuberculose sévissait, et on se protégeait.

[cedric.org]

  Le 21/08/2020 à 18:01, Loi a dit :

J'ai des échos de réouverture d"unité Covid" dans certains hopitaux.

Expand  

En préparation à l'augmentation du nombre de cas détectés ?

[Rincevent]

  Le 21/08/2020 à 17:56, Mathieu_D a dit :

Et histoire de pinailler tu devrais plutôt faire un treillis plutôt que de mettre toutes les courbes superposées tant le total des cas est sur une autre échelle que les autres courbes. Je ne pense pas non plus que tu devrais mettre la somme cumulée et le total instantané sur le même graph.

Expand  

On peut résoudre ces deux problèmes d'un coup, par la propriété amusante que le Covid-19 a une durée à peu près constante de 2-3 semaines. Ce qui permet de remplacer la courbe des cas cumulés par le cumul en semaine N moins le cumul en semaine N-2 ou N-3.

[Lancelot]

  Le 21/08/2020 à 17:56, Mathieu_D a dit :

@Lancelot ce serait vraiment plus beau avec ggplot2 ou plotly plutôt qu'avec R base.

Expand  

Question d'opinion.

J'imagine que tu n'aimes pas l'axe des dates (c'est vrai que j'ai eu la flemme de l'arranger mieux) et l'absence de grille ?

 

  9 minutes ago, Mathieu_D said:

Et histoire de pinailler tu devrais plutôt faire un treillis plutôt que de mettre toutes les courbes superposées tant le total des cas est sur une autre échelle que les autres courbes.

Expand  

Je pars du principe que la plupart des gens sont infoutus de se rendre compte dudit changement d'échelle entre différents plots (no offense liborg) donc je préfère rester aussi simple que possible.

 

  9 minutes ago, Mathieu_D said:

Je ne pense pas non plus que tu devrais mettre la somme cumulée et le total instantané sur le même graph.

Expand  

C'est une question que je me suis posée, mais en y réfléchissant je me suis dit que le nombre de morts est à la fois une somme cumulée et un total instantané (i.e. quelqu'un qui devient mort reste dans cette catégorie pour tous les points dans le futur). Le total des cas est plus discutable et comme tu le fais remarquer écrase un peu le reste, mais ça reste plus comparable que par exemple le nombre de nouveaux cas par jour.

 

  9 minutes ago, Mathieu_D said:

Oui je sais tu fais ça pour rigoler pas pour diffuser un dashboard de prod' mais quand même.

Expand  

Je prends les critiques constructives (même quand je ne les accepte pas ).

[Loi]

  Le 21/08/2020 à 18:23, cedric.org a dit :

En préparation à l'augmentation du nombre de cas détectés ?

Expand  

 

Pour accueillir les quelques cas en réa, et peut être aussi beaucoup d'anticipation?

[Lancelot]

Pour @Mathieu_D :

[GilliB]

  Le 21/08/2020 à 18:23, cedric.org a dit :

En préparation à l'augmentation du nombre de cas détectés ?

Expand  

Qu'est-ce qu'on fait des 5000 cas détectés par jour?

Actuellement, rien. On les laisse dans la nature j'ai l'impression.

Dans toute les épidémies, on isole, on isole, on isole. C'est pas compliqué.

L'état au lieu d'indemniser des millions de chômeurs en avril aurait mieux fait d'isoler dans des hôtels réquisitionnés les covid+ au lieu de les laisser retourner chez eux.

Ton enfant a la varicelle, on ne ferme pas l'école, ton enfant reste chez toi.

Je n'ai jamais vu autant d'erreur.

[Tramp]

Si on devait réquisitionner les hôtels à chaque grippette...

[Loi]

  Le 21/08/2020 à 18:42, Lancelot a dit :

Pour @Mathieu_D :

Expand  

 

C'est ton graph? Peux tu "baisser" l'échelle de l'ordonnée et te concentrer sur les cas en Réa?

 

  Le 21/08/2020 à 18:45, GilliB a dit :

Qu'est-ce qu'on fait des 5000 cas détectés par jour?

Actuellement, rien. On les laisse dans la nature j'ai l'impression.

Dans toute les épidémies, on isole, on isole, on isole. C'est pas compliqué.

L'état au lieu d'indemniser des millions de chômeurs en avril aurait mieux fait d'isoler dans des hôtels réquisitionnés les covid+ au lieu de les laisser retourner chez eux.

Ton enfant a la varicelle, on ne ferme pas l'école, ton enfant reste chez toi.

Je n'ai jamais vu autant d'erreur.

Expand  

 

Ce n'est pas comme si on le répétait tous les jours depuis 6 mois, en plus.

[Lancelot]

  Le 21/08/2020 à 19:00, Loi a dit :

Peux tu "baisser" l'échelle de l'ordonnée et te concentrer sur les cas en Réa?

Expand  

Comme ça ?

[Bézoukhov]

  Le 21/08/2020 à 19:18, Lancelot a dit :

Comme ça ?

Expand  

 

Je crois que la seule solution, c'est que tu fasses un site web shiny où chacun fera ses trucs _o_.

 

Plus intéressant, j'ai l'impression que le pic hospitalisation décès est déphasé de deux semaines faciles.

 

  Le 21/08/2020 à 18:45, GilliB a dit :

L'état au lieu d'indemniser des millions de chômeurs en avril aurait mieux fait d'isoler dans des hôtels réquisitionnés les covid+ au lieu de les laisser retourner chez eux.

Expand  

 

On s'en souvient pas, mais en avril, les mecs étaient infoutus de savoir si tu avais le Covid vu qu'il n'y avait pas de tests :).

[Loi]

  Le 21/08/2020 à 19:18, Lancelot a dit :

Comme ça ?

Expand  

 

Parfait. Si on voulait pinailler il faudrait zoomer sur la période juillet/aout parce que le pic de mars ne facilite pas la lecture. Mais je pense que cela ne serait pas encore suffisamment significatif (ie si le nombre de patients admis en réa stagne, aucun intérêt...).

[Lancelot]

  Le 21/08/2020 à 19:34, Bézoukhov a dit :

Je crois que la seule solution, c'est que tu fasses un site web shiny où chacun fera ses trucs _o_.

Expand  

J'ai déjà joué un peu avec shiny à l'époque mais pour le coup je n'ai pas autant de temps à perdre

 

  Le 21/08/2020 à 19:37, Loi a dit :

Parfait. Si on voulait pinailler il faudrait zoomer sur la période juillet/aout parce que le pic de mars ne facilite pas la lecture. Mais je pense que cela ne serait pas encore suffisamment significatif (ie si le nombre de patients admis en réa stagne, aucun intérêt...).

Expand  

A priori quelque chose qui n'est pas évident à cette échelle sera du bruit.

[Mathieu_D]

  Le 21/08/2020 à 20:14, Lancelot a dit :

J'ai déjà joué un peu avec shiny à l'époque mais pour le coup je n'ai pas autant de temps à perdre

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Pour le coup ce ne serait pas du temps perdu.

Shiny c'est la vie. 

Sans parler de diffuser vraiment un dashboard sur shiny.io te faire ton petit reporting maison te remplirait de joie. (Sur le serveur side tu tapes dans l'API et tu prépares les données, sur l'UI side tu présentes tes graphiques, et tu comprendrais mieux l'intérêt de plotly)

 

Et c'est un plus sur un CV.

[Lancelot]

Je garde un œil sur les publications concernant l'effet du confinement sur la santé mentale, en particulier les suicides. Il n'y a rien eu de bien concret jusqu'à maintenant (juste des inquiétudes sans données ou des cas de suicide pour des raisons principalement économiques, i.e. des gens à qui on avait interdit de travailler pour manger) mais je suis tombé là-dessus :

  Quote

Killgore, W. D., Cloonan, S. A., Taylor, E. C., Allbright, M. C., & Dailey, N. S. (2020). Trends in Suicidal Ideation Over the First Three Months of COVID-19 Lockdowns. Psychiatry Research, 113390.

 

To reduce viral spread during the first months of the COVID-19 pandemic, most communities across the U.S. engaged in some form of stay-at-home restrictions or lockdowns that limited social interaction and movement outside the home. To determine the effect of these restrictions on suicidal ideation, a total of 3,120 individuals completed the Patient Health Questionnaire (PHQ-9) at one of three time points from April through June 2020. The percentage of respondents endorsing suicidal ideation was greater with each passing month for those under lockdown or shelter-in-place restrictions due to the novel coronavirus, but remained relatively stable and unchanged for those who reported no such restrictions. Public health policy and routine clinical care need to address the potential for increased suicidal thinking among those experiencing prolonged restrictions of normal social contact.

 

Percentage of participants endorsing suicidal ideation on item 9 of the the PHQ-9 over the first three months since early COVID-19 lockdown/shelter-in-place restrictions. Left: The percentage of respondents endorsing any suicidal ideation (i.e., scores > 0). Right: The percentage of respondents endorsing moderate to severe suicidal ideation (i.e., scores ≥ 2). Red *p < .0001 for simple effect of month for those under lockdown. Black *p < .0001 lockdown between-group difference in June.

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À suivre, donc...

[Rübezahl]

  Le 25/08/2020 à 09:25, Lancelot a dit :

Je garde un œil sur les publications concernant l'effet du confinement sur la santé mentale, en particulier les suicides. Il n'y a rien eu de bien concret jusqu'à maintenant (juste des inquiétudes sans données ou des cas de suicide pour des raisons principalement économiques, i.e. des gens à qui on avait interdit de travailler pour manger) mais je suis tombé là-dessus :

À suivre, donc...

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J'ai vu passer ça : https://fee.org/articles/cdc-a-quarter-of-young-adults-say-they-contemplated-suicide-this-summer-during-pandemic/

Hélas qqs suicides récents dans les faits divers locaux, mais je ne sais pas comment c'est par rapport à d'habitude.

Ma femme qui bosse au contact de la clientèle me dit que les gens sont impactés psychologiquement négativement, surtout les fragiles. Même ressenti.

De toutes manières, globalement, un stress supplémentaire semble plutôt néfaste sur une majorité de gens.